临床样本分析
评估GATA6、LOXL2、VEGFA表达和MVD在胆管癌组织中的相关性及预后价值
使用组织芯片进行免疫组化染色,检测91例癌组织和31例癌旁组织中GATA6、LOXL2、VEGFA和CD34的表达,并计算MVD,进行生存分析
The interaction of LOXL2 with GATA6 induces VEGFA expression and angiogenesis in cholangiocarcinoma.
包含临床组织芯片分析、体外细胞功能与机制实验、体内裸鼠移植瘤实验等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
胆管癌细胞系QBC939 胆管癌细胞系RBE 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) 裸鼠皮下移植瘤模型
GATA6/LOXL2在胆管癌组织中的共表达与VEGFA表达及MVD的相关性 shRNA敲低和过表达GATA6/LOXL2对VEGFA表达的影响 GATA6与LOXL2的物理相互作用及SRCR结构域的作用 敲低GATA6/LOXL2对HUVEC管形成的影响 敲低GATA6/LOXL2对裸鼠皮下移植瘤生长和血管生成的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GATA6、LOXL2、VEGFA表达和MVD在胆管癌组织中的相关性及预后价值
使用组织芯片进行免疫组化染色,检测91例癌组织和31例癌旁组织中GATA6、LOXL2、VEGFA和CD34的表达,并计算MVD,进行生存分析
验证GATA6和LOXL2表达变化对VEGFA表达的影响
在QBC939细胞中转染shRNA敲低GATA6和/或LOXL2,在RBE细胞中过表达GATA6和/或LOXL2,通过western blot和RT-qPCR检测VEGFA表达
验证GATA6与LOXL2的物理相互作用及结构域
通过免疫共沉淀和免疫荧光实验检测内源性相互作用,并使用LOXL2突变体确定相互作用结构域
验证GATA6/LOXL2对VEGFA启动子的转录调控
使用双荧光素酶报告基因检测VEGFA启动子活性,并通过ChIP实验验证GATA6结合VEGFA启动子
验证GATA6/LOXL2对VEGFA分泌和血管生成的促进作用
收集敲低GATA6/LOXL2的QBC939细胞的条件培养基,通过ELISA检测VEGFA分泌水平,并进行HUVEC管形成实验
验证GATA6/LOXL2对肿瘤生长和血管生成的促进作用
将稳定敲低GATA6/LOXL2的QBC939细胞皮下注射裸鼠,4周后检测肿瘤体积、MVD和VEGFA表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | GTVion™ 检测系统/小鼠兔 | Shanghai Genetech Co., Ltd. | GK500710 |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST023 | |
| 抗GATA6抗体 | Novus Biologicals LLC | NBP1-47766 | |
| 抗LOXL2抗体 | Abcam | ab96233 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab46154 | |
| 抗CD34抗体 | Abcam | ab81289 | |
| 中性树胶 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | G8590 | |
| 光学显微镜BX41 | Olympus Corporation | -- | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | Zeta Life | -- | |
| 聚凝胺 | Shanghai GenePharma Co., Ltd. | -- | |
| 质粒转染 | Lipofectamine™ 3000试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 双荧光素酶报告实验 | Dual-Glo® 荧光素酶检测系统 | Promega Corporation | E2920 |
| 染色质免疫沉淀 | EZ-Magna ChIP™ A/G试剂盒 | Merck KGaA | 17-10086 |
| 抗GATA6抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 5851 | |
| 兔IgG对照抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 2729 | |
| SYBR Premix Ex Taq™ II | Takara Bio, Inc. | RR820A | |
| Gel-Red核酸染料 | Beyotime Institute of Biotechnology | D0139 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce™ IP裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche Diagnostics | -- | |
| Protein G磁珠 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| GATA6抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 5851 | |
| LOXL2抗体 | R&D Systems, Inc. | MAB2639 | |
| Flag抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 14793 | |
| 兔IgG | BIOSS | bs-0295P | |
| 小鼠IgG | BIOSS | bs-0296P | |
| HRP偶联VeriBlot IP二抗 | Abcam | ab131366 | |
| RNA提取 | Eastep Super总RNA提取试剂盒 | Promega Corporation | -- |
| 逆转录 | PrimeScript™ RT试剂盒 | Takara Bio, Inc. | RR037A |
| RT-qPCR | CFX96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | -- |
| BCA试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| PVDF膜 | Merck KGaA | -- | |
| 抗GATA6抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 5851 | |
| 抗GAPDH抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 10494-1-AP | |
| 抗LOXL2抗体 | Abcam | ab96233 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab46154 | |
| 抗Flag抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 14793 | |
| HRP偶联抗兔二抗 | Abcam | ab6721 | |
| Immobilon™ 蛋白质印迹化学发光HRP底物 | Merck KGaA | WBKLS0100 | |
| 免疫荧光 | 抗GATA6抗体 | R&D Systems, Inc. | AF1700 |
| 抗LOXL2抗体 | Abcam | ab179810 | |
| Cyanine3偶联驴抗山羊二抗 | ProteinTech Group, Inc. | SA00009-3 | |
| Alexa Fluor® 488偶联驴抗兔二抗 | ProteinTech Group, Inc. | SA00006-6 | |
| DAPI | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Leica Microsystem GmbH | -- | |
| ELISA | VEGFA ELISA试剂盒 | Wuhan Abebio Science Co., Ltd. | AE11718HU |
| 血管生成实验 | 基质胶 | Corning Inc. | -- |
| 倒置显微镜 | Nikon Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者纳入标准、样本数量、TNM分期标准、抗体稀释度、阳性判定标准 阅读提示:Materials and methods: Patients and clinical samples, Tissue microarray (TMA) and immunohistochemistry (IHC) |
| 细胞培养和慢病毒感染 | 细胞系来源、培养条件、慢病毒MOI、shRNA序列、感染时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and lentivirus infection |
| 双荧光素酶报告实验 | 质粒浓度、转染试剂用量、检测时间、内参质粒 阅读提示:Materials and methods: Dual-luciferase reporter assay |
| 染色质免疫沉淀 | 交联条件、超声参数、抗体类型、qPCR条件 阅读提示:Materials and methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) |
| 免疫共沉淀 | 裂解缓冲液、抗体用量、洗涤条件 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation (Co-IP) |
| 体外血管生成实验 | HUVEC细胞密度、Matrigel浓度、孵育时间、拍照条件 阅读提示:Materials and methods: In vitro Matrigel-based angiogenesis assays |
| 动物实验 | 动物品系、年龄、体重、细胞注射量、分组、观察时间、肿瘤测量方法 阅读提示:Materials and methods: CCA cell subcutaneous tumorigenesis in nude mice |