临床样本表达与预后分析
评估DUSP4在卵巢癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性。
利用组织芯片进行免疫组化染色检测DUSP4蛋白表达,分析良性肿块、原发癌和转移癌中的表达差异,并结合TCGA和GEO数据进行生存分析。
DUSP4 inhibited tumor cell proliferation by downregulating glycolysis via p-ERK/p-PGK1 signaling in ovarian cancer.
含临床样本表达与预后分析(组织芯片、TCGA/GEO)、体外功能实验、磷酸化蛋白质组学、机制验证、体内动物模型验证。
卵巢癌细胞系(SKOV3、HEY A8)及其DUSP4过表达稳转株 卵巢原位移植瘤裸鼠模型 人卵巢良性肿块、原发癌和转移癌组织样本
DUSP4过表达稳转细胞系的构建及验证(WB、RT-qPCR) 细胞增殖(CCK-8、克隆形成)、迁移和侵袭(Transwell)实验的重复次数与统计方法 LC-MS/MS磷酸化蛋白质组学中PGK1 S203磷酸化差异的验证(WB) 体内实验中肿瘤细胞注射数量(5×10^5)及肿瘤组织p-ERK和PGK1 S203表达的检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DUSP4在卵巢癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性。
利用组织芯片进行免疫组化染色检测DUSP4蛋白表达,分析良性肿块、原发癌和转移癌中的表达差异,并结合TCGA和GEO数据进行生存分析。
研究DUSP4过表达对卵巢癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
构建DUSP4过表达稳转细胞系(SKOV3和HEY A8),通过CCK-8、克隆形成、Transwell迁移和侵袭实验检测细胞行为。
鉴定DUSP4调控的下游磷酸化蛋白和信号通路。
对SKOV3-DUSP4-OE和对照细胞进行LC-MS/MS磷酸化蛋白质组学分析,筛选差异磷酸化肽段,并进行GO和KEGG富集分析。
验证DUSP4通过p-ERK调控PGK1 S203磷酸化的机制。
通过Western blot检测p-ERK、ERK、PGK1、PGK1 S203的表达,免疫共沉淀检测ERK与PGK1、DUSP4与ERK的相互作用,免疫荧光检测PGK1 S203的线粒体定位。
评估DUSP4过表达对乳酸生成和ROS水平的影响。
使用试剂盒检测细胞内外乳酸含量,使用DCFH-DA探针和流式细胞术检测ROS水平。
验证DUSP4过表达在体内对肿瘤生长的影响。
将DUSP4-OE或对照细胞原位注射到裸鼠卵巢,观察肿瘤生长,检测肿瘤组织中p-ERK和PGK1 S203的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875119 |
| DMEM培养基 | Gibco | 11965092 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 青霉素-链霉素-新霉素抗生素混合物 | Gibco | 15640055 | |
| 免疫组织化学 | 抗DUSP4抗体 | Abcam | ab216576 |
| 抗PGK1抗体 | Proteintech | 17811-1-AP | |
| 抗PGK1 (Ser203磷酸化)抗体 | Signalway Antibody | SAB487P | |
| 抗ERK1/2抗体 | Abcam | ab184699 | |
| 抗ERK1/2 (Thr202/Tyr204磷酸化)抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| HRP标记链霉亲和素偶联二抗 | Servicebio | G3431 | |
| DAB显色液 | Servicebio | G1212 | |
| 苏木素 | Servicebio | G1004 | |
| Pannoramic MIDI玻片扫描仪 | 3D HISTECH | -- | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Jiman Biotechnology | GM-040901 |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| 逆转录试剂盒 | Takara | RR036A | |
| SYBR Green试剂盒 | Yeasen | 11202ES08 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1006 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Merk-Roche | 4906845001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| SDS-PAGE上样缓冲液 | Beyotime | P0286 | |
| 10% SDS-PAGE凝胶 | Epizyme Biotech | PG112 | |
| PVDF膜 | Milipore | IPVH00010 | |
| HRP偶联二抗 | Beyotime | A0208 and A0216 | |
| ECL化学发光液 | Beyotime | P0018FM | |
| Co-IP | 兔正常IgG | Cell Signaling Technology | 2729S |
| Protein A+G琼脂糖珠 | Beyotime | P2012 | |
| 细胞增殖 | CCK8试剂盒 | TargetMol | C0005 |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell板(8微米) | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 356237 | |
| 磷酸化蛋白质组学 | C18色谱柱 | Empore | -- |
| TMT标记试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| High-Select™ Fe-NTA磷酸化肽段富集试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Easy nLC液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | MitoTracker® Green FM线粒体探针 | Yeasen | 40742ES |
| Cy3标记的驴抗兔IgG抗体 | Servicebio | GB21403 | |
| 含DAPI的抗淬灭封片剂 | Beyotime | P0131 | |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Yeasen | 50101ES01 |
| 乳酸检测 | 乳酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A019-2-1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本来源(Xinhua Hospital),样本类型及数量:良性62例,原发癌116例,转移癌71例;分组方法:基于DUSP4表达中位数分组;检测方法:免疫组化H-Score评分。 阅读提示:Materials and methods: Patient samples; Results: Decreased expression of DUSP4 in OC tissues is related to poor prognosis |
| 细胞培养及过表达构建 | 细胞系:SKOV3和HEY A8;培养基:RPMI-1640或DMEM+10% FBS+1% PSN;感染条件:MOI、polybrene浓度(6 µg/ml)、puromycin筛选浓度和时间。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and reagents; Lentiviral transduction |
| 体外功能实验(增殖、迁移、侵袭) | CCK-8:每孔细胞数(2000-5000)、培养天数(5天);Transwell:细胞数(2×10^4)、迁移时间(8-12h)、侵袭实验基质胶用量(50µl)和凝固时间;克隆形成:细胞数(300-500)、培养天数(7-14天)。 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Migration and invasion assay, Colony formation assay; Figure 2 legends |
| 磷酸化蛋白质组学分析 | 细胞样本:SKOV3-DUSP4-OE vs Control;蛋白消化(FASP)、TMT标记、磷酸化肽段富集、LC-MS/MS参数(梯度120min,Q Exactive HF-X);差异肽段筛选标准(FC>1.2或<0.83, p<0.05)。 阅读提示:Materials and methods: Phosphoproteomic detection by mass spectrometry and data analysis; Figure 3 legends |
| 代谢表型检测(乳酸、ROS) | 乳酸检测:细胞数和培养时间、试剂盒(南京建成)步骤;ROS检测:DCFH-DA浓度(10 µM)、孵育时间(15分钟)、流式细胞仪设置。 阅读提示:Materials and methods: ROS detection, Lactate detection; Figure 4 legends |
| 体内动物实验 | 动物品系(BALB/c nude)、性别(雌性)、周龄(4-5周)、体重(15-20g);细胞注射数量(5×10^5)、注射部位(卵巢原位)、观察时间(7-8周);检测指标(活体成像、肿瘤重量和体积、IHC/WB)。 阅读提示:Materials and methods: In situ tumor cell line transplantation mouse model; Figure 6 legends |