发现lncSNHG5高表达
筛选CAFs中差异表达的lncRNA,并验证lncSNHG5的表达和临床相关性
使用lncRNA微阵列比较CAFs和NFs,qRT-PCR验证候选lncRNA,并分析lncSNHG5表达与临床病理特征及生存的关系
Cancer-associated fibroblasts facilitate premetastatic niche formation through lncRNA SNHG5-mediated angiogenesis and vascular permeability in breast cancer.
包含细胞实验(管形成、通透性、侵袭)、体外机制实验(RNA pull-down、RIP、m6A、ChIP)、体内动物模型(原位移植瘤、肺转移)及临床样本验证,功能验证和机制验证完整。
CAFs和NFs(乳腺癌组织分离) HUVECs(人脐静脉内皮细胞) MDA-MB-231细胞与CAFs/NFs混合的裸鼠原位移植瘤模型 乳腺癌患者组织样本和血清样本
CAFs和NFs的分离和验证 lncSNHG5在CAFs中的表达水平验证 ZNF281、CCL2、CCL5的敲低和过表达效率验证 血管生成和通透性检测方法的标准化(管形成、出芽、体外和体内通透性) 体内实验中细胞注射量、小鼠周龄、处理时间及抑制剂剂量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选CAFs中差异表达的lncRNA,并验证lncSNHG5的表达和临床相关性
使用lncRNA微阵列比较CAFs和NFs,qRT-PCR验证候选lncRNA,并分析lncSNHG5表达与临床病理特征及生存的关系
确定lncSNHG5是否调控血管生成和血管通透性
通过敲低和过表达lncSNHG5,检测HUVECs的管形成、出芽、通透性和紧密连接蛋白表达,并在体内模型中观察肺血管变化
寻找lncSNHG5的下游靶基因
通过RNA-seq和生信分析找到转录因子ZNF281,验证其表达与lncSNHG5的相关性,并验证ZNF281对血管生成和通透性的功能
阐明lncSNHG5如何调控ZNF281表达
确定lncSNHG5在细胞质中与IGF2BP2结合,增强ZNF281 mRNA m6A修饰和稳定性
确定ZNF281调控的分泌因子
通过生信分析和实验验证ZNF281转录激活CCL2和CCL5,并检测其对内皮细胞信号通路的影响
验证lncSNHG5-ZNF281-CCL2/5轴在体内促进PMN形成和转移,并评估抑制剂的效果
原位注射肿瘤细胞与不同工程化CAFs或抑制剂处理,检测肺血管通透性、MVD、转移灶和血清因子水平
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript反转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| SYBR Premix Ex Taq™ II试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Boster | -- |
| PVDF膜 | Bio-Rad | -- | |
| ECL检测试剂 | Bio-Rad | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | R&D | -- |
| FISH | FISH探针 | GenePharma | -- |
| 核质分离 | PARIS™试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 管形成实验 | Matrigel基质胶 | -- | -- |
| 三维出芽实验 | I型胶原 | Corning | -- |
| 通透性实验 | 罗丹明B-葡聚糖 | -- | -- |
| 药物处理 | 重组人CCL2 | R&D Systems | -- |
| 重组人CCL5 | R&D Systems | -- | |
| 阿昔替尼 | Selleck | -- | |
| RS102895 | Selleck | -- | |
| 马拉维罗 | Selleck | -- | |
| 西尼韦罗 | Selleck | -- | |
| SB203580 | Selleck | -- | |
| 质粒构建 | pcDNA3.1载体 | -- | -- |
| 转录 | T7体外转录试剂盒 | Roche | -- |
| RNA pull-down | 链霉亲和素标记的琼脂糖珠 | Invitrogen | -- |
| RIP | RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | -- |
| 荧光素酶报告基因 | pGL3载体 | Promega | -- |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | 9005 |
| m6A检测 | Magna MeRIP m6A试剂盒 | Millipore | -- |
| WB抗体 | Occludin抗体 | Abcam | ab216327 |
| ZO-1抗体 | Cell Signaling | 8193 | |
| ZNF281抗体 | SAB | 43566 | |
| IGF2BP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP | |
| VEGFA抗体 | Abcam | ab1316 | |
| CCL2抗体 | SAB | 45065 | |
| CCL5抗体 | SAB | 32935 | |
| p-AKT抗体 | CST | 12694 | |
| AKT抗体 | CST | 9272 | |
| p-STAT3抗体 | CST | 9131 | |
| STAT3抗体 | CST | 4904 | |
| p-P38抗体 | CST | 4631 | |
| P38抗体 | CST | 9212 | |
| p-VEGFR2抗体 | Sangon | D155165 | |
| VEGFR2抗体 | Sangon | D151118 | |
| β-Actin抗体 | Biosharp | -- | |
| IHC | CD31抗体 | Abcam | ab9498 |
| 荧光染色 | TYR-520荧光染料 | -- | -- |
| TYR-570荧光染料 | -- | -- | |
| TYR-690荧光染料 | -- | -- | |
| 动物实验 | 异硫氰酸罗丹明B-葡聚糖 | -- | -- |
| 成像 | Eclipse 80i显微镜 | Nikon | -- |
| 测序 | DNBSEQ-T7测序平台 | -- | -- |
| Agilent SBC人lncRNA微阵列V5 (4*180K) | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分离和培养 | CAFs和NFs的分离方法、培养基成分(DMEM/RPMI 1640,10% FBS)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Isolation, immortalization and cell culture of stromal fibroblasts |
| 管形成实验 | HUVECs种植密度(96孔板)、Matrigel包被、CM处理体积(150 µL)和时间(6小时) 阅读提示:Methods: Three-dimensional sprouting and tube formation assays, Figure 2A |
| 体外通透性实验 | HUVECs单层形成时间(48小时)、Transwell孔径(0.4 μm)、罗丹明B-葡聚糖分子量(70 kDa)和检测时间(30分钟) 阅读提示:Methods: In vitro permeability assays and trans-endothelial invasion assays, Figure 2B-C |
| 体内动物模型 | 小鼠周龄(4周)、每组数量(n=10)、细胞注射量(1×10^6每个)、注射体积(200 µL PBS:Matrigel 1:1)、观察时间点(2周和6周)、抑制剂给药方式(灌胃,每3天一次) 阅读提示:Methods: Xenograft Mouse Model, Figure 7A |
| 机制实验 | RNA pull-down和RIP实验中使用的抗体和探针序列、放线菌素D浓度(10 µg/mL)和处理时间、m6A检测中RNA用量(100 µg) 阅读提示:Methods: RNA stability assays, RNA pulldown and RIP assays, Gene-specific m6A qPCR assays |