PDX模型建立与基因组特征分析
建立源自尿路上皮癌患者的PDX模型,并通过NGS鉴定可干预的突变靶点。
从4例患者建立PDX系,对UC-PDX-LN1进行全外显子测序,发现HRAS Q61R和ERCC2 N238S突变,并通过靶向测序验证。
Paraneoplastic leukocytosis induces NETosis and thrombosis in bladder cancer PDX model.
包含PDX模型建立、药物筛选、转录组分析、细胞因子检测、NETosis和血栓形成验证、临床回顾性分析等多个证据层级。
UC-PDX-LN1患者来源异种移植瘤模型(源自膀胱尿路上皮癌) UC-LN1细胞系(源自UC-PDX-LN1) UC5637细胞系 膀胱癌患者队列(2162例)
UC-PDX-LN1的HRAS Q61K和ERCC2 N238S突变及其药物反应 UC-PDX-LN1小鼠中外周血白细胞增多及肿瘤囊性变 UC-PDX-LN1肿瘤和细胞系中G-CSF和GM-CSF的高表达及受体表达 ladarixin(CXCR1/2抑制剂)联合化疗对肿瘤生长和白细胞增多的影响 rivaroxaban联合化疗对小鼠生存期的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立源自尿路上皮癌患者的PDX模型,并通过NGS鉴定可干预的突变靶点。
从4例患者建立PDX系,对UC-PDX-LN1进行全外显子测序,发现HRAS Q61R和ERCC2 N238S突变,并通过靶向测序验证。
评估UC-PDX-LN1对多种抗癌药物的反应,并观察白细胞计数变化。
对UC-PDX-LN1移植瘤小鼠进行Gemcitabine+Cisplatin(G+P)、sunitinib、everolimus、tipifarnib治疗,监测肿瘤生长、体重、白细胞计数和生存。
探索不同药物治疗后肿瘤的分子变化机制。
对治疗后的UC-PDX-LN1肿瘤进行RNA-seq,进行GO富集分析,并验证关键蛋白表达(p-FGFR、p-STAT3、cleaved PARP、γ-H2AX、MMP1)。
验证肿瘤细胞是否分泌G-CSF/GM-CSF并表达其受体,以支持自分泌/旁分泌机制。
使用细胞因子阵列分析U5637培养基和UC-PDX-LN1囊液,RT-PCR检测mRNA表达,IHC检测G-CSFR和GM-CSFR表达。
研究副肿瘤性白细胞增多时中性粒细胞亚群特征及NETosis倾向。
通过Ficoll密度梯度分离外周血LDN和HDN,PMA刺激观察NETosis,对LDN和HDN进行RNA-seq分析。
在患者肿瘤和PDX肿瘤及肺组织中检测NETosis和血栓形成。
HE染色观察小血管内血栓形成,IHC检测NETosis(citrullinated histone)和血栓相关标记。
验证阻断NETosis或血栓形成是否增强化疗效果。
在UC-PDX-LN1模型中,单独或联合使用ladarixin(CXCR1/2抑制剂)或rivaroxaban(抗凝),评估肿瘤生长、中性粒细胞浸润和生存。
评估膀胱癌患者中副肿瘤性白细胞增多的发生率及预后关联。
回顾2010-2020年2162例膀胱癌患者,筛选出35例PNL,比较总生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 帕博西尼 | Pfizer | -- |
| 舒尼替尼 | Pfizer | -- | |
| 拉达利辛 | Dompé | -- | |
| 利伐沙班 | Bayer | -- | |
| 细胞因子分析 | 人细胞因子芯片试剂盒 | R&D Systems | -- |
| 免疫印迹 | G-CSF抗体 | Abcam | ab197993 |
| G-CSFR抗体 | Abcam | ab126167 | |
| GM-CSF抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-32753 | |
| GM-CSFR抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-21764 | |
| 瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab5103 | |
| Ly6G抗体 | eBioscience | 17-9668-82 | |
| Cleaved PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 95465 | |
| p-FGFR1/2/3/4抗体 | Proteintech | 11935-1-AP | |
| FGFR2抗体 | Signalway Antibody | 32586 | |
| p-STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 12640 | |
| γ-H2AX抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-517348 | |
| MMP1抗体 | Gene Tex | GTX100534 | |
| β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-47778 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PDX模型建立 | PDX建立具体步骤,包括植入部位、细胞数量、基质胶使用 阅读提示:Materials and methods: UC PDX establishment |
| 药物处理 | 药物剂量、给药途径、时间安排 阅读提示:Materials and methods: Drugs; Results: Figure 2,7,8 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell growth assay and animal studies |
| NETosis检测 | PMA刺激浓度和时间,NETosis定量方法 阅读提示:Results: Figure 6; Materials and methods |
| 临床回顾性分析 | 患者筛选标准、白细胞计数阈值、时间间隔 阅读提示:Results: 临床回顾性分析部分 |