临床样本IAP表达分析
验证IAP蛋白在HCC组织中的表达是否高于正常组织。
收集12对HCC组织及癌旁正常组织,通过Western blot检测cIAP1、cIAP2和XIAP蛋白水平,并与TCGA数据库RNA-seq数据比较。
The SMAC Mimetic APG-1387 Sensitizes Immune-Mediated Cell Apoptosis in Hepatocellular Carcinoma.
包含体外细胞系实验、患者样本检测、动物模型验证,及机制研究等多个证据层级。
HepG2细胞 HCCLM3细胞 HCC患者组织样本 HCCLM3异种移植NOD-SCID小鼠模型
HCC细胞系(HepG2、HCCLM3、Huh7)的来源和培养条件 APG-1387的处理浓度和时间 TNF-α、TRAIL的处理浓度 NK细胞的分离和激活条件 异种移植模型的细胞接种量、药物剂量和给药方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IAP蛋白在HCC组织中的表达是否高于正常组织。
收集12对HCC组织及癌旁正常组织,通过Western blot检测cIAP1、cIAP2和XIAP蛋白水平,并与TCGA数据库RNA-seq数据比较。
评估HCCLM3和HepG2细胞系的癌症干细胞样特性及IAP基础表达。
通过qRT-PCR检测CSC相关基因(ABCG2、SOX2、CD44)和IAPs mRNA,流式检测SP细胞比例,Western blot检测IAP蛋白水平。
观察APG-1387单药对IAPs降解及细胞凋亡的影响。
HepG2和HCCLM3细胞用APG-1387处理,Western blot检测IAPs和cleaved PARP,CCK-8检测细胞活力。
评估APG-1387联合TNF-α或TRAIL对细胞活力和CSC比例的影响。
细胞联合处理,CCK-8检测活力,克隆形成实验检测长期增殖,流式分析SP细胞比例,Western blot检测Sox2。
确定联合治疗诱导细胞死亡的机制。
流式检测凋亡和坏死,Western blot检测凋亡相关蛋白(caspase-3/8/9、PARP、GSDME),用Z-VAD-FMK和Nec-1抑制剂处理细胞检测死亡抑制。
验证APG-1387增强NK细胞对HCC细胞的杀伤作用(体外和体内)。
体外:HCC细胞与激活NK细胞共培养,检测凋亡坏死和LDH释放;体内:HCCLM3异种移植NOD-SCID小鼠,APG-1387和激活NK细胞联合治疗,评估肿瘤体积和体重。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biological Industries | -- | |
| 药物处理 | APG-1387 | Ascentage Pharma Group | -- |
| 细胞因子处理 | 肿瘤坏死因子-α | PeproTech | -- |
| TNF相关凋亡诱导配体 | PeproTech | -- | |
| 白细胞介素-12 | PeproTech | -- | |
| 白细胞介素-15 | PeproTech | -- | |
| 白细胞介素-18 | Invivogen | -- | |
| 药物处理 | 维拉帕米盐酸盐 | SelleckChem | -- |
| 泛半胱天冬酶抑制剂Z-VAD-FMK | SelleckChem | -- | |
| 坏死性凋亡抑制剂Nec-1 | SelleckChem | -- | |
| Western blot | 抗cIAP1抗体 | Cell Signaling Technology | 7065 |
| 抗XIAP抗体 | Cell Signaling Technology | 2045 | |
| 抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9532 | |
| 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9662 | |
| 抗裂解caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | 7237 | |
| 抗NIK抗体 | Cell Signaling Technology | 4994 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗cIAP2抗体 | Abcam | ab32059 | |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| 抗Sox2抗体 | Abcam | ab137385 | |
| 抗裂解caspase-8抗体 | Signalway Antibody LLC | 40502 | |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | Macherey-Nagel | -- |
| cDNA合成试剂盒 | Roche | -- | |
| SYBR Green PCR试剂盒 | Qiagen | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Fdbio Science | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | -- | |
| ECL Plus化学发光检测试剂 | GE Healthcare | -- | |
| ImageQuant LAS 4000自动曝光系统 | GE Healthcare | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| 流式分析 | Annexin-V | BioLegend | -- |
| 7-AAD | BioLegend | -- | |
| FACSCanto II流式细胞仪 | BD | -- | |
| FACSAria III流式细胞仪 | BD | -- | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶-EDTA | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 磷酸盐缓冲液 | Life, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HEPES | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式分析 | Hoechst 33342染料 | Sigma-Aldrich | -- |
| 碘化丙啶 | MP Biomedicals | -- | |
| 克隆形成 | 吉姆萨染液 | Solarbio | -- |
| NK细胞分离 | Lymphoprep密度梯度离心液 | Axis-Shield | -- |
| CD56磁珠 | Miltenyi Biotech | -- | |
| NK细胞扩增 | 人NK细胞扩增试剂盒 | Dakewe | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | eBioscience, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 体内实验 | NOD-SCID小鼠 | Charles River Laboratories | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系培养 | HepG2、HCCLM3、Huh7细胞的来源(中国典型培养物保藏中心),培养条件(DMEM、10% FBS、1%青霉素/链霉素,37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines and Reagents |
| 药物处理 | APG-1387溶解和稀释方法(体内外不同浓度),TNF-α和TRAIL的处理浓度(100 ng/ml和20 ng/ml),处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Lines and Reagents, Cell Viability, Colony Formation, Flow Cytometry |
| NK细胞实验 | PBMC分离方法(Lymphoprep密度梯度),NK细胞纯化(CD56磁珠),激活条件(IL-12、IL-15、IL-18浓度),效靶比,共培养时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods: Isolation of Natural Killer Cells and Co-culture |
| 动物实验 | 小鼠品系(NOD-SCID),周龄(4-6周),细胞接种量(5×10^6),APG-1387剂量(20 mg/kg,每3天,4周),NK细胞注射量(2×10^7,每6天,4周) 阅读提示:Materials and Methods: NK Cell Expansion and Xenograft Experiments |
| 细胞死亡机制验证 | Z-VAD-FMK和Nec-1的处理浓度(20 μM和50 μM),预处理时间(1小时),检测方法(流式、Western blot) 阅读提示:Results: APG-1387 Treatment Increased TNF-α- and TRAIL-Induced Cell Death, Figure 4E,F |