生物信息学分析
评估 STAT3 mRNA 表达与胶质瘤恶性程度、治疗耐药性和免疫抑制的相关性
分析了来自 TCGA、CGGA 和 GSE16011 等 4 个公共胶质瘤数据集的 1,837 个样本,使用 ESTIMATE 和 CIBERSORT 评估免疫浸润。
ACT001 reduces the expression of PD-L1 by inhibiting the phosphorylation of STAT3 in glioblastoma.
研究包含生物信息学分析、临床样本 IHC 验证、体外细胞实验、分子机制验证(pull-down、ChIP、双荧光素酶)及体内动物模型等多个独立证据层级,且包含功能验证和机制验证。
人胶质瘤细胞系(U251MG、TJ905、SNB19、LN18、LNZ308、TJ179) 小鼠胶质瘤细胞系 GL261 GL261 颅内原位移植瘤小鼠模型(C57BL/6 免疫活性小鼠) 胶质瘤组织样本(组织微阵列)
ACT001 浓度范围:0-80 μM 处理胶质瘤细胞,CCK8 检测细胞活力 ACT001 给药剂量:100 mg/kg/day 和 400 mg/kg/day 口服给药 ACT001 处理时间:体外 24-96 h;体内从第 7 天开始每天给药 统计设计:Log-rank (Mantel-Cox) 检验,p<0.05 认为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估 STAT3 mRNA 表达与胶质瘤恶性程度、治疗耐药性和免疫抑制的相关性
分析了来自 TCGA、CGGA 和 GSE16011 等 4 个公共胶质瘤数据集的 1,837 个样本,使用 ESTIMATE 和 CIBERSORT 评估免疫浸润。
验证 p-STAT3 和 PD-L1 蛋白表达与 WHO 胶质瘤分级的关系
对包含 53 个肿瘤组织样品的组织微阵列进行 IHC 染色,评估 p-STAT3 和 PD-L1 表达。
评估 ACT001 对胶质瘤细胞 PD-L1 表达和 STAT3 磷酸化的影响
用不同浓度 ACT001 处理胶质瘤细胞系,通过 RT-PCR、Western blot、免疫荧光检测 PD-L1 和 p-STAT3 表达变化。
验证 ACT001 直接结合 STAT3,以及 STAT3 对 PD-L1 转录的调控
使用 ACT001-生物素探针 pull-down、ChIP 和双荧光素酶报告基因实验验证结合及调控关系。
评估 ACT001 对 GL261 原位胶质瘤模型小鼠生存期和肿瘤免疫微环境的影响
将 GL261 细胞立体定向植入 C57BL/6 小鼠脑内,第 7 天开始口服 ACT001(100 或 400 mg/kg/day),监测生存期和肿瘤信号,收集肿瘤组织进行 IHC。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RPMI 1640 培养基 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇 12-十四酸酯 13-乙酸酯 | Solarbio | -- |
| 蛋白检测 | 抗 PD-L1 抗体 | ABclonal | A11273 |
| 抗 STAT3 抗体 | ABclonal | A11867 | |
| 抗 CD163 抗体 | Bioss | bs-2527R | |
| 抗 CD206 抗体 | Bioss | bs-4727R | |
| 抗 iNOS 抗体 | Bioss | bs-2072R | |
| 抗 IFNγ 抗体 | Bioss | bs-0480R | |
| 抗磷酸化 STAT3 (Tyr705) 抗体 | Cell Signaling Technology | 9145S | |
| 抗 β-actin 抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 | |
| Western blot | 过氧化物酶标记的山羊抗兔 IgG | ZSGB-BIO | ZB-2301 |
| 过氧化物酶标记的山羊抗小鼠 IgG | ZSGB-BIO | ZB-2305 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 594 驴抗兔 IgG | Invitrogen | A21207 |
| Alexa Fluor 488 驴抗小鼠 IgG | Invitrogen | A21202 | |
| 药物处理 | ACT001 | Accenda | -- |
| ACT001-生物素探针 | Accenda | -- | |
| 病毒包装 | 含有 STAT3 敲低序列的慢病毒 | GeneChem | -- |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖 | 细胞增殖-毒性检测试剂盒 | DOJINDO | CK04 |
| 蛋白定量 | BCA 蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 动物活体成像 | 小动物活体成像系统 | -- | -- |
| 显微镜 | VANOX 显微镜 | Olympus | -- |
| 酶标仪 | 微孔板发光检测仪 | BioTek | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度(100 U/mL Penicillin-Streptomycin)、培养条件(37℃, 5% CO2)、U937 细胞 PMA 浓度(100 ng/ml) 阅读提示:Methods 部分 'Cells and cell culture' |
| ACT001 处理 | ACT001 浓度、处理时间(24-96 h)、溶剂(蒸馏水) 阅读提示:Methods 部分 'Cells and cell culture' 和 'ACT001, lentivirus and plasmids',结果部分 'ACT001 reduces the expression of p-STAT3 and PD-L1' |
| 分子机制验证 | ACT001-生物素探针浓度(100 μmol/L)、ChIP 抗体(p-STAT3 Tyr705)、双荧光素酶报告基因质粒(pGL3-PD-L1, pcDNA3.1-STAT3) 阅读提示:Methods 部分 'Pull-down of ACT001-biotin bound proteins', 'Chromatin-immunoprecipitation (ChIP)', 'Dual-luciferase reporter assay' |
| 体内实验 | 小鼠品系(C57BL/6)、周龄(6 周)、植入细胞数量(5×10^5)、给药剂量(100 或 400 mg/kg/day)、给药途径(口服)、给药开始时间(第 7 天)、生存期监测截止时间(第 42 天) 阅读提示:Methods 部分 'Implantation and oral administration of ACT001',Figure 8 图例 |
| 统计分析 | 样本量、重复次数(至少三次)、统计方法(Log-rank (Mantel-Cox) test, unpaired t-test)、显著性阈值(p<0.05) 阅读提示:Methods 部分 'Statistics' |