体内外模型建立与ROS检测
验证人参皂苷Rb1对心肌I/R和H/R诱导的ROS产生的影响。
小鼠给予Rb1后接受I/R手术,原代心肌细胞给予Rb1后接受H/R处理;使用MitoSOX、MitoB探针及MitoB/MitoP比值检测ROS水平。
Proteomic analysis reveals ginsenoside Rb1 attenuates myocardial ischemia/reperfusion injury through inhibiting ROS production from mitochondrial complex I.
研究包含体内小鼠I/R模型、体外心肌细胞H/R模型、TMT蛋白质组学、OCR测定、siRNA敲低、Ndi1拯救实验及分子对接和SPR等多层次验证,功能与机制验证充分。
C57BL/6J小鼠心肌缺血/再灌注(I/R)模型 成年小鼠原代心肌细胞缺氧/复氧(H/R)模型 H9c2大鼠心肌细胞系
小鼠经腹腔注射给予人参皂苷Rb1 50 mg/kg,缺血30分钟后再灌注不同时间(15分钟、24小时、14天、28天) 原代心肌细胞用人参皂苷Rb1 10 μM预处理,缺氧1小时(1% O2)后复氧 使用MitoB探针检测心肌线粒体ROS水平,通过LC-MS/MS测定MitoP/MitoB比例 TMT定量蛋白质组学分析使用心肌线粒体蛋白,差异蛋白筛选标准为P值<0.05 OCR测定中,H9c2细胞经洋地黄皂苷透化,使用ADP、丙酮酸/苹果酸、琥珀酸、鱼藤酮、TMPD/抗坏血酸等底物和抑制剂
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证人参皂苷Rb1对心肌I/R和H/R诱导的ROS产生的影响。
小鼠给予Rb1后接受I/R手术,原代心肌细胞给予Rb1后接受H/R处理;使用MitoSOX、MitoB探针及MitoB/MitoP比值检测ROS水平。
评估Rb1对心肌梗死面积、凋亡、心脏功能及纤维化的保护作用。
通过TTC染色、TUNEL染色、超声心动图、Masson染色及组织学分析评估。
鉴定Rb1调控的线粒体蛋白,特别是复合物I相关蛋白。
从心肌组织提取线粒体蛋白,进行TMT标记、LC-MS/MS分析,生物信息学分析差异蛋白及通路。
验证Rb1对复合物I、II、IV活性及呼吸功能的特异性影响。
使用XF96分析仪测定H9c2细胞的OCR,使用试剂盒测定复合物活性,并评估Rb1的可逆性。
验证Rb1对NADH脱氢酶亚基表达的影响,并通过敲低确认其功能相关。
RT-qPCR和Western blot检测亚基表达;siRNA敲低后检测ROS和细胞活力。
证实Rb1的作用靶点是NADH脱氢酶。
在H9c2细胞中表达酵母Ndi1蛋白,检测OCR和ROS产生,观察Rb1作用的消除。
揭示Rb1是否通过保持复合物I脱活性状态来抑制ROS。
使用mito-SypHer探针检测线粒体pH,BODIPY-TMR标记ND3亚基暴露,分子对接和SPR检测Rb1与ND3的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 人参皂苷Rb1 | Nanjing Spring & Autumn Biological Engineering Co., Ltd. | -- |
| 线粒体复合物抑制 | 鱼藤酮 | Sigma | R8875 |
| 琥珀酸处理 | 二甲基琥珀酸 | Sigma | V900547 |
| ATP合酶抑制 | 寡霉素 | Sigma | 495455 |
| ROS探针 | MitoB探针 | Sigma | SML1300 |
| 内标 | d15-MitoB | Cayman Chemical | 17470 |
| d15-MitoP | Cayman Chemical | 19296 | |
| Western blot | 抗Ndufv1抗体 | ProteinTech | 11238-1-AP |
| 抗Ndufv2抗体 | ProteinTech | 15301-1-AP | |
| 抗Ndufs1抗体 | ProteinTech | 12444-1-AP | |
| 抗Ndufs4抗体 | ProteinTech | 15849-1-AP | |
| 抗Ndufs6抗体 | ProteinTech | 14417-1-AP | |
| 抗Ndufa12抗体 | ProteinTech | 15793-1-AP | |
| 抗Bax抗体 | ProteinTech | 60267-1-Ig | |
| 抗Bcl2抗体 | ProteinTech | 26593-1-AP | |
| 抗prohibitin抗体 | Abcam | ab75766 | |
| 免疫组化 | 抗8-羟基鸟苷抗体 | Abcam | ab62623 |
| Western blot | 抗β-肌动蛋白抗体 | Bioss | bs-0061R |
| 抗Bak抗体 | Bioworld Technology | BS1029 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Bioworld Technology | BS1174 | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioworld Technology | AP0063 | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Bioworld Technology | BS13278 | |
