验证SubAB内化的经典途径依赖性
确定SubAB是否利用保守的网格蛋白-、小窝蛋白-、发动蛋白依赖的经典内吞途径进入HeLa细胞。
使用药理学抑制剂(Dynasore、氯丙嗪、单丹磺酰尸胺、mβCD、菲律宾菌素III)和针对网格蛋白、小窝蛋白1/2、发动蛋白I/II的siRNA敲低,通过Western blot检测BiP切割及共聚焦显微镜观察内化情况。
Uptake of Shiga-toxigenic Escherichia coli SubAB by HeLa cells requires an actin- and lipid raft-dependent pathway.
研究运用抑制剂、siRNA敲低、共聚焦显微镜、体外实验等多种方法,系统验证了SubAB内化的途径,并包括多种独立证据层级。
HeLa细胞 重组SubAB处理模型
SubAB内化是否需要网格蛋白介导的内吞途径,需通过siRNA敲低或抑制剂处理验证。 SubAB内化是否依赖小窝蛋白,需通过siRNA敲低或胆固醇清除剂处理验证。 SubAB内化是否依赖肌动蛋白,需通过细胞松弛素D处理验证。 SubAB内化是否依赖脂筏,需通过mβCD或菲律宾菌素III处理验证。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SubAB是否利用保守的网格蛋白-、小窝蛋白-、发动蛋白依赖的经典内吞途径进入HeLa细胞。
使用药理学抑制剂(Dynasore、氯丙嗪、单丹磺酰尸胺、mβCD、菲律宾菌素III)和针对网格蛋白、小窝蛋白1/2、发动蛋白I/II的siRNA敲低,通过Western blot检测BiP切割及共聚焦显微镜观察内化情况。
研究SubAB处理是否诱导肌动蛋白细胞骨架重排,如丝状伪足的形成。
使用荧光标记的鬼笔环肽染色,通过共聚焦显微镜定量处理前后的丝状伪足数量和长度变化。
探索SubAB是否通过巨胞饮途径摄取,并伴随着流体相标记物的摄取。
检测EIPA(Na+/H+交换抑制剂)作用、离子替代缓冲液以及FITC-葡聚糖摄取,通过Western blot和共聚焦显微镜分析。
确定PI3K、Ca2+和PAK1是否参与SubAB摄取过程。
使用LY294002、渥曼青霉素、BAPTA-AM、EGTA、离子霉素和IPA-3处理,以及PAK1 siRNA敲低,评估对BiP切割和SubAB内化的影响。
确认细胞骨架蛋白F-肌动蛋白和富含胆固醇的脂筏在SubAB内化中的必要性。
使用不同浓度的细胞松弛素D处理,检测BiP切割和SubAB内化情况;通过Triton X-100提取实验观察内化的SubAB是否与DRM结构关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Eagle最低必需培养基 | Sigma | -- |
| 基因沉默 | Lipofectamine RNAiMax转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 抑制剂处理 | Dynasore水合物 | Sigma Aldrich | D7693 |
| 甲基-β-环糊精 | Sigma Aldrich | c45551G | |
| 菲律宾菌素III | Sigma Aldrich | F4767 | |
| 盐酸氯丙嗪 | Enzo Life Science | ALX270171G001 | |
| 5-乙基异丙基阿米洛利 | Enzo Life Science | ALX550266M005 | |
| Rottlerin | Enzo Life Science | ALX350075M010 | |
| LY294002 | Cell Signaling Technology | 9901 | |
| 渥曼青霉素 | Cell Signaling Technology | 9951S | |
| IPA-3 | WAKO | -- | |
| 巴弗洛霉素A1 | WAKO | -- | |
| Western blot | 抗BiP/GRP78抗体 | Becton Dickinson | 610978 |
| 抗网格蛋白抗体 | Becton Dickinson | 610499 | |
| 抗小窝蛋白I抗体 | Becton Dickinson | 610406 | |
| 抗小窝蛋白II抗体 | Becton Dickinson | 610684 | |
| 抗PKCδ抗体 | Becton Dickinson | 610398 | |
| 抗发动蛋白I/II抗体 | Cell Signaling Technology | 2342 | |
| 抗GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 | |
| 抗PAK1抗体 | Signalway Antibody | Ab-212 | |
| HRP偶联抗兔IgG | R & D Systems | 7074 | |
| HRP偶联抗鼠IgG | R & D Systems | 7076 | |
| 免疫荧光 | 抗BiP/GRP78抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-1051 |
| Alexa Fluor 488驴抗山羊IgG | Invitrogen | A-11055 | |
| Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgM | Invitrogen | -- | |
| Alexa Fluor 555霍乱毒素B亚单位 | Invitrogen | -- | |
| 抗stain 488荧光鬼笔环肽 | Cytoskeleton, Inc. | PHDG1 | |
| 体外实验 | 重组仓鼠BiP/GRP78 | MBL | SR-C765 |
| Western blot | Immobilon-P膜 | Millipore | -- |
| Super Signal West Pico混合物 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与基因沉默 | HeLa细胞培养条件、siRNA序列和转染浓度、时间 阅读提示:Methods: Cells culture and gene silencing |
| SubAB预处理与内化检测 | SubAB浓度、标记方法、抑制剂预处理时间、内化时间 阅读提示:Methods: Internalization assays for SubAB, transferrin, and FITC-Dextran |
| BiP切割检测 | SubAB浓度、处理时间、抑制剂预处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| 抑制剂处理 | 抑制剂种类、浓度、预处理时间 阅读提示:Methods: Reagents and Results sections |
| Triton X-100提取 | Triton X-100浓度、提取时间 阅读提示:Methods: Triton extraction |