PD-L1在脓毒症和M1极化中的表达分析
分析PD-L1在脓毒症患者和M1型巨噬细胞中的表达变化,以确定其潜在作用。
利用GEO数据库(GSE57065, GSE28750, GSE95233)分析脓毒症患者血液中PD-L1表达;qRT-PCR检测脓毒症患者单核细胞PD-L1 mRNA;THP-1-M用LPS+IFN-γ极化,RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、激光共聚焦检测PD-L1表达。
Programmed death-ligand 1 (PD-L1) Modulates Chemokine Production Via the TLR4/TRAF6 Signaling Axis During LPS + IFN-γ-Induced Endotoxemia-mimicked Sepsis.
包含临床数据库分析、体外细胞实验(THP-1、人原代单核细胞)、基因敲除/过表达、RNA-seq、IP-MS、分子对接、体内小鼠模型(PD-L1KO)等多层级验证,并明确功能与机制验证。
THP-1细胞系及其PD-L1过表达/敲除/突变衍生物 人原代单核细胞来源的巨噬细胞 PD-L1敲除小鼠(PD-L1KO)与野生型小鼠 脓毒症患者外周血单核细胞
LPS(100 ng/mL)和IFN-γ(20 ng/mL)刺激THP-1-M细胞 PD-L1敲除小鼠(PD-L1KO)腹腔注射LPS(15 mg/kg)和IFN-γ(10 µg/kg) RNA-seq分析PD-L1过表达和对照细胞的差异表达基因 IP-MS和Co-IP验证PD-L1与TRAF6的相互作用 PD-L1Δ62–139突变体丧失对CCL8和CXCL9的调控
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析PD-L1在脓毒症患者和M1型巨噬细胞中的表达变化,以确定其潜在作用。
利用GEO数据库(GSE57065, GSE28750, GSE95233)分析脓毒症患者血液中PD-L1表达;qRT-PCR检测脓毒症患者单核细胞PD-L1 mRNA;THP-1-M用LPS+IFN-γ极化,RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、激光共聚焦检测PD-L1表达。
鉴定PD-L1在炎症巨噬细胞中调控的趋化因子。
对LPS+IFN-γ处理的PD-L1NC/THP-1-M和PD-L1HI/THP-1-M进行RNA-seq,KEGG通路富集分析,与趋化因子基因集取交集,鉴定CCL8、CXCL9和CXCL10。之后通过qRT-PCR和ELISA验证CCL8和CXCL9的表达。
用siRNA和基因敲除确认PD-L1对趋化因子表达的调控。
在人单核细胞来源的巨噬细胞中转染siPD-L1,在THP-1-M中敲除PD-L1,检测CCL8和CXCL9的mRNA和蛋白水平。
鉴定PD-L1调控趋化因子所依赖的信号通路。
对GEO数据集和RNA-seq数据进行单基因GSEA,确定Toll样受体通路为候选。用siRNA敲低TLR4,检测CCL8和CXCL9表达变化。
验证PD-L1与TRAF6的物理结合,并确定关键结合区域。
通过IP-MS鉴定PD-L1相互作用蛋白,Co-IP验证结合,AlphaFold预测结构,GRAMM分子对接,构建PD-L1Δ62-139突变体,检测其对CCL8和CXCL9表达的影响。
在体内验证PD-L1对CCL8/CXCL9的调控及对脓毒症结局的影响。
用PD-L1野生型和敲除小鼠建立LPS+IFN-γ诱导的内毒素血症模型,观察生存率,检测外周血单核细胞和血清中CCL8、CXCL9表达,以及腹腔巨噬细胞和单核细胞中的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与刺激 | 脂多糖(大肠杆菌11:B4) | Sigma-Aldrich | -- |
| 重组人IFN-γ | Sinobiological | 11725-HNAE | |
| 重组小鼠IFN-γ | Sinobiological | 50709-MNAH | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 佛波酯 | -- | -- | |
| Western blotting | 抗GAPDH抗体 | CST | 5174 |
| 抗PD-L1抗体 | CST | 13684 | |
| 抗TRAF6抗体 | CST | 8028 | |
| 抗AIM2抗体 | CST | 12948 | |
| 抗IgG抗体 | CST | 3900 | |
| HRP标记的二抗 | Cell Signaling Technology | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 化学发光检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | -- |
| TB Green预混Ex Taq | Takara | -- | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | -- |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| Alexa Fluor标记的二抗 | Invitrogen | -- | |
| 奥林巴斯FV3000激光扫描系统 | Olympus | -- | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | -- | -- |
| IP-MS | Q Exactive HF-X四极杆-Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC 1200色谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA干扰 | siRNA | GenePharma | -- |
| Lipo2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 单核细胞分离 | Ficoll-Paque密度梯度离心液 | -- | -- |
| 外周血单核细胞分离试剂盒 | Solarbio | -- | |
| 细胞因子检测 | CCL8 ELISA试剂盒 | Boster Biological Technology | -- |
| CXCL9 ELISA试剂盒 | Boster Biological Technology | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNApure高纯度总RNA快速提取试剂盒 | Bioteke | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与刺激 | THP-1细胞用PMA(100-200 nM)处理24-48小时分化成巨噬细胞;LPS浓度100 ng/mL、IFN-γ浓度20 ng/mL;刺激时间6、12、24小时 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture; Figure legends for Fig. 1D-E |
| 动物模型 | 小鼠品系C57BL/6,年龄6-8周,体重20-22g;腹腔注射LPS 15 mg/kg和IFN-γ 10 µg/kg;观察60小时生存率 阅读提示:Materials and Methods: Mice; Figure 6A-B |
| PD-L1过表达/敲除细胞系 | PD-L1NC/HI/KO THP-1细胞系的构建和验证详情 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture; 原文未详述构建方法,但提到Genechem建立 |
| RNA-seq分析 | RNA-seq处理条件(LPS+IFN-γ 6小时);差异表达基因阈值:|log2FC|≥1且padj<0.001 阅读提示:Materials and Methods: RNA-seq and GSEA; Figure 2 legend |
| 免疫共沉淀与IP-MS | LPS+IFN-γ刺激6小时;使用anti-PD-L1抗体免疫沉淀;IP-MS鉴定条件 阅读提示:Materials and Methods: Immunoprecipitation-Mass Spectrometry; Figure 5 legend |