临床样本表达分析
检测DN患者肾组织中WTAP表达及m6A水平,并分析其临床相关性。
收集63例DN患者肾活检组织和10例正常肾组织,通过免疫组化、RT-qPCR和ELISA检测WTAP表达和m6A水平,并进行相关性分析。
WTAP-mediated N6-methyladenosine modification of NLRP3 mRNA in kidney injury of diabetic nephropathy.
包含临床样本、体外细胞模型(HK-2)和体内动物模型(db/db小鼠),并通过shRNA敲低、过表达、挽救实验及机制验证(RIP、ChIP、报告基因)多层面验证。
HK-2人肾小管上皮细胞 db/db小鼠模型 临床肾活检组织(DN患者)
高糖处理浓度(30 mM)和时间(48小时) WTAP敲低与过表达效率(shRNA和过表达载体转染) db/db小鼠分组(shNC vs shWTAP)及尾静脉注射 炎症因子检测(IL-1β、IL-18、TNF-α、IL-6) NLRP3 mRNA m6A修饰水平及IGF2BP1结合验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测DN患者肾组织中WTAP表达及m6A水平,并分析其临床相关性。
收集63例DN患者肾活检组织和10例正常肾组织,通过免疫组化、RT-qPCR和ELISA检测WTAP表达和m6A水平,并进行相关性分析。
验证WTAP对HG处理HK-2细胞焦亡和炎症的影响。
在高糖(30 mM)处理的HK-2细胞中,通过shRNA敲低或过表达WTAP,检测细胞活力、焦亡(FLICA 660/PI)、LDH释放、NLRP3炎症小体相关蛋白及炎症因子释放。
验证WTAP通过m6A修饰调控NLRP3表达,并识别m6A阅读蛋白。
在高糖处理的HK-2细胞中,检测m6A水平、NLRP3 mRNA m6A修饰(RIP),干扰IGF2BP1/2/3探索稳定NLRP3 mRNA的阅读因子,并通过报告基因、mRNA稳定性实验确认调控。
验证WTAP敲低对db/db小鼠肾损伤、焦亡和炎症的影响。
对db/db小鼠尾静脉注射shWTAP或shNC,4周后评估血清肌酐、BUN、尿蛋白、肾脏病理(HE和Masson染色)、原代肾小管上皮细胞中焦亡相关蛋白和炎症因子。
探究高糖下WTAP表达上调的机制,尤其是组蛋白乙酰化修饰。
使用p300抑制剂C646处理高糖诱导的HK-2细胞,检测WTAP mRNA和蛋白表达、H3K27ac水平及其在WTAP启动子区的结合(ChIP),并在H3K27R突变细胞中检测WTAP启动子活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 10564029 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16000044 | |
| 青霉素和链霉素 | Solarbio | P1400-100 | |
| 基因敲低 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Signalway Antibody | CP002 |
| 全蛋白提取 | RIPA裂解液 | JRDUN Biotechnology | BYL40825 |
| 蛋白质印迹 | 抗WTAP抗体 | Cell Signaling Technology | #56501 |
| 抗NLRP3抗体 | Abcam | ab263899 | |
| 抗caspase-1抗体 | Abcam | ab207802 | |
| 抗GSDMD抗体 | Affinity | AF4012 | |
| 抗IGF2BP1抗体 | Abcam | ab82968 | |
| 抗IGF2BP2抗体 | Abcam | ab129071 | |
| 抗IGF2BP3抗体 | Abcam | ab177477 | |
| 抗H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | #5174 | |
| 山羊抗兔IgG | Beyotime | A0208 | |
| 细胞因子检测 | IL-1β ELISA试剂盒 | Invitrogen | KAC1211; BMS6002TEN |
| IL-18 ELISA试剂盒 | Invitrogen | KHC0181; KMC0181 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Invitrogen | KHC3014C; BMS607-3TEN | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Invitrogen | BMS213-2; KMC0062 | |
| mRNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| cDNA合成 | Toyobo逆转录试剂盒 | Takara | RR047A |
| RT-qPCR | SYBR Premix EX Taq试剂盒 | Takara | RR420A |
| ABI 7500 fast实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| m6A定量分析 | m6A RNA甲基化检测试剂盒 | Abcam | ab185912 |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-701 |
| 抗m6A抗体 | Abcam | ab208577 | |
| 抗IGF2BP1抗体 | Abcam | ab184305 | |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab172730 | |
| 染色质免疫沉淀 | Bioruptor超声破碎仪 | Diagenode | -- |
| 对照IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc-2027 | |
| 报告基因实验 | pGL3载体 | Promega | -- |
| pRL-TK载体 | Promega | -- | |
| 动物实验 | 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C011-1-1 |
| 尿素检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C013-2-1 | |
| 尿蛋白检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C035-2-1 | |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Invitrogen | -- |
| 组织分离 | RNALater RNA稳定液 | -- | -- |
| RNA提取 | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| 免疫组化 | 抗WTAP抗体 | Abcam | ab195380 |
| 二抗 | Shanghai Long Island Biotech | D-3004 | |
| 焦亡检测 | FLICA 660体外活性caspase-1检测试剂盒 | ImmunoChemistry Technologies | #9122 |
| 碘化丙啶 | Invitrogen | P3566 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞活力检测 | 酶标仪 | PERLONG MEDICAL | DNM-9602 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与高糖处理 | HK-2细胞正常糖(5.5 mM)和高糖(30 mM)处理48小时,正常糖组加甘露醇对照组渗透压 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| WTAP敲低/过表达 | WTAP shRNA序列及过表达载体转染条件 阅读提示:Materials and methods - Adenovirus production |
| 焦亡检测 | FLICA 660/PI染色的浓度、时间和温度,以及流式细胞仪型号 阅读提示:Materials and methods - Detection of cell pyroptosis |
| m6A分析 | m6A ELISA和RIP实验的抗体、RNA量、孵育时间 阅读提示:Materials and methods - m6A content analysis, RNA immunoprecipitation assays |
| 动物模型 | db/db小鼠周龄、性别、数量、转基因构建方式、处理时间 阅读提示:Materials and methods - Animals |