禁食对结直肠癌细胞增殖和糖酵解的影响
观察禁食模拟是否影响CRC细胞增殖和葡萄糖代谢。
使用CCK8、EdU、Transwell、流式细胞术检测增殖、侵袭、细胞周期和凋亡;通过iTRAQ蛋白质组学、糖摄取、乳酸产生、ECAR/OCR等检测葡萄糖代谢;检测糖酵解相关酶的表达。
Fasting inhibits aerobic glycolysis and proliferation in colorectal cancer via the Fdft1-mediated AKT/mTOR/HIF1α pathway suppression.
研究包含体外细胞实验、动物模型、患者样本分析和多种功能验证,并进行了机制验证。
CT26结直肠癌细胞 SW620结直肠癌细胞 BALB/c小鼠皮下移植瘤模型 人结直肠癌组织样本 PIK3CA突变细胞系HCT116和HT29
禁食模拟培养基的组成(无糖DMEM、0.5 g/L葡萄糖、1%FBS) FDFT1过表达和敲低慢病毒载体及序列 FDFT1过表达和敲低的效率和稳定性 mTOR抑制剂rapamycin的剂量(1 mg/kg)和给药途径(腹腔注射) 动物模型中FMD的饮食方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
观察禁食模拟是否影响CRC细胞增殖和葡萄糖代谢。
使用CCK8、EdU、Transwell、流式细胞术检测增殖、侵袭、细胞周期和凋亡;通过iTRAQ蛋白质组学、糖摄取、乳酸产生、ECAR/OCR等检测葡萄糖代谢;检测糖酵解相关酶的表达。
评估FDFT1在结直肠癌组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
通过GEO数据库分析、iTRAQ蛋白质组学、qRT-PCR、Western blot、IHC染色等方法检测FDFT1表达;利用临床样本和TCGA数据库进行生存分析。
确定FDFT1在CRC细胞中的功能角色。
通过慢病毒介导FDFT1过表达和敲低,使用CCK8、EdU、克隆形成、Transwell、流式细胞术等方法检测细胞增殖、凋亡和周期;同时检测糖酵解相关指标。
验证FDFT1是否介导禁食对CRC增殖和糖酵解的抑制作用。
在体外将FDFT1过表达或敲低与禁食模拟联合处理,检测细胞增殖和FDFT1水平;在体内将FDFT1过表达或敲低的CT26细胞植入小鼠,结合FMD,观察肿瘤生长和18F-FDG摄取。
探索FDFT1调控的下游信号通路。
通过iTRAQ蛋白质组学、IPA分析、Western blot检测FDFT1对mTOR及其下游靶点(pS6k、pS6、AKT、HIF1α)的影响;使用siRNA沉默mTOR、mTOR抑制剂和激活剂处理,观察对FDFT1表达及糖酵解和增殖的影响。
评估mTOR抑制剂与禁食在CRC治疗中的联合效应。
在小鼠模型中,单独或联合使用FMD和rapamycin,观察肿瘤生长、小鼠生存和FDFT1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Biological Industries | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 禁食模拟 | 无糖DMEM | Gibco | -- |
| 细胞培养 | 青霉素-链霉素 | -- | -- |
| 慢病毒生产 | 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- |
| psPAX2质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G质粒 | -- | -- | |
| siRNA转染 | 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Laboratories | -- |
| EdU检测 | Click-iT EdU成像试剂盒 | Invitrogen | #C10339 |
| Transwell实验 | Transwell迁移实验试剂盒 | BD Biosciences | #353097 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶(PI) | Signalway Antibody | #CA002 |
| 细胞凋亡检测 | PE Annexin V凋亡检测试剂盒I | BD Biosciences | #559763 |
| 葡萄糖摄取检测 | 葡萄糖摄取荧光检测试剂盒 | Biovision | #K666-100 |
| 乳酸产生检测 | 乳酸比色检测试剂盒 | Biovision | #K627-100 |
| OCR和ECAR检测 | Seahorse XF96细胞外流量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Seahorse Bioscience | -- | |
| 细胞线粒体压力测试试剂盒 | Seahorse Bioscience | -- | |
| Western blot | BCA蛋白检测试剂 | -- | -- |
| FDFT1抗体 | Abcam | ab195046 | |
| mTOR抗体 | Abcam | ab10268 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling | #9272 | |
| Vinculin抗体 | Cell Signaling | #4650 | |
| HIF1α抗体 | Novus | NB100-105 | |
| GLUT1抗体 | Proteintech | 66290-1-Ig | |
| LDHA抗体 | Proteintech | 19987-1-AP | |
| HK2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| PGK1抗体 | Proteintech | 17811-1-AP | |
| GPI抗体 | Abcam | ab66340 | |
| RNA提取和RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| ABI 7900HT实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白质组学 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- |
| 测序级修饰胰蛋白酶 | Promega | -- | |
| iTRAQ 8标标记试剂盒 | Sciex | -- | |
