家蚕体内自噬对脂质代谢的影响
验证自噬在脂质降解中的作用
对家蚕幼虫进行BmAtg1、BmAtg5、BmAtg8的RNAi,检测脂肪体脂滴、脂质含量及变态影响;用氯喹抑制溶酶体酸化,观察脂质变化。
Lipid metabolites affected by deficient autophagy antagonize the occurrence of autophagy through AMPK signaling in insects.
包含体内RNAi、过表达、突变及药物处理,细胞系功能验证,代谢组学分析,以及代谢物回补等功能验证。
家蚕幼虫脂肪体 家蚕BmN细胞系 果蝇脂肪体 果蝇突变体及过表达系
家蚕Atg基因RNAi及氯喹处理剂量 果蝇DmAtg1突变及过表达系 BmN细胞Atg基因敲除及过表达 代谢物LPE(19:0)、LPC(0:0/17:0)等处理浓度 AMPK信号磷酸化检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证自噬在脂质降解中的作用
对家蚕幼虫进行BmAtg1、BmAtg5、BmAtg8的RNAi,检测脂肪体脂滴、脂质含量及变态影响;用氯喹抑制溶酶体酸化,观察脂质变化。
在细胞水平验证自噬对脂质降解的作用
通过CRISPR/Cas9敲除或过表达BmAtg基因,结合油酸或棕榈酸处理,检测自噬及脂滴积累。
验证自噬在果蝇脂质降解中的作用
利用DmAtg1突变、DmAtg8突变、DmAtg1KQ过表达或DmAtg1:DmAtg13过表达果蝇,检测脂肪体脂滴和TAG含量。
分析自噬改变引起的代谢物变化
收集自噬过表达或突变果蝇脂肪体,进行广泛靶向代谢组学分析,鉴定差异代谢物。
验证积累的代谢物是否反馈抑制自噬
在果蝇脂肪体和BmN细胞中单独添加候选代谢物,检测自噬水平和AMPK信号。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 格蕾丝昆虫培养基 | Sigma-Aldrich | G9771 |
| 胎牛血清 | AusGeneX | FBS500-S | |
| 昆虫SIM SF培养基 | Sino Biological Inc | MSF1-1 | |
| 克隆 | 大肠杆菌DH5α | TIANGEN | CB101-03 |
| RNA干扰 | T7 RiboMAX™ Express RNAi系统 | Promega | P1700 |
| 细胞转染 | TransIT®-Insect转染试剂 | Mirus Biotech | MIR6100 |
| 细胞筛选 | Zeocin™筛选试剂 | Gibco | R25001 |
| 代谢物处理 | LPE(19:0) | Avanti Research™ | 855674P |
| LPC(0:0/17:0) | Avanti Research™ | 855676P | |
| LPC(0:0/19:0) | Avanti Research™ | 855776P | |
| LPC(20:0/0:0) | Avanti Research™ | 855777P | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | p0013b |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Merck KGaA | 11836170001 | |
| PVDF膜 | BIO-RAD | 1620177 | |
| 增强型ECL化学发光底物 | Yeasen Biotechnology | 36222ES60 | |
| 抗V5抗体 | Cell Signaling Technology | 13202S | |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 14793S | |
| 抗HA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7392 | |
| 抗BmAtg8–PE抗体 | Abcam | ab109364 | |
| 抗磷酸化AMPKα (Thr172)抗体 | Cell Signaling Technology | 50081 | |
| 抗Tubulin抗体 | Beyotime Biotechnology | AT819 | |
| 荧光染色 | LysoTracker Red DND-99 | Invitrogen | L7528 |
| 脂质染色 | BODIPY 493/503 | Invitrogen | 3922 |
| 脂质含量检测 | 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A110-1-1 |
| 显微镜观察 | 共聚焦显微镜 | Olympus | FV3000 |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱-串联质谱 | Wuhan Metware Biotechnology Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 家蚕RNAi处理 | RNAi注射剂量30μg/幼虫,注射时间12小时前启动游走,BmAtg1、BmAtg5、BmAtg8靶基因 阅读提示:Methods:RNAi treatment in B. mori larvae |
| 氯喹处理 | 氯喹注射剂量10、25、50、100 μg/幼虫,处理时间24小时;5L2D阶段注射25 μg/幼虫后饥饿12或24小时 阅读提示:Methods:Chloroquine treatment |
| BmN细胞敲除和过表达 | CRISPR/Cas9敲除或过表达BmAtg1、BmAtg5、BmAtg8;脂肪酸浓度50 μM,处理24小时 阅读提示:Methods:Overexpression of Bombyx Atg genes in BmN cells;CRISPR/Cas9 knockout in BmN cells |
| 果蝇遗传品系 | 果蝇品系:WT1118、ppl-GAL4、DmAtg1Δ3D、DmAtg8CG07569、UAS-DmAtg1、UAS-DmAtg13、UAS-DmAtg1KQ;培养温度25°C 阅读提示:Methods:Animals |
| 代谢物处理 | 代谢物LPE(19:0)、LPC(0:0/17:0)、LPC(0:0/19:0)、LPC(20:0/0:0)浓度40 μM,处理时间2小时 阅读提示:Methods:Metabolite treatments |