临床样本中hsa_circ_103089表达与预后分析
验证hsa_circ_103089在NSCLC组织和细胞系中的表达水平及其与临床特征和预后的关联。
通过GEO数据库筛选差异表达circRNA,qRT-PCR检测NSCLC组织和细胞系中hsa_circ_103089表达,FISH检测组织芯片(94例肺腺癌)中的表达,并进行临床相关性分析。
Circular RNA hsa_circ_103089 modulates metabolic glycolysis and influences migration, invasion, and cisplatin sensitivity in non-small cell lung cancer cells via the miR-876-5p/EGFR axis.
包含体外细胞功能实验、分子机制验证、体内异种移植模型及临床样本关联分析,多层级证据验证hsa_circ_103089/miR-876-5p/EGFR轴。
A549细胞 HCC827细胞 裸鼠异种移植模型 NSCLC患者组织样本
hsa_circ_103089在A549和HCC827细胞中的敲低效率(shRNA#1和#3) miR-876-5p mimic和inhibitor的转染浓度(100 nM) DDP处理浓度(5 μM)和时间(24小时) 体内实验中DDP剂量(2 mg/kg)和给药频率(隔日一次,持续3周) qRT-PCR、Western blotting等检测方法的参考基因(U6、GAPDH)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证hsa_circ_103089在NSCLC组织和细胞系中的表达水平及其与临床特征和预后的关联。
通过GEO数据库筛选差异表达circRNA,qRT-PCR检测NSCLC组织和细胞系中hsa_circ_103089表达,FISH检测组织芯片(94例肺腺癌)中的表达,并进行临床相关性分析。
观察沉默hsa_circ_103089对NSCLC细胞迁移和侵袭能力的影响。
在A549和HCC827细胞中敲低hsa_circ_103089,通过Transwell和伤口愈合实验检测细胞侵袭和迁移能力。
检测沉默hsa_circ_103089是否增强NSCLC细胞对DDP的敏感性。
用DDP处理敲低细胞,通过CCK-8和克隆形成实验评估细胞活力。
评估hsa_circ_103089对NSCLC细胞糖酵解能力及相关蛋白表达的影响。
通过ECAR实验测量细胞外酸化率,检测葡萄糖摄取和乳酸生成,Western blotting检测糖酵解相关蛋白表达。
验证hsa_circ_103089是否作为miR-876-5p的海绵直接结合。
通过FISH定位、双荧光素酶报告基因和RNA pull-down实验验证结合。
验证hsa_circ_103089通过miR-876-5p调节细胞迁移、侵袭、增殖和糖酵解。
在敲低hsa_circ_103089的细胞中转染miR-876-5p mimic或inhibitor,检测迁移、侵袭、增殖和糖酵解相关指标。
验证EGFR是miR-876-5p的直接靶基因。
通过双荧光素酶报告基因和Western blotting验证miR-876-5p对EGFR的调控。
确认hsa_circ_103089通过miR-876-5p/EGFR轴调节糖酵解相关基因和蛋白表达。
过表达EGFR并转染miR-876-5p mimic或敲低hsa_circ_103089,检测糖酵解相关基因和蛋白表达及信号通路。
确认hsa_circ_103089通过miR-876-5p/EGFR轴调节DDP敏感性。
在EGFR过表达细胞中敲低hsa_circ_103089或转染miR-876-5p mimic,检测TUNEL阳性和细胞活力。
在体内验证hsa_circ_103089通过miR-876-5p调节肿瘤生长、糖酵解和DDP敏感性。
建立裸鼠异种移植模型,注射敲低hsa_circ_103089的A549细胞,并使用DDP和antagomir处理,检测肿瘤生长、Ki67、TUNEL、糖酵解相关蛋白及信号通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| RT-qPCR | PrimeScript™逆转录试剂盒 | Takara | RR047Q |
| BeyoFast™ SYBR Green qPCR预混液 | Beyotime | D7260 | |
| ABI 7500 PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 病毒转染 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Sigma | -- |
| 细胞外酸化率测量 | 安捷伦Seahorse XFe24分析仪 | Agilent | -- |
| 糖酵解检测 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma | -- |
| 葡萄糖检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Beijing Solarbio | BC2505 |
| 乳酸检测 | 乳酸检测试剂盒 | Beijing Solarbio | BC2235 |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| GLUT1抗体 | Abcam | ab115730 | |
