circRNA测序及circHIPK3表达分析
筛选与心脏衰老相关的circRNA,并分析circHIPK3的表达特征。
提取年轻(6周)和中龄(15个月)小鼠心脏total RNA,进行circRNA/mRNA测序分析,发现circHIPK3在心脏中高表达且随年龄下降;通过qRT-PCR验证不同组织和不同年龄心脏中的表达。
circHIPK3 prevents cardiac senescence by acting as a scaffold to recruit ubiquitin ligase to degrade HuR.
包含体外细胞实验(H9C2、原代心肌细胞)、体内动物模型(基因敲除小鼠)及机制验证(RIP、RNA-pulldown、Co-IP),并评估心脏功能及端粒长度等多层级证据。
H9C2心肌细胞系 原代心肌细胞(新生小鼠) 心肌细胞特异性circHIPK3诱导敲除(CKO)小鼠 C2C12成肌细胞系
他莫昔芬诱导剂量:100 μg/g体重,腹腔注射 circHIPK3 siRNA及过表达质粒转染时间:40小时 外泌体处理浓度及时间:体外24小时,体内100 μg尾静脉注射每周三次 MG132处理浓度:10 μM,处理6小时 对照设置:使用空白载体或阴性对照siRNA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与心脏衰老相关的circRNA,并分析circHIPK3的表达特征。
提取年轻(6周)和中龄(15个月)小鼠心脏total RNA,进行circRNA/mRNA测序分析,发现circHIPK3在心脏中高表达且随年龄下降;通过qRT-PCR验证不同组织和不同年龄心脏中的表达。
验证circHIPK3对心肌细胞衰老的影响。
在H9C2细胞和原代心肌细胞中,通过siRNA沉默或质粒过表达circHIPK3,检测细胞增殖(EdU)、衰老相关β-半乳糖苷酶染色及p16、p21表达。
在体内验证circHIPK3缺失对心脏衰老和功能的影响。
通过αMHCMerCreMer小鼠与circHIPK3Flox/Flox小鼠杂交,获得CKO小鼠,他莫昔芬诱导敲除后,通过超声心动图、端粒长度检测、qRT-PCR和Western blot评估心脏功能及衰老标志物。
阐明circHIPK3调控HuR降解的分子机制。
通过RNA-pulldown、RIP、Co-IP实验检测circHIPK3与HuR、β-TrCP的结合,以及circHIPK3沉默对HuR泛素化和p21 mRNA结合的影响;使用MG132抑制蛋白酶体确认HuR降解途径。
验证UMSC-Exos通过递送circHIPK3发挥心脏保护作用。
从UMSC培养上清中提取外泌体,通过PKH26标记和荧光显微镜观察心肌细胞摄取;在体外用外泌体处理H9C2细胞和原代心肌细胞,评估增殖、衰老和p21表达;在体内向CKO小鼠尾静脉注射外泌体,检测心脏功能和衰老指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验(他莫昔芬诱导) | 他莫昔芬 | Sigma | -- |
| 动物实验(他莫昔芬溶剂) | 玉米油 | Solarbio | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取和实时PCR | TRIzol试剂 | TaKaRa | -- |
| 实时PCR | PrimeScript逆转录试剂 | TaKaRa | -- |
| SYBR Premix Ex Taq | TaKaRa | -- | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| Western blot(细胞裂解) | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot(转膜) | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| Western blot(一抗) | p16抗体 | Signalway Antibody | 32050 |
| p21抗体 | Signalway Antibody | 30427 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-lg | |
| HuR抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-5261 | |
| CD63抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-5275 | |
| CD9抗体 | Abcam | ab92726 | |
| β-TrCP抗体 | Cell Signaling Technology | 4394 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 9715 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3933 | |
| Western blot(化学发光) | ECL化学发光试剂盒 | Biological Industries | -- |
| Western blot(成像) | BioRad化学发光成像系统 | BioRad | -- |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 基因组DNA提取 | 组织/血液DNA提取试剂盒 | Tiangen Biotech | -- |
| RIP实验 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 |
| IgG抗体 | Beyotime Biotechnology | A7031 | |
| RNA-pulldown | 链霉亲和素磁珠 | Invitrogen | 65001 |
| 细胞培养(外泌体分离) | 总外泌体分离试剂盒 | Life Technology | -- |
| 外泌体蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Takara | -- |
| 外泌体标记 | PKH26荧光标记试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 外泌体粒径分析 | NanoSight NS300纳米颗粒分析仪 | Malvern | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | RiboBio | -- |
| 衰老染色 | 衰老相关β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| CRISPR筛选 | 嘌呤霉素 | Merck | -- |
| 杀稻瘟菌素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白稳定性实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| 超声心动图 | 13 MHz超声探头 | VisualSonics | -- |
| 跑台实验 | 跑台 | Jiangsu SANS Biological Technology Co. Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型构建 | 他莫昔芬剂量、给药途径、给药次数 阅读提示:Methods: Generation of circHIPK3 knockout mice |
| 细胞实验 | 转染时间、EdU浓度、β-gal染色步骤 阅读提示:Methods: EdU proliferation assay, Senescence-associated β-galactosidase staining, Plasmid and siRNA construction |
| 蛋白相互作用 | 抗体信息和IP条件 阅读提示:Methods: RNA immunoprecipitation, Co-immunoprecipitation |
| 外泌体实验 | 外泌体提取和鉴定方法、处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Harvest and identification of UMSC exosomes, Exosome labeling and uptake |
| 体内外泌体治疗 | 注射剂量、频率和周期 阅读提示:Methods: Exosomes prevent cardiac senescence in circHIPK3 knockout mice |