鉴定UBE2O与CTNNA1的相互作用
验证UBE2O是否为CTNNA1的相互作用蛋白
通过Flag标签免疫沉淀结合质谱鉴定CTNNA1相互作用组,并通过免疫共沉淀验证内源和体外相互作用
UBE2O-mediated ubiquitylation directs cytoplasmic CTNNA1 to promote cell-to-ECM adhesions.
包含体外泛素化实验、免疫共沉淀、质谱相互作用组分析、细胞培养(MEF、MDCK等)及黏附功能验证等至少两个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
HEK293T细胞 小鼠胚胎成纤维细胞(MEF) MDCK细胞 HaCaT细胞
UBE2O的E2活性位点C1040对CTNNA1泛素化至关重要 CTNNA1的多位点泛素化(K45、K81、K155、K747)及其对β-catenin和vinculin结合的影响 Ube2o敲低对黏着斑成熟和细胞面积的影响 CTNNA1-KO突变体对UBE2O介导的黏附成熟的补偿作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证UBE2O是否为CTNNA1的相互作用蛋白
通过Flag标签免疫沉淀结合质谱鉴定CTNNA1相互作用组,并通过免疫共沉淀验证内源和体外相互作用
确定UBE2O是否作为E2/E3酶泛素化CTNNA1及修饰类型
通过体内泛素化实验(变性Flag-IP、P4D1-IP、Ni-PD)和体外泛素化实验检测CTNNA1的泛素化,并用质量分析鉴定泛素化位点
探究S641磷酸化是否影响CTNNA1的泛素化或反之
通过λ磷酸酶处理去除磷酸基团后进行体外泛素化,及S641A/D突变体泛素化实验
检验UBE2O的E2活性是否对黏着斑成熟和细胞铺展必需
在MEF和MDCK细胞中敲低UBE2O及回补野生型或催化失活突变体,免疫荧光检测黏着斑形态和细胞面积
阐明UBE2O介导的泛素化如何改变CTNNA1的蛋白互作及定位
体外制备泛素化CTNNA1作为诱饵,进行质谱相互作用组分析,并通过免疫共沉淀和免疫荧光验证与β-catenin、vinculin的结合变化及定位
确定CTNNA1泛素化是否为UBE2O促进黏着斑成熟和细胞延伸所必需
通过敲低Ctnna1并回补CTNNA1-WT或KO突变体,观察黏着斑和细胞面积变化,并进行黏附实验
验证UBE2O-CTNNA1轴在早期铺展阶段对细胞-ECM黏附的必要性
通过黏附实验检测UBE2O敲低和回补对ECM黏附率的影响,以及Ctnna1敲低对UBE2O促进黏附的抑制
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| SMM 293-TII表达培养基 | Sino Biological | M293TII | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺转染试剂 | Polysciences | 24765 |
| Lipofectamine 3000转染试剂盒 | Invitrogen | L3000075 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 |
| 药物筛选 | 嘌呤霉素盐酸盐 | MedChemExpress | HY-B1743A |
| 潮霉素B | MedChemExpress | HY-B0490-5 | |
| 诱导敲低 | 多西环素盐酸盐 | MedChemExpress | HY-N0565B |
| 蛋白质表达诱导 | 异丙基硫代半乳糖苷 | MedChemExpress | HY-15921 |
| 蛋白质纯化 | 二硫苏糖醇 | Sigma-Aldrich | D9779 |
| 细胞裂解 | 甘油 | Sigma-Aldrich | V900122 |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T9284 | |
| 泛素化实验 | N-乙基马来酰亚胺 | Sigma-Aldrich | E3876 |
| 蛋白质纯化 | 咪唑 | Sigma-Aldrich | V900153 |
| 生物素 | Sigma-Aldrich | V900418 | |
| 去磷酸化 | Lambda蛋白磷酸酶 | New England Biolabs | P0753S |
| 细胞铺展 | 纤连蛋白 | Yeasen | 40113ES03 |
| 质谱分析 | 0.1%甲酸水溶液(质谱级) | ThermoFisher Scientific | 85170 |
| Western blot | 脱脂牛奶 | Beyotime | P0216 |
| BeyoECL Star底物 | Beyotime | P0018AS | |
| 细胞裂解 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 4693116001 |
| 蛋白质纯化 | 组氨酸-谷胱甘肽-S-转移酶-β-catenin蛋白 | Sino Biological | 11279-H20B |
| 3千道尔顿截留分子量Amicon Ultra-15离心过滤器 | Merck Millipore | UFC9003 | |
| 10千道尔顿截留分子量Amicon Ultra-15离心过滤器 | Merck Millipore | UFC901024 | |
| 100千道尔顿截留分子量Amicon Ultra-15离心过滤器 | Merck Millipore | UFC910096 | |
| 镍高流速琼脂糖凝胶 | Cytiva | 17531803 | |
| Superdex 75 increase 10/300 GL凝胶过滤柱 | Cytiva | 29148721 | |
| HiLoad 16/600 Superdex 200 pg凝胶过滤柱 | Cytiva | 28989335 | |
| Strep-Tactin XT 4Flow树脂 | IBA Life Sciences | 2-5030-010 | |
| 谷胱甘肽树脂 | Genscript | L00206 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| Pierce蛋白A/G磁珠 | ThermoFisher Scientific | 88803 | |
| 泛素化实验 | 镍-次氮基三乙酸琼脂糖 | QIAGEN | 30230 |
| 免疫沉淀 | 抗c-Myc磁珠 | ThermoFisher Scientific | 88843 |
| V5-Trap磁琼脂糖 | Chromotek | v5tma | |
| 蛋白质定量 | Pierce BCA蛋白质定量试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23225 |
| 亚细胞分离 | 培养细胞亚细胞蛋白分离试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 78840 |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Cytiva | 10600003 |
| 细胞培养 | 8孔腔室玻片 | Falcon | 354108 |
| 迁移实验 | 24孔Transwell板 | Corning | 3422 |
| 免疫荧光 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Cell Signaling Technology | 4083S |
| CoraLite 594-鬼笔环肽 | Proteintech | PF00003 | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和转染 | 细胞系来源、培养条件、转染试剂及浓度 阅读提示:Methods部分:细胞培养和转染 |
| 泛素化实验 | UBE2O活性位点C1040、泛素化条件(如8M尿素或1% SDS变性)、ATP和MgCl2浓度 阅读提示:Methods部分:体外和体内泛素化实验 |
| 黏着斑成熟实验 | FN包被浓度、细胞铺展时间(MEF 6小时,MDCK 8小时) 阅读提示:Methods部分:免疫荧光和图像分析 |
| 黏附实验 | 细胞数(2×10^4)、FN包被时间(4°C过夜)、黏附时间(30分钟) 阅读提示:Methods部分:黏附实验 |