临床样本表达分析
检测ARHGAP15在CRC组织中的表达水平
利用GEO和TCGA数据集分析ARHGAP15 mRNA表达,通过qRT-PCR和IHC验证,并分析其与临床病理特征和预后的相关性。
Decreased expression of ARHGAP15 promotes the development of colorectal cancer through PTEN/AKT/FOXO1 axis.
包含临床样本表达分析、细胞功能验证(增殖、迁移、侵袭)、机制验证(通路蛋白检测、拯救实验)、体内异种移植和转移模型,多层级实验。
HT29和RKO细胞系 LoVo细胞系 裸鼠异种移植模型 裸鼠尾静脉转移模型
ARHGAP15在CRC组织中的低表达 ARHGAP15过表达对HT29和RKO细胞功能的影响 ARHGAP15敲低对LoVo细胞功能的影响 PTEN/AKT/FOXO1通路蛋白变化 PTEN过表达或MK2206对ARHGAP15敲低效应的逆转
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测ARHGAP15在CRC组织中的表达水平
利用GEO和TCGA数据集分析ARHGAP15 mRNA表达,通过qRT-PCR和IHC验证,并分析其与临床病理特征和预后的相关性。
探究ARHGAP15对CRC细胞增殖、周期、迁移和侵袭的影响
在HT29和RKO细胞中过表达ARHGAP15,在LoVo细胞中敲低ARHGAP15,通过CCK-8、流式细胞术和transwell实验检测功能。
验证ARHGAP15是否通过PTEN/AKT/FOXO1信号通路发挥作用
通过western blot检测PTEN、p-AKT、AKT、FOXO1、p21、MMP-2、MMP-9等蛋白水平;进一步通过PTEN过表达、MK2206处理和FOXO1过表达进行拯救实验。
探究FOXO1是否调控ARHGAP15的表达
在LoVo细胞中过表达或敲低FOXO1,检测ARHGAP15 mRNA和蛋白水平;通过双荧光素酶报告基因实验检测ARHGAP15启动子活性。
验证ARHGAP15过表达对体内肿瘤生长和转移的影响
将pLVX-ARHGAP15或pLVX-NC转导的RKO细胞皮下注射或尾静脉注射裸鼠,观察肿瘤生长和肺转移情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Fermentas | K1622 | |
| Maxima SYBR Green/ROX qPCR预混液 | Thermo Scientific | K0223 | |
| ABI Prism 7300实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| IHC | ARHGAP15抗体 | Invitrogen | PA5-31530 |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | pLKO.1质粒 | Addgene | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2G包膜质粒 | -- | -- | |
| 脂质体2000 | Invitrogen | -- | |
| 蛋白过表达 | pLVX-puro载体 | Clontech | -- |
| Western blot | PTEN抗体 | Cell Signaling Technology | 9552 |
| p21抗体 | Cell Signaling Technology | 2947 | |
| MMP-2抗体 | Abcam | Ab14311 | |
| MMP-9抗体 | Abcam | Ab38898 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| FOXO1抗体 | Abcam | Ab52857 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| CCK-8 | 细胞计数试剂盒-8 | SAB biotech | -- |
| 细胞周期 | 核糖核酸酶A | Sigma | -- |
| 碘化丙啶 | Sigma | -- | |
| Accuri C6流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Transwell | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 药物处理 | MK2206 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | CRC组织和正常结肠黏膜样本数(95例CRC,20例正常),ARHGAP15高表达和低表达的分组标准(>20%阳性为高表达) 阅读提示:Methods: Patients and tissue samples; IHC analysis |
| 细胞培养 | 细胞系(HIEC, HT29, RKO, LoVo, SW620, SW480),培养基(DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素),培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 慢病毒感染 | shRNA序列、载体(pLKO.1)、包装质粒(psPAX2, pMD2G)、转染试剂(lipofectamine 2000) 阅读提示:Methods: Lentiviral vectors construction and cell transfection |
| 功能实验 | CCK-8实验细胞数(5×10^3/孔)、时间点(0,24,48,72h);Transwell实验细胞数(2×10^5/mL)、基质胶浓度(1mg/mL);细胞周期检测细胞数(5×10^5/孔) 阅读提示:Methods: CCK-8 assay; Transwell assay; Cell cycle analysis |
| 机制实验 | western blot检测的蛋白(PTEN, p-AKT, AKT, FOXO1, p21, MMP-2, MMP-9)及抗体信息;MK2206处理浓度;PTEN和FOXO1过表达载体 阅读提示:Methods: Western blot analysis; Lentiviral vectors construction |
| 体内实验 | 动物品系(5周龄裸鼠),每组数量(6只),细胞注射数量(2×10^6),肿瘤体积计算方法,实验时间(8周) 阅读提示:Methods: Xenograft mouse model and in vivo metastasis mouse model |