体内CRISPR筛选鉴定IL20RA
系统鉴定调控卵巢癌跨腔转移的关键基因。
使用GeCKO v2.0文库感染SK-OV-3细胞,原位移植入NOD-SCID小鼠,经三轮筛选后对转移细胞进行sgRNA测序,富集分析鉴定候选基因。
A systematic CRISPR screen reveals an IL-20/IL20RA-mediated immune crosstalk to prevent the ovarian cancer metastasis.
包含体内CRISPR筛选、体外细胞功能实验、条件培养基实验、巨噬细胞共培养、动物模型、患者样本验证及机制通路研究,多元证据支持结论。
SK-OV-3人卵巢癌细胞系 ID8小鼠卵巢癌细胞系 RAW 264.7小鼠巨噬细胞系 THP-1人单核细胞系 C57BL/6和NOD-SCID小鼠模型 人卵巢癌临床样本
体内CRISPR筛选使用GeCKO v2.0文库,感染SK-OV-3细胞后原位移植入NOD-SCID小鼠,经三轮筛选。 IL20RA敲降或重建后,在SK-OV-3和ID8模型中检测腹水量和腹膜转移结节数。 条件培养基实验中,IL-20刺激的IL20RA重建ID8细胞或IL20RA敲降SK-OV-3细胞,处理RAW 264.7、BMDM或THP-1巨噬细胞72小时。 巨噬细胞极化通过流式细胞术检测M1(MHCII+CD206-)和M2(MHCII-CD206+)亚群。 机制验证包括western blot检测p-STAT3、OAS1、Caspase-1、IL-18,以及ChIP-qPCR验证STAT3结合Oas1a启动子。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统鉴定调控卵巢癌跨腔转移的关键基因。
使用GeCKO v2.0文库感染SK-OV-3细胞,原位移植入NOD-SCID小鼠,经三轮筛选后对转移细胞进行sgRNA测序,富集分析鉴定候选基因。
验证IL20RA对卵巢癌跨腔转移的抑制作用。
在SK-OV-3细胞中敲降IL20RA,在ID8细胞中重建IL20RA,原位或腹腔注射到小鼠,评估腹水和转移结节形成。
评估IL20RA在人类卵巢癌中的临床意义。
收集20例浆液性卵巢癌患者的原发灶、腹水和转移结节配对样本,检测IL20RA蛋白和mRNA水平,并分析生存数据。
确定IL20RA是否影响腹膜免疫微环境中的免疫细胞组成。
通过流式细胞术分析腹水中巨噬细胞、T细胞和B细胞的比例及亚群变化。
确认IL20RA通过可溶性因子直接调控巨噬细胞极化。
使用IL-20刺激的IL20RA重建或敲降卵巢癌细胞的条件培养基处理巨噬细胞,检测M1/M2标记基因表达。
证明重编程的巨噬细胞是IL20RA抑制转移所必需的。
将IL20RA教育过的BMDM与ID8细胞共注射,或使用氯膦酸盐脂质体清除巨噬细胞,评估对转移的影响。
确定在腹膜腔中产生IL20RA配体的细胞类型。
向小鼠腹腔注射ID8细胞,检测腹膜组织中的配体表达,并通过组织染色确认来源。
阐明IL20RA激活后介导巨噬细胞极化的分子机制。
对IL-20刺激的IL20RA重建ID8细胞进行转录组分析,验证STAT3、OAS/RNase L-NLR通路和IL-18的产生。
确认IL-18是介导IL20RA抗转移效应的必需下游因子。
敲降IL-18或IL20RB后,评估巨噬细胞极化和体内转移表型。
测试重组IL-18蛋白对卵巢癌转移的治疗效果。
对原位移植ID8细胞的小鼠腹腔注射IL-18蛋白,评估腹水和转移结节的形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A改良培养基 | Biological Industries | -- |
| DMEM培养基 | Biological Industries | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Biological Industries | -- | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇-12-肉豆蔻酸酯-13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | 16561-29-8 |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | Peprotech | -- | |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 杀稻瘟菌素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Life Science | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Merck | -- |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Merck | -- | |
| Tanon-5200成像系统 | Tanon | -- | |
| ELISA | 小鼠IL18 ELISA试剂盒 | Wuxin Donglin Sci & Tech Development | -- |
| 人IL18 ELISA试剂盒 | Wuxin Donglin Sci & Tech Development | -- | |
| 小鼠IL20 ELISA试剂盒 | Wuxin Donglin Sci & Tech Development | -- | |
| 小鼠IL24 ELISA试剂盒 | Wuxin Donglin Sci & Tech Development | -- | |
| Infinite M200 PRO酶标仪 | TECAN | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD16/CD32抗体 | eBioscience | -- |
| 抗CD45-PE抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD11b-APC抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗F4/80-APC/CY7抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗I-A/I-E-PERCP/CY5.5抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD206-FITC抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD11c-FITC抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 抗CD3-FITC抗体 | Biolegend | -- | |
| 抗CD8-PE/CY7抗体 | eBioscience | -- | |
| 抗CD45R/B220-FITC抗体 | BD Biosciences | -- | |
