TMEM106B进化保守性分析
评估TMEM106B在物种间的保守性及其与旁系同源物的同源性。
使用CLC Free Workbench进行多序列比对,比较人类TMEM106B与多种脊椎动物及TMEM106A/C的氨基酸序列。
TMEM106B expression is reduced in Alzheimer's disease brains.
包含qPCR、Western blot、免疫组化及过表达实验,但缺乏功能获得或丧失实验和动物模型验证。
人脑组织(AD和non-AD病例) SK-N-SH神经母细胞瘤细胞
AD病例数:6例(免疫组化)/7例(qPCR/WB) 非AD病例数:13例(免疫组化)/14例(qPCR/WB) 检测指标:TMEM106B、PGRN、NFH、GFAP、NEUN mRNA及蛋白表达 对照:非AD脑组(NC, ALS, PD, MSA) 统计分析:Student's t检验、Pearson相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TMEM106B在物种间的保守性及其与旁系同源物的同源性。
使用CLC Free Workbench进行多序列比对,比较人类TMEM106B与多种脊椎动物及TMEM106A/C的氨基酸序列。
检测TMEM106A/B/C和PGRN在多种人神经细胞中的mRNA表达。
通过RT-PCR分析人脑组织、星形胶质细胞、神经祖细胞、NTera2、SK-N-SH、IMR-32、U-373MG、T98G和HMO6细胞中TMEM106A/B/C和PGRN的mRNA表达。
比较AD和非AD脑中TMEM106B、PGRN及相关基因的mRNA水平。
通过qPCR检测人脑组织样本中TMEM106B、PGRN、NFH、GFAP和NEUN的mRNA水平,并标准化至G3PDH。
验证用于Western blot和免疫组化的抗TMEM106B抗体的特异性。
在HeLa细胞中瞬时表达Xpress标记的TMEM106A/B/C,通过Western blot检测抗体A303-439A的反应性。
比较AD和非AD脑中TMEM106B和PGRN的蛋白水平。
通过Western blot分析人脑组织样本中TMEM106B、PGRN和HSP60的蛋白水平,标准化至HSP60。
观察AD和非AD脑中TMEM106B和PGRN的细胞分布和病理学相关性。
使用抗TMEM106B(A303-439A)和抗PGRN(EPR3781)抗体进行免疫组化染色,检查额叶皮质和海马。
检测TMEM106B或PGRN过表达是否影响彼此的内源mRNA水平。
在SK-N-SH细胞中瞬时表达Xpress标记的TMEM106B、PGRN或LacZ,通过qPCR检测内源TMEM106B和PGRN mRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗TMEM106B抗体 | Bethyl Laboratories | A303-439A |
| 抗PGRN抗体 | Abcam | EPR3781 | |
| 抗pS409/410 TDP-43抗体 | Cosmo Bio | TIP-PTD-M01 | |
| 过氧化物酶偶联二抗 | Nichirei | -- | |
| RT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- | |
| HotStar Taq DNA聚合酶 | Qiagen | -- | |
| qPCR | LightCycler ST300 | Roche Diagnostics | -- |
| SYBR Green I | -- | -- | |
| 载体构建 | PfuTurbo DNA聚合酶 | Agilent Technologies | -- |
| pcDNA4/HisMax-TOPO载体 | Invitrogen | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Sigma | -- |
| NP-40裂解液 | -- | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | -- | |
| Western blot | 抗TMEM106B抗体 | Bioss | bs-11694R |
| 抗TMEM106B抗体 | Proteintech | 20995-1-AP | |
| 抗Xpress抗体 | Invitrogen | -- | |
| HRP偶联抗兔IgG | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 化学发光底物 | Pierce | -- | |
| 抗HSP60抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1052 | |
| ImageJ软件 | National Institute of Health | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人脑组织来源 | 样本类型、病例数、诊断标准、死后间隔 阅读提示:Materials and methods: Human brain tissues |
| qPCR | 引物序列、内参基因、标准化方法、重复数 阅读提示:Materials and methods: Reverse transcriptase-polymerase chain reaction analysis |
| Western blot | 抗体、蛋白提取缓冲液、内参蛋白、上样量、图像定量方法 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis |
| 免疫组化 | 固定方式、抗原修复条件、抗体浓度、孵育时间、检测系统 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry |