蛋白质组学分析揭示人参皂苷Rb1通过抑制线粒体复合物I的ROS产生减轻心肌缺血/再灌注损伤

Proteomic analysis reveals ginsenoside Rb1 attenuates myocardial ischemia/reperfusion injury through inhibiting ROS production from mitochondrial complex I.

作者信息Lujing Jiang, Xiaojian Yin, Ya-Hui Chen, Yan Chen, Wei Jiang, Hao Zheng, Feng-Qing Huang, Baolin Liu, Wei Zhou, Lian-Wen Qi, Jia Li
PMID33408776
发布时间2021-01
DOI10.7150/thno.43895

实验完整度

高

研究包含体内小鼠I/R模型、体外心肌细胞H/R模型、TMT蛋白质组学、OCR测定、siRNA敲低、Ndi1拯救实验及分子对接和SPR等多层次验证,功能与机制验证充分。

主要模型

C57BL/6J小鼠心肌缺血/再灌注(I/R)模型 成年小鼠原代心肌细胞缺氧/复氧(H/R)模型 H9c2大鼠心肌细胞系

重点核对

小鼠经腹腔注射给予人参皂苷Rb1 50 mg/kg,缺血30分钟后再灌注不同时间(15分钟、24小时、14天、28天) 原代心肌细胞用人参皂苷Rb1 10 μM预处理,缺氧1小时(1% O2)后复氧 使用MitoB探针检测心肌线粒体ROS水平,通过LC-MS/MS测定MitoP/MitoB比例 TMT定量蛋白质组学分析使用心肌线粒体蛋白,差异蛋白筛选标准为P值<0.05 OCR测定中,H9c2细胞经洋地黄皂苷透化,使用ADP、丙酮酸/苹果酸、琥珀酸、鱼藤酮、TMPD/抗坏血酸等底物和抑制剂

摘要

背景:线粒体复合物I的活性氧(ROS)爆发被认为是缺血/再灌注(I/R)损伤的关键原因。人参皂苷Rb1已被报道可保护心脏免受I/R损伤;然而,其潜在机制尚不清楚。本研究旨在探讨人参皂苷Rb1是否通过抑制线粒体复合物I的ROS产生来减轻心脏I/R损伤。方法:在体内实验中,小鼠给予人参皂苷Rb1后接受I/R损伤。使用线粒体靶向探针MitoB测定心脏中的线粒体ROS水平。线粒体蛋白用于TMT定量蛋白质组学分析。在体外实验中,成年小鼠心肌细胞用人参皂苷Rb1预处理,然后接受缺氧复氧损伤。分析线粒体ROS、NADH脱氢酶活性以及线粒体复合物I的构象变化。结果:人参皂苷Rb1降低了线粒体ROS的产生,减少了心肌梗死面积,保留了心脏功能,并限制了心脏纤维化。蛋白质组学分析显示,线粒体复合物I中的NADH脱氢酶亚基可能是人参皂苷Rb1调控的效应蛋白。人参皂苷Rb1抑制复合物I依赖的O2消耗和酶活性,但不抑制复合物II或IV依赖的O2消耗和酶活性。通过使用酵母NADH脱氢酶绕过复合物I,人参皂苷Rb1对线粒体I依赖性呼吸和再灌注诱导的ROS产生的抑制作用被解除。分子对接和表面等离子体共振实验表明,人参皂苷Rb1可能通过与ND3亚基结合,在再灌注时将线粒体复合物I捕获在脱活性状态,从而降低NADH脱氢酶活性。结论:抑制线粒体复合物I介导的ROS爆发阐明了人参皂苷Rb1减轻心脏I/R损伤的可能潜在机制。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
人参皂苷Rb1是否通过抑制线粒体复合物I的ROS产生来减轻心肌缺血/再灌注损伤,其潜在机制是什么?
核心机制
人参皂苷Rb1通过与ND3亚基结合,将线粒体复合物I锁定在脱活性状态,抑制NADH脱氢酶活性,从而减少再灌注时由逆转电子传递介导的ROS爆发。
主要证据
TMT蛋白质组学显示复合物I NADH脱氢酶亚基被Rb1调控;OCR和酶活性测定显示Rb1特异性抑制复合物I;Ndi1表达可逆转Rb1对ROS的抑制;分子对接和SPR证实Rb1与ND3结合。
研究意义
研究揭示了人参皂苷Rb1心脏保护的新机制,并提示调节复合物I NADH脱氢酶活性可作为限制再灌注诱导的线粒体ROS产生的潜在干预策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

