数据库关联分析
分析IGFBP2与间充质特征及FcγRIIB表达的相关性。
利用TCGA胶质瘤数据库计算MES特征富集评分,与IGFBP2表达进行Pearson相关分析。
IGFBP2 promotes immunosuppression associated with its mesenchymal induction and FcγRIIB phosphorylation in glioblastoma.
体外细胞实验、共培养实验、动物模型、人组织样本及数据库分析,并包含功能验证(敲低/过表达)和机制验证(FcγRIIB磷酸化)。
GL261小鼠胶质母细胞瘤细胞 LN229人胶质母细胞瘤细胞 C57BL/6J小鼠原位GL261移植瘤模型 人GBM组织芯片
异种移植模型:GL261细胞颅内注射,5×10^4细胞/3μl 抗体处理:腹腔注射抗IGFBP2抗体(100μg/kg),每周两次 共培养比例:脾细胞与肿瘤细胞10:1,丝裂霉素C预处理10μM 45分钟 检测时间点:共培养6天后流式分析,体内4周后分析 统计方法:非配对Welch t检验,Kaplan-Meier生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析IGFBP2与间充质特征及FcγRIIB表达的相关性。
利用TCGA胶质瘤数据库计算MES特征富集评分,与IGFBP2表达进行Pearson相关分析。
验证IGFBP2对GBM细胞间充质标志物的影响。
使用shRNA敲低、抗IGFBP2抗体阻断、过表达IGFBP2或突变体(RGD到RGE)处理GL261细胞,检测间充质标志物蛋白水平。
评估IGFBP2影响GBM暴露的免疫细胞的数量和功能标志。
将小鼠脾细胞(SPCs)与GL261细胞共培养,通过FACS分析T细胞、B细胞和巨噬细胞数量及p-FcγRIIB表达。
评估抗体阻断IGFBP2对肿瘤生长、生存期和免疫细胞浸润的影响。
C57BL/6J小鼠颅内接种GL261细胞,7天后腹腔注射抗IGFBP2抗体或IgG对照,每周两次,监测肿瘤体积和生存期,并进行IHC和流式分析。
验证人GBM中IGFBP2与p-FcγRIIB表达的相关性。
使用组织芯片进行IHC染色,检测IGFBP2和p-FcγRIIB表达,计算相关性和阳性率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| G418 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 抗IGFBP2单克隆抗体 | Bioss | bs-1108R |
| 同型IgG对照 | Bioss | bs-0295P | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Cell Signaling | -- |
| ELISA | TGFβ1 ELISA试剂盒 | R&D System | MB100B |
| IGFBP2 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EMIGFBP2 | |
| 流式细胞术 | 抗CD4抗体 | BD Biosciences | 553051 |
| 抗CD8抗体 | BD Biosciences | 553030 | |
| 抗CD19抗体 | ebioscience | 12-0193-82 | |
| 抗CD163抗体 | ebioscience | 12-1631-80 | |
| 抗F4/80抗体 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | MF48000 | |
| Alexa Fluor 647标记二抗 | Abcam | ab150155 | |
| 固定/透化缓冲液 | BD Pharmingen, BD Biosciences | 562574 | |
| 免疫组织化学 | 抗IGFBP2抗体 | Bioss | bs-1108R |
| 抗磷酸化FcγRIIB抗体 | Bioss | bs-6031R | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab209775 | |
| 抗磷酸化CD19(Y531)抗体 | Abcam | ab203615 | |
| 抗CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| DAB检测系统 | MaxVision | DAB-2031 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | -- | PV-6000 | |
| 成像 | Leica Aperio AT2扫描仪 | Leica | -- |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| 细胞培养 | pcDNA3.1-IGFBP2表达载体 | -- | -- |
| pcDNA3.1-IGFBP2mt表达载体 | -- | -- | |
| 细胞处理 | QuikChange定点突变试剂盒 | Stratagene | -- |
| 流式细胞术 | Amnis Image Stream Mark II成像流式细胞仪 | Millipore Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | GL261细胞使用10% FBS RPMI1640,LN229使用DMEM/F12;培养条件37°C、5% CO2。 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and mice |
| 细胞转染与处理 | IGFBP2敲低使用shRNA慢病毒,过表达使用质粒转染,筛选浓度400 μg/ml G418;抗体处理浓度2.0 μg/ml,处理3天。 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection and treatment |
| 共培养实验 | SPCs与肿瘤细胞比例10:1,肿瘤细胞需经10 μM丝裂霉素C处理45分钟;共培养时间6天。 阅读提示:Materials and methods: Cell co-culture of mouse SPCs and GBM cells |
| 动物模型 | GL261细胞颅内注射量5×10^4细胞/3μl;抗体处理剂量100μg/kg,每周两次,起始于接种后7天。 阅读提示:Materials and methods: Mouse GBM model and treatment |
| 免疫组化分析 | 组织切片厚度5μm,抗原修复液0.1M柠檬酸盐缓冲液(pH6.0),抗体验证(克隆号),阳性细胞计数方法。 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry staining (IHC) |
| 流式分析 | 抗体克隆号和荧光标记;需固定/透化缓冲液(BD 562574)检测细胞内p-FcγRIIB。 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry |