抗体分离与重组表达
获得Spike特异性的单克隆抗体集合
从供体C68的PBMC中分离记忆B细胞,单细胞分选后,克隆VH和VL到表达载体,在FreeStyle 293-F细胞中重组表达IgG1抗体。
Determinants of natural killer cell-mediated antibody dependent cellular cytotoxicity in SARS-CoV-2 antibodies.
研究包含142个抗体的系统功能分析,涵盖表位定位、ADCC检测、结合实验、中和实验、SHM和CDR3分析等多个独立实验层级,并通过统计分析和重复实验验证。
C68供体来源的142种SARS-CoV-2 Spike特异性单克隆抗体 表达WH-1、BA.2、BA.5 Spike蛋白的CEM.NKr靶细胞 原代NK细胞(来自PBMC)作为效应细胞
抗体浓度:5000 ng/mL 效应细胞与靶细胞比例:10:1 孵育时间:4小时 ADCC阳性阈值:平均CD107a+ NK细胞百分比超过5% 中和阳性阈值:IC50 < 20000 ng/mL
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得Spike特异性的单克隆抗体集合
从供体C68的PBMC中分离记忆B细胞,单细胞分选后,克隆VH和VL到表达载体,在FreeStyle 293-F细胞中重组表达IgG1抗体。
按抗体靶向的Spike结构域分类
通过ELISA检测抗体与重组Spike亚基的结合,分配表位域(NTD、RBD、S2、CTD)。
测量抗体介导NK细胞脱颗粒的能力
使用流式细胞术检测CD107a作为NK细胞激活标志物。效应细胞为PBMC来源的NK细胞,靶细胞为表达Spike的CEM.NKr细胞。
测量抗体与细胞表面Spike的结合能力
通过流式细胞术检测抗体与Spike表达细胞的结合,以MFI表示。
测量抗体对Spike假病毒的中和能力
使用Spike假病毒进行中和试验,计算IC50。
分析抗体的体细胞突变和CDR3长度与ADCC的关系
通过Partis软件分析抗体的VH和VL序列,计算SHM百分比和CDR3长度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体生产 | FreeStyle 293-F细胞 | Invitrogen | -- |
| ELISA | SARS-CoV-2 S1蛋白 | Sino Biological | 40591-V08H |
| SARS-CoV-2 S2蛋白 | Sino Biological | 40590-V08H1 | |
| SARS-CoV-2 NTD蛋白 | Sino Biological | 40591-V49H | |
| SARS-CoV-2 RBD蛋白 | Sino Biological | 40592-V08H | |
| ADCC assay | RPMI培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| Glutamax | Gibco | -- | |
| 抗生素-抗真菌剂 | Life Technologies | -- | |
| 抗CD107a-APC抗体 | BioLegend | 克隆H4A3 | |
| 蛋白转运抑制剂混合物 | eBioscience | -- | |
| 活力染料eFluor 780 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗CD3-BV711抗体 | BioLegend | 克隆UCHT1 | |
| 抗CD56-BV605抗体 | BioLegend | 克隆5.1H11 | |
| 流式检测 | Fortessa X50 LSR流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 结合实验 | 抗人IgG Fcγ片段特异性PE抗体 | Jackson Immuno | cat. 109-115-098 |
| Fortessa LSRII流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism | -- | -- |
| FlowJo | TreeStar | -- | |
| R | -- | -- | |
| 序列分析 | Partis | -- | -- |
| 细胞培养 | CEM.NKr靶细胞 | -- | -- |
| ADCC assay | 抗CD107a-APC抗体 | BioLegend | 克隆H4A3 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ADCC测定 | 抗体浓度5000 ng/mL;效应细胞与靶细胞比例10:1;孵育时间4小时;CD107a阳性阈值5%;两次独立重复取平均值;使用蛋白转运抑制剂cocktail 阅读提示:Methods: NK cell-mediated ADCC |
| 结合测定 | 抗体浓度5000 ng/mL;孵育时间30分钟;使用anti-human IgG Fcγ-PE检测;MFI大于1000视为结合阳性 阅读提示:Methods: Binding to SARS-CoV-2 Spike protein |
| 中和测定 | 假病毒为WH-1株(D614G突变);IC50 < 20000 ng/mL为中和阳性;技术重复取平均值;四参数非线性回归拟合 阅读提示:Methods: Neutralization |
| SHM分析 | 使用Partis软件分析VH和VL的SHM百分比;基于重排的免疫组库 阅读提示:Methods: Abs sequence annotations and characterization |