| Ultimate 3000系统 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Peaks Studio | Bioinformatics Solutions Inc. | -- | |
| 动物实验 | BALB/c小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd | -- |
| 模拟禁食饮食(FMD) | -- | -- | |
| 雷帕霉素 | Santa Cruz Biotechnology | 53123-88-9 | |
| 18F-氟代脱氧葡萄糖 | -- | -- | |
| Inveon microPET/CT系统 | Siemens Medical Solutions | -- | |
| 总胆固醇检测 | 胆固醇/胆固醇酯定量试剂盒 | Abcam | ab65359 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | CT26、SW620、HCT116、HT29和NCM460细胞来源(ATCC);培养基为DMEM(Biological Industries)加10%FBS(Gibco)和100 U/ml青霉素、100 mg/ml链霉素;培养条件为37°C、5%CO2 阅读提示:Methods: Cells and reagents |
| 禁食模拟条件 | 禁食模拟培养基组成(无糖DMEM、0.5 g/L葡萄糖、1%FBS);处理时间24h或48h 阅读提示:Methods: Cells and reagents |
| 慢病毒构建和稳定细胞系 | FDFT1过表达质粒PGMLV-CMV-FDFT1-EF1-ZsGreen1-T2A-Puro,敲低质粒PGMLV-hU6-FDFT1-CMV-ZsGreen1-PGK-Puro;靶序列;转染脂质体2000;嘌呤霉素筛选 阅读提示:Methods: Lentivirus production and stable cell line selection |
| siRNA转染 | mTOR siRNA序列;转染试剂Lipofectamine 2000;转染条件(无血清培养基) 阅读提示:Methods: The siRNA transfection |
| 细胞增殖实验 | CCK8法:细胞密度3x10^3/孔;培养5天;加入CCK8溶液10μL;孵育4小时;检测450nm吸光度。EdU法:细胞密度1x10^5/孔;培养24h;用Click-iT EdU试剂盒标记。克隆形成实验:500细胞/孔;培养14天。Transwell:2x10^5细胞;上室无血清DMEM;下室10%FBS DMEM;培养24h 阅读提示:Methods: Cell proliferation assay, Colony-formation assay, EdU assay cells, Transwell migration assay |
| 细胞周期和凋亡 | PI染色;PE Annexin V凋亡试剂盒;流式细胞仪型号 阅读提示:Methods: Cell cycle and apoptosis analysis |
| 糖酵解检测 | 葡萄糖摄取试剂盒(Biovision #K666-100);乳酸检测试剂盒(Biovision #K627-100);按照说明书操作 阅读提示:Methods: Glycolysis analysis |
| OCR和ECAR | Seahorse XF96分析仪;细胞密度2x10^4;使用糖酵解压力测试试剂盒和细胞线粒体压力测试试剂盒 阅读提示:Methods: OCR and ECAR |
| Western blot | 抗体信息:FDFT1 (Abcam ab195046),mTOR (Abcam ab10268),AKT (Cell Signaling #9272),vinculin (Cell Signaling #4650),HIF1α (Novus NB100-105),GLUT1 (Proteintech 66290-1-Ig),LDHA (Proteintech 19987-1-AP),HK2 (Proteintech 22029-1-AP),PGK1 (Proteintech 17811-1-AP),GPI (Abcam ab66340);蛋白提取、BCA定量、SDS-PAGE、免疫印迹 阅读提示:Methods: Protein extraction and western blot analysis |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂;PrimeScript RT试剂盒;ABI 7900HT实时PCR系统;引物序列见补充表1 阅读提示:Methods: RNA isolation and quantitative real-time PCR |
| 蛋白质组学分析 | 蛋白质提取;胰蛋白酶消化;iTRAQ 8标标记;高pH分离;LC-MS/MS分析;PEAKS Studio分析软件;筛选标准(fold change >1.5,至少两个unique peptides,significance >13);数据上传PXD012029 阅读提示:Methods: Proteomics |
| 临床样本 | 81例FUSCC患者,未接受术前化疗或放疗,2012-2013年手术切除;组织保存于-125°C 阅读提示:Methods: Clinical samples |
| 免疫组化 | FDFT1抗体(Abcam ab195046);石蜡包埋组织 阅读提示:Methods: IHC staining |
| 动物模型和FMD | BALB/c小鼠(雌性,4-6周龄,18-20g);皮下注射2x10^4细胞(CT26、FDFT1过表达或敲低);FMD饮食组成和周期;对照组正常饮食TD.7912;葡萄糖补充(10mg/kg)在饮水中 阅读提示:Methods: Animal model |
| microPET/CT成像 | 每只小鼠尾静脉注射5.55MBq 18F-FDG;注射后1小时扫描10分钟;异氟烷麻醉;标准摄取值(SUVmax)计算 阅读提示:Methods: MicroPET/CT imaging |
| 体内rapamycin治疗 | rapamycin剂量1mg/kg/d,腹腔注射;开始时间:肿瘤可触及时 阅读提示:Methods: In vivo rapamycin treatment |
| 总胆固醇检测 | 使用Abcam胆固醇/胆固醇酯定量试剂盒(ab65359) 阅读提示:Methods: Total cholesterol levels |