| 山羊抗小鼠IgG二抗 | Bioworld Technology | BS12478 | |
| RNA提取 | TRIeasyTM试剂 | Yeasen | -- |
| 反转录 | Hieff™第一链cDNA合成预混液 | Yeasen | -- |
| qPCR | Hieff™ qPCR SYBR Green预混液试剂盒 | Yeasen | -- |
| CFX96TM实时荧光定量PCR系统 | BIO-RAD | -- | |
| 线粒体分离 | 组织线粒体分离试剂盒 | Beyotime | -- |
| 蛋白质组学 | TMT标记试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质组学色谱分离 | Agilent 300 Extend C18色谱柱 | Agilent | -- |
| 蛋白质组学 | Maxquant搜索引擎 | -- | v.1.5.2.8 |
| RNA-seq | RNeasy Plus试剂盒 | QIAGEN | -- |
| siRNA转染 | siRNA | GenePharma | -- |
| 质粒提取 | 质粒DNA纯化试剂盒 | QIAGEN | -- |
| Western blot | 抗Flag抗体 | Bioworld Technology | 20311007 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂 | Molecular Probes | -- |
| 线粒体pH检测 | 线粒体pH荧光探针 | GenTarget Inc. | -- |
| ND3标记 | BODIPY-TMR C5-马来酰亚胺 | Invitrogen | -- |
| Sypro Ruby染色 | Invitrogen | -- | |
| SPR分析 | Biacore T200表面等离子体共振仪 | GE Healthcare | -- |
| 人重组ND3蛋白 | Sigma | APREST88027 | |
| OCR测定 | XF96细胞外通量分析仪 | Agilent | -- |
| 复合物活性 | 线粒体复合物活性试剂盒 | GENMED Scientifics, Inc. | -- |
| NADH脱氢酶活性 | 线粒体OXPHOS复合物I(NADH脱氢酶)酶活性试剂盒 | Abcam | -- |
| 乳酸测定 | 乳酸检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| ATP测定 | ATP检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| 线粒体膜电位检测 | 四甲基罗丹明乙酯 | -- | -- |
| MPTP检测 | 线粒体通透性转换孔检测试剂盒 | Life Technology | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Yeasen | -- |
| LC-MS/MS | LCMS8050液相色谱质谱联用仪 | Shimadzu | -- |
| 荧光成像 | 数字荧光图像分析仪 | Tanon | -- |
| 共聚焦显微镜 | Zeiss LSM 700共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内I/R模型与给药 | 小鼠品系、性别、年龄;Rb1给药剂量、途径、时间点;缺血和再灌注时长;心功能测量时间点。 阅读提示:Methods: Animals, In vivo myocardial I/R model |
| 原代心肌细胞分离与H/R处理 | 心肌细胞分离方法;Rb1预处理浓度和时间;缺氧和复氧时间;培养基成分。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX浓度和孵育时间;MitoB注射剂量和时机;MitoB/MitoP提取及LC-MS/MS条件。 阅读提示:Methods: Measurement of mitochondrial ROS in vitro and in vivo |
| TMT蛋白质组学 | 线粒体提取方法;蛋白定量、酶解、标记、分级;质谱参数;差异蛋白筛选标准。 阅读提示:Methods: TMT-based quantitative proteomics; Figure 4 |
| OCR测定 | H9c2细胞密度;透化剂浓度;底物和抑制剂浓度及添加顺序。 阅读提示:Methods: Oxygen consumption rate (OCR) assay |
| 复合物活性测定 | 试剂盒来源;蛋白量;底物浓度;反应条件。 阅读提示:Methods: Measurement of mitochondrial complex activities |
| siRNA转染与Ndi1表达 | siRNA序列、转染试剂和浓度;Ndi1质粒构建和转染效率验证。 阅读提示:Methods: Small interfering RNA transfection and yeast NADH dehydrogenase (Ndi1)-expressing construct |
| ND3标记和SPR | 线粒体分离处理;BODIPY-TMR孵育条件;SPR固定和浓度梯度。 阅读提示:Methods: Fluorescent labeling of ND3 subunit, Surface plasmon resonance (SPR) analysis |