| LDHA抗体 | Abcam | ab47010 | |
| pPKM2抗体 | Arigobio | ARG51804 | |
| PKM2抗体 | Abcam | ab85555 | |
| HK2抗体 | Abcam | ab209847 | |
| EGFR抗体 | Abcam | ab52894 | |
| p-EGFR抗体 | Signalway Biotechnology | 11220 | |
| p-ERK抗体 | Abcam | ab201015 | |
| ERK抗体 | Abcam | ab54230 | |
| Histone H3抗体 | Abcam | ab18521 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| 羊抗兔IgG-HRP二抗 | Abcam | ab6721 | |
| FISH | FISH检测试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| DAPI | -- | -- | |
| RNA pull-down | 链霉亲和素磁珠 | Beaverbio | 22307-1 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3-Basic载体 | -- | -- |
| 基因过表达 | PrimeSTAR® GXL DNA聚合酶 | Takara | -- |
| ClonExpress Ultra一步克隆试剂盒V3 | Vazyme | -- | |
| X-tremeGENE™ HP DNA转染试剂 | Roche | -- | |
| TUNEL染色 | TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Servicebio | -- |
| 病理检查 | Ki67一抗 | Abcam | ab15580 |
| DAB显色剂 | Sigma | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | NSCLC组织样本数量(30对)、收集时间(2024年1月至11月)、组织芯片信息(HLugA180Su09, 94例肺腺癌,包含94癌症/86癌旁,随访3-8年) 阅读提示:Materials and methods 临床样本 |
| 细胞培养 | 细胞系(A549、HCC827)、培养基(DMEM+10%FBS+1%青霉素/链霉素)、培养条件(37°C, 5% CO2)、ActD浓度(5 μg/mL)及处理时间(0,6,12,18,24 h) 阅读提示:Materials and methods 细胞培养 |
| 基因敲低 | shRNA序列(shRNA1、shRNA2、shRNA3)、载体(pLKO.1)、病毒包装(Zhejiang Ruyao Biotechnology)、感染后筛选(2 μg/ml嘌呤霉素)、敲低效率验证(qRT-PCR) 阅读提示:Materials and methods 建立hsa_circ_103089敲低细胞系 |
| 细胞功能检测 | Transwell(2×10^4细胞/孔、8 μm孔径、Matrigel包被、48 h)、伤口愈合(6孔板、10 μL枪头划痕、48 h)、CCK-8(DDP浓度5 μM、处理24 h)、克隆形成(1000细胞/孔、6孔板、培养2周) 阅读提示:Materials and methods Transwell assay、Wound-healing assay、Cisplatin (DDP) sensitivity analysis |
| 糖酵解检测 | ECAR(Seahorse XFe24、细胞接种密度未明确、饥饿24 h、葡萄糖10 mM、寡霉素1 μM、2-DG 80 mM)、葡萄糖和乳酸检测(5×10^6细胞,试剂盒BC2505/BC2235)、Western blotting(细胞5×10^6或组织100 mg、抗体浓度未明确) 阅读提示:Materials and methods Extracellular Acidification Rate (ECAR) measurement、Glucose and lactate content assay、Western blotting |
| 分子机制验证 | 双荧光素酶报告基因(pGL3-Basic、突变体构建)、RNA pull-down(biotin-miR-876-5p mimic 50 nM、293T细胞、磁珠孵育3 h)、miR-876-5p mimic/inhibitor浓度(100 nM)、转染时间(48 h) 阅读提示:Materials and methods RNA pull-down assay、Dual-luciferase reporter assay、Construction of EGFR overexpression cells |
| 动物实验 | 动物品系(6周龄雄性裸鼠)、体重(21±1 g)、分组(sh-NC、sh-circ、sh-circ+antagomir、DDP+sh-NC、DDP+sh-circ;每组n=5)、细胞注射量(5×10^6)、DDP剂量(2 mg/kg,隔日腹腔注射,3周)、antagomir剂量(5 nmol/只,每2天瘤内注射)、肿瘤体积测量频率(每5天)、处死时间(第25天) 阅读提示:Materials and methods Xenograft model |