| LSRFORTESSA流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FACSAria SORP分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫组化 | 抗原修复液 | Solarbio | -- |
| 生物素标记二抗 | Vector Laboratories | -- | |
| 链霉亲和素-HRP | Vector Laboratories | -- | |
| DAB底物 | ZSGB-BIO | -- | |
| Olympus BX53显微镜 | Olympus | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor-488荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Alexa Fluor-594荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI染色液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Olympus FV1000共聚焦显微镜 | Olympus | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| qRT-PCR | M-MLV逆转录酶 | Promega | -- |
| SYBR Green SuperMix | Yeasen Biotech | -- | |
| LightCycler96系统 | Roche | -- | |
| 细胞迁移实验 | Transwell渗透支持系统 | Corning Inc | -- |
| Millipore transwell小室 | Millipore | -- | |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| 细胞计数 | Invitrogen Countess II FL自动细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 共培养 | 0.4 μm孔径Transwell | Merck | -- |
| 重组蛋白 | 小鼠重组IL-20蛋白 | Origene | -- |
| 小鼠重组IL-24蛋白 | R&D Systems | -- | |
| 人重组IL-20蛋白 | Sino Biological | -- | |
| 人重组IL-18蛋白 | Sino Biological | 10119-HNCE | |
| 细胞处理 | IL-18中和抗体 | R&D Systems | -- |
| 大鼠IgG1同型对照 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗体 | 抗IL20RA抗体 | Abcam | -- |
| 抗IL20RB抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗ACTB抗体 | Immunoway | -- | |
| 抗STAT3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Signalway Antibody | -- | |
| 抗IL18抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗OAS1A抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗OAS1抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗Caspase-1抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗ARG1抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗NOS2抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗IL20抗体 | Abclonal | -- | |
| 抗IL24抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗细胞角蛋白18抗体 | Abcam | -- | |
| 载体构建 | pLV-H1-EF1α-puro质粒 | Biosettia | -- |
| pLV-EF1α-MCS-IRES-Bsd质粒 | Biosettia | -- | |
| 蛋白表达 | pET-20b(+)载体 | Novagen | -- |
| BL21(DE3)感受态细胞 | CWBIO | -- | |
| 异丙基硫代半乳糖苷 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA琼脂糖凝胶 | Qiagen | -- |
| 内毒素去除 | 高性能内毒素去除琼脂糖树脂 | Yeasen Biotech | -- |
| 内毒素检测 | 动态浊度法鲎试剂 | Yeasen Biotech | -- |
| 组织裂解 | 组织研磨仪 | SCIENTZ-48 | -- |
| RNA测序 | BGI seq500测序平台 | BGI-Shenzhen | -- |
| ChIP | ChIP-IT Express试剂盒 | Active Motif | -- |
| CRISPR筛选 | GeCKO v2.0文库 | Addgene | -- |
| 统计 | GraphPad Prism 8.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内CRISPR筛选 | GeCKO v2.0文库感染SK-OV-3细胞的MOI、每轮筛选的细胞数量、筛选轮数、转移结节分离方法 阅读提示:Materials and methods: CRISPR/Cas9 knockout in vivo screening |
| 小鼠模型建立 | 细胞注射数量、注射体积、注射部位(原位左卵巢或腹腔)、小鼠品系、周龄和性别、处死时间点 阅读提示:Materials and methods: Murine OC models |
| 巨噬细胞极化分析 | 流式细胞术标志物选择、抗体克隆和稀释比例、巨噬细胞亚群定义、腹水采集时间 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry |
| 条件培养基实验 | IL-20刺激浓度和时间、CM收集方法、CM与新鲜培养基比例、巨噬细胞处理时间 阅读提示:Materials and methods: CM stimulation and co-culture system |
| 巨噬细胞清除实验 | clodronate脂质体剂量、注射频率和持续时间、对照组(PBS脂质体) 阅读提示:Materials and methods: Murine OC models |
| 重组IL-18治疗实验 | IL-18剂量、给药途径(腹腔注射)、给药频率、治疗时间 阅读提示:Materials and methods: Murine OC models |