差异表达和预后相关DEAH-box RNA解旋酶的鉴定
筛选在LIHC中差异表达且与预后相关的DEAH-box RNA解旋酶基因
从TCGA下载LIHC和正常组织的基因表达数据及临床数据,使用limma包进行差异表达分析,通过单因素Cox回归识别预后相关基因。
High Levels of DEAH-Box Helicases Relate to Poor Prognosis and Reduction of DHX9 Improves Radiosensitivity of Hepatocellular Carcinoma.
包含基于TCGA数据库的生物信息学分析(差异表达、预后模型、免疫浸润)和体外细胞实验(DHX9敲低、照射、功能检测),但缺乏动物模型或患者样本的功能验证。
肝癌细胞系Hep-3B 肝癌细胞系Huh7 TCGA LIHC患者队列
DHX9敲低验证:shRNA和siRNA序列以及转染效率需确认 照射剂量:4 Gy和8 Gy,剂量率1.78 Gy/min 细胞活力检测:CCK-8实验在照射后5天进行 克隆形成实验:细胞密度1000细胞/孔,照射4 Gy,培养10天 DNA损伤检测:碱性彗星实验在8 Gy照射后进行,γ-H2AX foci通过免疫荧光和Western blot检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选在LIHC中差异表达且与预后相关的DEAH-box RNA解旋酶基因
从TCGA下载LIHC和正常组织的基因表达数据及临床数据,使用limma包进行差异表达分析,通过单因素Cox回归识别预后相关基因。
基于预后相关DEAH-box RNA解旋酶的表达将LIHC患者分为不同分子亚型,并评估其预后差异
使用ConsensusClusterPlus包对370例患者进行共识聚类分析,分成两个亚型,并通过KM曲线和热图展示亚型间预后和临床病理特征的差异。
建立并验证一个基于DEAH-box RNA解旋酶的预后风险评分模型
在训练队列中应用LASSO Cox回归构建包含六个基因的风险模型,计算每个患者的风险评分,根据中位风险评分分高低风险组,KM分析、ROC曲线、单因素和多因素Cox回归用于验证模型。
评估风险模型中的六个DEAH-box RNA解旋酶与免疫细胞浸润和免疫抑制因子的相关性
使用TIMER和TISCH数据库分析六个基因的表达与免疫细胞(尤其是髓源性抑制细胞、巨噬细胞等)浸润的相关性,以及与PDCD1、CTLA4、PD-L1、LAG3等免疫抑制因子的相关性。
研究DHX9敲低对肝癌细胞放射敏感性和DNA损伤修复的影响
在Hep-3B和Huh7细胞中通过shRNA或siRNA敲低DHX9,进行照射处理,通过CCK-8、克隆形成、碱性彗星实验、免疫荧光和Western blot检测细胞活力和DNA损伤。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 慢病毒转导 | pSLenti-shRNA-DHX9#40质粒 | OBiO Technology | -- |
| pSLenti-shRNA-DHX9#41质粒 | OBiO Technology | -- | |
| pSLenti-shRNA-NC质粒 | OBiO Technology | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000-015 | |
| siRNA转染 | siCtrl | Hanbio Biotechnology Co.,Ltd | -- |
| siDHX9-1 | Hanbio Biotechnology Co.,Ltd | -- | |
| siDHX9-2 | Hanbio Biotechnology Co.,Ltd | -- | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Yeasen | 19221ES50 |
| RNA定量 | NanoDrop 3000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| cDNA合成 | 5×RT预混液 | Takara | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green qPCR试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Yishan Biotech | ES0012 |
| DHX9抗体 | Proteintech | 17721-1-AP | |
| DHX8抗体 | abcam | ab181074 | |
| DHX35抗体 | Immunoway | YN4410 | |
| DHX38抗体 | Immunoway | YN1100 | |
| DHX57抗体 | Signalway Antibody | #29895 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| γ-H2AX抗体 | Cell Signaling Technology | #80312 | |
| ChemiDoc™ Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | DOJINDO | CK04 |
| 彗星实验 | 彗星实验试剂盒 | Trevigen | 4250050K |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 647标记二抗 | Cell Signaling Technology | #4410 |
| 594标记二抗 | Proteintech | #8889 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 照射 | Rad Source 2000PRO照射仪 | Rad Source Technologies | -- |
| 显微镜 | 荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 激光扫描共聚焦显微镜 | Olympus Optical | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 差异表达和预后分析 | TCGA数据下载版本、基因表达数据的标准化方法、差异表达分析的阈值(p < 0.05)、单因素Cox回归的p值阈值 阅读提示:Materials and Methods: TCGA Database, Identification of LIHC Subtypes, Establishment and Validation of a Prognostic Risk Model |
| 细胞培养和慢病毒转导 | 细胞系来源(ATCC)、培养基成分(DMEM+10%FBS+1%P/S)、慢病毒包装质粒(pM2.G和psPAX2)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、polybrene浓度、嘌呤霉素筛选浓度(1μg/mL)和处理时间(5天) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and Lentiviral Particle Transduction |
| siRNA转染 | siRNA序列(siDHX9-1: 5'-CCCUGUCACUUGUCAGACA-3'; siDHX9-2: 5'-GCAUGGACCUCAAGAAUGA-3')、转染试剂用量(5μL Lipofectamine 3000)、转染时间(6-8小时) 阅读提示:Materials and Methods: siRNA Transfection |
| 照射处理 | 照射剂量(4 Gy和8 Gy)、剂量率(1.78 Gy/min)、照射设备型号(Rad Source 2000PRO) 阅读提示:Materials and Methods: Irradiation |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒(Yeasen)、cDNA合成起始RNA量(2μg)、SYBR Green qPCR试剂盒(Bio-Rad)、内参基因(GAPDH)、引物序列 阅读提示:Materials and Methods: Total RNA Extraction and Quantitative Real-Time PCR |
| Western blot | 蛋白提取试剂(RIPA)、SDS-PAGE凝胶浓度(12.5%和8%)、一抗稀释比例(DHX9 1:1000等)、二抗孵育时间(1小时) 阅读提示:Materials and Methods: Protein Extraction and Western Blot |
| CCK-8实验 | 细胞铺板密度(3000细胞/孔)、照射后培养时间(5天)、CCK-8试剂稀释比例(1:9)、检测波长(450nm) 阅读提示:Materials and Methods: CCK-8 Assay |
| 克隆形成实验 | 细胞铺板密度(1000细胞/孔)、照射剂量(4 Gy)、培养时间(10天)、固定和染色方法(冷甲醇、结晶紫) 阅读提示:Materials and Methods: Colony Formation Assay |
| 彗星实验 | 试剂盒(Trevigen)、细胞与凝胶混合比例(20μL细胞悬液与80μL低熔点琼脂糖)、碱性电泳时间(15-20分钟)、中和时间(15分钟) 阅读提示:Materials and Methods: DNA Comet Assay |
| 免疫荧光 | 固定液(4%多聚甲醛)、透化液(0.3% Triton X-100)、封闭液(5% BSA)、一抗稀释比例(DHX9 1:20,γ-H2AX 1:100)、二抗稀释比例(1:200)、封片剂 阅读提示:Materials and Methods: Immunofluorescence |