样本收集和RNA提取
获取PA和正常涎腺组织并提取RNA,以进行基因表达分析
从26对PA和NSGT标本中提取RNA,使用TRIzol和Aurum Total RNA mini kit,并用Qubit RNA BR Assay Kit定量
Identifying Candidate Biomarkers for Pleomorphic Adenoma: A Case-Control Study.
包含RT-qPCR和免疫组化两种检测方法,验证了mRNA和蛋白表达,并分析了临床病理关联,但缺乏功能实验和动物模型。
多形性腺瘤组织标本 正常涎腺组织对照
样本量:26对PA和NSGT,其中17对用于RT-qPCR KLK mRNA检测:RT-qPCR,使用β-actin作为内参 KLK蛋白检测:免疫组化,使用KLK1、KLK12、KLK13、KLK8抗体 统计分析:Wilcoxon符号秩检验和Mann-Whitney U检验,显著性水平P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取PA和正常涎腺组织并提取RNA,以进行基因表达分析
从26对PA和NSGT标本中提取RNA,使用TRIzol和Aurum Total RNA mini kit,并用Qubit RNA BR Assay Kit定量
定量比较PA和NSGT中KLK1–15的mRNA表达水平
使用iScript cDNA Synthesis Kit逆转录,CFX Connect Real-Time PCR Detection System进行RT-qPCR,使用SsoFast EvaGreen Supermix和定制引物板
验证RT-qPCR发现的差异表达KLK在蛋白水平的表达情况
对26对PA和NSGT标本进行IHC,使用KLK1、KLK12、KLK13和KLK8抗体,采用半定量OSS评分
分析KLK表达和肿瘤大小与包膜侵犯和/或穿孔的关系
检查原始组织学切片,定义包膜侵犯和穿孔,统计分析KLK mRNA和蛋白表达与这些现象的关系
探究肿瘤大小是否与包膜侵犯和/或穿孔相关
从手术病理报告中获取肿瘤大小,比较伴有或不伴有包膜侵犯/穿孔的PA大小
评估PA患者的术后复发和恶性转化情况
审查医疗记录,记录10年随访期间的复发或恶性转化事件
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| RNA纯化 | Aurum总RNA小提试剂盒 | Bio-Rad Laboratories | 7326820 |
| RNA定量 | Qubit RNA BR检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q10210 |
| cDNA合成 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad Laboratories | 1708890 |
| RT-qPCR | CFX Connect实时PCR检测系统 | Bio-Rad Laboratories | -- |
| SsoFast EvaGreen超混合液 | Bio-Rad Laboratories | 1725201 | |
| 免疫组化 | KLK1抗体 | Bioss | BS-1963R |
| KLK12抗体 | Novus Biologicals | NB200-137 | |
| KLK13抗体 | Abcam | AB113227 | |
| KLK8抗体 | Abgent | AP6327B | |
| ImmPRESS HRP抗兔IgG(过氧化物酶)聚合物检测试剂盒 | Vector Laboratories | MP-7401 | |
| Cytoseal封片剂 | VWR | 48212154 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本量26对,新鲜冷冻,RNA产量足够17对 阅读提示:Methods部分,Table 1 |
| RT-qPCR | 引物序列和浓度:KLK1–15和β-actin,来自Qiagen;反应体系:10μL SsoFast EvaGreen Supermix,2μL引物,1μL cDNA,7μL无核酸酶水;循环条件:95°C 10分钟,40个循环(95°C 15秒,60°C 1分钟) 阅读提示:Methods中的RT-qPCR部分 |
| 免疫组化 | 抗体稀释度:KLK1 1/1000,KLK12 1/100,KLK13 1/2000,KLK8 1/200;抗原修复条件 阅读提示:Methods中的Immunohistochemistry部分 |
| 包膜侵犯/穿孔评估 | 定义:包膜侵犯和穿孔;统计检验 阅读提示:Methods中的Assessment of Capsular Invasion and/or Perforation部分 |