克隆与表征文昌鱼SYK同源物
鉴定并克隆文昌鱼SYK同源物,分析其序列特征和进化地位。
通过RACE技术从文昌鱼cDNA中克隆bjSyk全序列,预测蛋白质结构,进行多序列比对、结构域分析和系统发育树构建。
Amphioxus tyrosine kinase SYK inhibits NF-κB activation through MyD88-dependent mechanism.
研究包含分子克隆、系统发育分析、细胞表达定位、双荧光素酶报告基因、Co-IP、BLI、点突变、泛素化检测、RNA-seq及体内ISH等至少两个独立证据层级,并有明确的功能和机制验证。
HEK293T细胞 HeLa细胞 RAW264.7巨噬细胞 成体文昌鱼组织
HEK293T细胞中bjSYK与bjMyD88的共转染剂量(100-400 ng/孔)以及NF-κB报告基因活性检测 bjMyD88 Y56F和Y56E突变对bjSYK结合及NF-κB抑制的影响 bjSYK SH2结构域缺失突变对bjMyD88相互作用、泛素化及NF-κB抑制的作用 LPS刺激RAW264.7细胞中bjSYK对NF-κB的抑制效应 K63连接泛素化检测中HA-Ub和HA-K63的共转染条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定并克隆文昌鱼SYK同源物,分析其序列特征和进化地位。
通过RACE技术从文昌鱼cDNA中克隆bjSyk全序列,预测蛋白质结构,进行多序列比对、结构域分析和系统发育树构建。
确定bjSYK在文昌鱼组织和细胞中的表达分布。
使用ISH检测成体文昌鱼切片中bjSyk表达,利用免疫荧光观察HeLa细胞中bjSYK的亚细胞定位。
检测bjSYK对bjMyD88诱导的NF-κB活化的影响。
在HEK293T和RAW264.7细胞中采用双荧光素酶报告基因实验,检测bjSYK共表达时NF-κB活性;Western blot检测蛋白表达。
确证bjSYK与bjMyD88的直接结合及其关键结构域。
通过Co-IP、免疫荧光共定位和BLI实验分析bjSYK与bjMyD88的结合,并利用缺失突变体定位相互作用结构域。
确定bjMyD88上介导bjSYK结合的关键氨基酸残基。
通过序列比对、分子对接和点突变实验,验证hemi-ITAM基序中Y56的磷酸化对两者相互作用的影响。
探究bjSYK是否通过影响泛素化来抑制NF-κB信号。
在HEK293T细胞中共转染FLAG-bjMyD88、Myc-bjSYK及HA-Ub或HA-K63,通过Co-IP检测泛素化水平。
检验bjSYK是否下游通过bjTRAF6抑制NF-κB信号。
通过双荧光素酶报告基因检测bjSYK对bjTRAF6诱导NF-κB激活的影响,通过Co-IP检测bjTRAF6的泛素化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112 |
| cDNA合成 | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1621 |
| 质粒构建 | pcDNA3.1载体 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | ExCell | FSP500 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 转染 | Lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 |
| Lipofectamine LTX和PLUS试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15338100 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | P0096 |
| 兔抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 小鼠抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 8146 | |
| Alexa Fluor 488偶联的山羊抗兔IgG | Abcam | ab150077 | |
| Alexa Fluor 555偶联的山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150078 | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 显微镜 | STED显微镜 | Abberior Instruments GmbH | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | pNFκB-TA-luc报告质粒 | Beyotime | D2207 |
| pRL-TK报告质粒 | Beyotime | D2760 | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 |
| 双荧光素酶检测 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG088 |
| Glomax发光检测仪 | Promega | -- | |
| 蛋白裂解 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 4693132001 |
| 免疫共沉淀 | BeaverBeads Protein A免疫沉淀试剂盒 | BEAVER | 22203 |
| 蛋白表达与纯化 | SMM 293-TII表达培养基 | Sino Biological | M293TII |
| 聚乙烯亚胺 | -- | -- | |
| Ni NTA磁珠 | Smart-Lifescience | SA005 | |
| 蛋白纯化 | Amicon超滤离心管 | Millipore | -- |
| BLI | Octet R8蛋白分析系统 | Sartorius | -- |
| 生物素化试剂盒 | Bomeida | G-MM-IGT | |
| 链霉亲和素生物传感器 | Sartorius | 18-5117 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞计数 | AO/PI染色 | Countstar | RE010212 |
| 蛋白表达与纯化 | 补料 | Sino Biological | M293-SUPI |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | HEK293T、HeLa及RAW264.7细胞的来源、培养基成分(DMEM+10%FBS+1%P/S)、转染试剂用量(Lipo8000或Lipofectamine LTX/PLUS) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 报告质粒用量(pNFκB-TA-luc 100 ng/孔,pRL-TK 5 ng/孔)、bjSYK和bjMyD88质粒用量范围(100-400 ng/孔)、转染后LPS处理时间(2小时) 阅读提示:Materials and methods: Dual-LUC assay; Figure 3 legend |
| Co-IP | 细胞裂解液成分(含蛋白酶抑制剂)、免疫沉淀抗体(抗FLAG)、洗涤及洗脱条件 阅读提示:Materials and methods: Co-IP and western blotting |
| 泛素化检测 | FLAG-bjMyD88/HA-Ub/HA-K63共转染比例、免疫沉淀及检测抗体(HA抗体) 阅读提示:Results: bjSYK impairs K63-linked ubiquitination of bjMyD88; Figure 5 legend |
| BLI实验 | bjSYK生物素化及固定化浓度、bjMyD88浓度梯度(5-20 nM) 阅读提示:Materials and methods: BLI |