体内外模型建立与ROS检测

验证人参皂苷Rb1对心肌I/R和H/R诱导的ROS产生的影响。

小鼠给予Rb1后接受I/R手术,原代心肌细胞给予Rb1后接受H/R处理;使用MitoSOX、MitoB探针及MitoB/MitoP比值检测ROS水平。

2

心肌损伤与功能评估

评估Rb1对心肌梗死面积、凋亡、心脏功能及纤维化的保护作用。

通过TTC染色、TUNEL染色、超声心动图、Masson染色及组织学分析评估。

3

TMT定量蛋白质组学分析

鉴定Rb1调控的线粒体蛋白,特别是复合物I相关蛋白。

从心肌组织提取线粒体蛋白,进行TMT标记、LC-MS/MS分析,生物信息学分析差异蛋白及通路。

4

线粒体复合物活性与OCR测定

验证Rb1对复合物I、II、IV活性及呼吸功能的特异性影响。

使用XF96分析仪测定H9c2细胞的OCR,使用试剂盒测定复合物活性,并评估Rb1的可逆性。

5

NADH脱氢酶亚基表达与敲低验证

验证Rb1对NADH脱氢酶亚基表达的影响,并通过敲低确认其功能相关。

RT-qPCR和Western blot检测亚基表达;siRNA敲低后检测ROS和细胞活力。

6

Ndi1拯救实验

证实Rb1的作用靶点是NADH脱氢酶。

在H9c2细胞中表达酵母Ndi1蛋白,检测OCR和ROS产生,观察Rb1作用的消除。

7

复合物I活性/脱活性状态转变检测

揭示Rb1是否通过保持复合物I脱活性状态来抑制ROS。

使用mito-SypHer探针检测线粒体pH,BODIPY-TMR标记ND3亚基暴露,分子对接和SPR检测Rb1与ND3的结合。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
人参皂苷Rb1Nanjing Spring & Autumn Biological Engineering Co., Ltd.--
鱼藤酮SigmaR8875
二甲基琥珀酸SigmaV900547
寡霉素Sigma495455
MitoB探针SigmaSML1300
d15-MitoBCayman Chemical17470
d15-MitoPCayman Chemical19296
抗Ndufv1抗体ProteinTech11238-1-AP
抗Ndufv2抗体ProteinTech15301-1-AP
抗Ndufs1抗体ProteinTech12444-1-AP
抗Ndufs4抗体ProteinTech15849-1-AP
抗Ndufs6抗体ProteinTech14417-1-AP
抗Ndufa12抗体ProteinTech15793-1-AP
抗Bax抗体ProteinTech60267-1-Ig
抗Bcl2抗体ProteinTech26593-1-AP
抗prohibitin抗体Abcamab75766
抗8-羟基鸟苷抗体Abcamab62623
抗β-肌动蛋白抗体Biossbs-0061R
抗Bak抗体Bioworld TechnologyBS1029
抗组蛋白H3抗体Bioworld TechnologyBS1174
抗GAPDH抗体Bioworld TechnologyAP0063
山羊抗兔IgG二抗Bioworld TechnologyBS13278
山羊抗小鼠IgG二抗Bioworld TechnologyBS12478
TRIeasyTM试剂Yeasen--
Hieff™第一链cDNA合成预混液Yeasen--
Hieff™ qPCR SYBR Green预混液试剂盒Yeasen--
CFX96TM实时荧光定量PCR系统BIO-RAD--
组织线粒体分离试剂盒Beyotime--
TMT标记试剂盒Thermo Fisher Scientific--
Agilent 300 Extend C18色谱柱Agilent--
Maxquant搜索引擎--v.1.5.2.8
RNeasy Plus试剂盒QIAGEN--
siRNAGenePharma--
质粒DNA纯化试剂盒QIAGEN--
抗Flag抗体Bioworld Technology20311007
MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂Molecular Probes--
线粒体pH荧光探针GenTarget Inc.--
BODIPY-TMR C5-马来酰亚胺Invitrogen--
Sypro Ruby染色Invitrogen--
Biacore T200表面等离子体共振仪GE Healthcare--
人重组ND3蛋白SigmaAPREST88027
XF96细胞外通量分析仪Agilent--
线粒体复合物活性试剂盒GENMED Scientifics, Inc.--
线粒体OXPHOS复合物I(NADH脱氢酶)酶活性试剂盒Abcam--
乳酸检测试剂盒Jiancheng Bioengineering Institute--
ATP检测试剂盒Beyotime Institute of Biotechnology--
四甲基罗丹明乙酯----
线粒体通透性转换孔检测试剂盒Life Technology--
CCK-8试剂盒Yeasen--
LCMS8050液相色谱质谱联用仪Shimadzu--
数字荧光图像分析仪Tanon--
Zeiss LSM 700共聚焦显微镜Zeiss--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
体内I/R模型与给药
小鼠品系、性别、年龄;Rb1给药剂量、途径、时间点;缺血和再灌注时长;心功能测量时间点。
阅读提示:Methods: Animals, In vivo myocardial I/R model
原代心肌细胞分离与H/R处理
心肌细胞分离方法;Rb1预处理浓度和时间;缺氧和复氧时间;培养基成分。
阅读提示:Methods: Cell culture
线粒体ROS检测
MitoSOX浓度和孵育时间;MitoB注射剂量和时机;MitoB/MitoP提取及LC-MS/MS条件。
阅读提示:Methods: Measurement of mitochondrial ROS in vitro and in vivo
TMT蛋白质组学
线粒体提取方法;蛋白定量、酶解、标记、分级;质谱参数;差异蛋白筛选标准。
阅读提示:Methods: TMT-based quantitative proteomics; Figure 4
OCR测定
H9c2细胞密度;透化剂浓度;底物和抑制剂浓度及添加顺序。
阅读提示:Methods: Oxygen consumption rate (OCR) assay
复合物活性测定
试剂盒来源;蛋白量;底物浓度;反应条件。
阅读提示:Methods: Measurement of mitochondrial complex activities
siRNA转染与Ndi1表达
siRNA序列、转染试剂和浓度;Ndi1质粒构建和转染效率验证。
阅读提示:Methods: Small interfering RNA transfection and yeast NADH dehydrogenase (Ndi1)-expressing construct
ND3标记和SPR
线粒体分离处理;BODIPY-TMR孵育条件;SPR固定和浓度梯度。
阅读提示:Methods: Fluorescent labeling of ND3 subunit, Surface plasmon resonance (SPR) analysis