单细胞转录组图谱构建
描绘LUAD-LM患者CSF细胞组成和转录状态。
对6例LUAD-LM患者的CSF细胞进行scRNA-seq,经质量控制后获得49,051个细胞,聚类为12种细胞类型。
Cellular landscape and diagnostic value of TROP2 in cerebrospinal fluid of lung adenocarcinoma leptomeningeal metastases.
包含6例LUAD-LM患者CSF单细胞转录组、细胞通讯与调控网络分析,并通过ELISA在测试与验证队列中验证CSF TROP2诊断效能。
LUAD-LM患者CSF细胞 LUAD-PBM患者肿瘤组织细胞
CSF-CTC高表达TROP2,且CSF TROP2水平在LUAD-LM中显著升高 TIGIT-NECTIN2轴介导CSF-CTC与CD8+T/NK细胞的免疫抑制 CSF TROP2在30.00 pg/mL阈值下区分LUAD-LM与Non-LM的AUC为0.952 PBM不影响CSF TROP2水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘LUAD-LM患者CSF细胞组成和转录状态。
对6例LUAD-LM患者的CSF细胞进行scRNA-seq,经质量控制后获得49,051个细胞,聚类为12种细胞类型。
解析CSF中巨噬细胞和单核细胞的异质性和功能状态。
对25,423个Mono/Mac细胞进行再聚类,得到6个亚群,并通过ssGSEA、CytoTRACE和Monocle2分析其功能特征和分化轨迹。
鉴定CSF-CTC中具有增殖潜能的亚群及其特征。
对7,222个CSF-CTC进行亚聚类,鉴定出增殖性CTC亚群(Proli_CTC),分析其细胞周期基因表达和干性相关基因。
阐明CSF-CTC与免疫细胞间的相互作用及其免疫抑制机制。
使用CellPhoneDB分析配体-受体对,识别出NECTIN2_TIGIT、CD47_SIRPA等共抑制轴,并在独立数据集中验证。
揭示CSF-CTC和PBM-TC的转录调控机制差异。
使用SCENIC和CytoHubba构建GRN,识别核心转录因子,并比较CSF-CTC与PBM-TC的调控网络。
评估CSF TROP2作为LUAD-LM诊断生物标志物的价值。
通过ELISA检测CSF TROP2水平,在测试队列和验证队列中比较LUAD-LM、Non-LM和NC组,并进行ROC分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Chromium | 10x Genomics | -- |
| 单细胞RNA测序数据处理 | Cell Ranger | -- | v6.0.2 |
| 蛋白水平检测 | TROP2 ELISA试剂盒 | Sino Biological | KIT10428 |
| EPCAM ELISA试剂盒 | Sino Biological | SEK10694 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 细胞活性>90%,过滤阈值:最小基因数600,最小UMI数1000,线粒体比例<20% 阅读提示:Methods:Single-Cell RNA Sequencing and Data Quality Control and Visualization |
| CSF TROP2检测 | CSF样本离心条件(3000×g,5分钟),检测试剂盒,检测范围23.44-1500 pg/mL 阅读提示:Methods:Measurement of CSF TROP2 Levels and Diagnostic Evaluation |
| 诊断队列 | LUAD-LM确诊标准(CSF细胞学阳性),Non-LM患者需CSF细胞学阴性且随访6个月无LM证据 阅读提示:Methods:Study participants and sample collection |