家系临床特征及免疫表型分析
评估疑似X-SCID患者的临床和免疫学特征。
收集四个家系患者的外周血,检测淋巴细胞亚群、免疫球蛋白水平及炎症指标。
Hemizygous IL2RG Variants Impair IL-2-Induced STAT5 Phosphorylation and Transcriptional Activity Causing X-Linked Severe Combined Immunodeficiency.
包含WES基因变异鉴定、体外功能实验(STAT5磷酸化、荧光素酶报告基因、Co-IP、流式、IP-MS)及患者临床特征分析,多层级验证。
HEK293细胞系 四个疑似X-SCID家系的外周血样本
IL2RG变异类型及位置(c.569G>C、c.515T>C、c.217A>C、c.1091C>T) IL-2刺激浓度(1000 U/mL)及刺激时间(30分钟) 细胞系(HEK293)及转染质粒(WT和突变IL2RG、JAK3) 检测方法(Western blot、流式细胞术、荧光素酶报告基因、IP-MS)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估疑似X-SCID患者的临床和免疫学特征。
收集四个家系患者的外周血,检测淋巴细胞亚群、免疫球蛋白水平及炎症指标。
识别四个家系中潜在的致病基因变异。
提取外周血DNA,进行WES,并通过Sanger测序验证候选变异。
验证变异是否影响IL2RG蛋白的表达和表面定位。
在HEK293细胞中表达野生型或突变IL2RG,通过Western blot检测蛋白表达,通过流式细胞术检测细胞表面表达。
评估变异是否影响IL2RG与JAK3的结合。
共转染IL2RG和JAK3质粒,通过Co-IP和Western blot检测相互作用。
评估变异对IL-2信号通路下游STAT5功能的影响。
IL-2刺激后,通过Western blot检测STAT5磷酸化水平,通过荧光素酶报告基因检测STAT5转录活性。
探索IL2RG变异对蛋白相互作用网络和亚细胞定位的影响。
通过Co-IP富集IL2RG相互作用蛋白,进行质谱分析,并通过GO分析分类。
基于功能证据重新评估变异的致病性。
整合初始ACMG分类和功能实验结果,对变异进行重新分类。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA血液迷你试剂盒 | Qiagen | 51185 |
| 质粒构建 | Mut Express II快速诱变试剂盒V2 | Vazyme Biotech | C214 |
| 细胞培养 | SMM 293-TII培养基 | Sino Biological Inc | M293TII |
| 细胞转染 | Neofect™ DNA转染试剂 | Neofect | TF20121201 |
| 流式分析 | Flag标签抗体 | Abways | AB0008 |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)高交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ 488 | Invitrogen | A-11029 | |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Sigma-Aldrich | IPVH00010 |
| 抗DYKDDDDK标签抗体 | Cell Signaling Technology | 8146 | |
| 二抗 | Affinity Biosciences | S0001/S0002 | |
| Omni-ECL™ Femto Light化学发光试剂盒 | Epizyme | SQ201 | |
| 免疫共沉淀 | NP40裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013F |
| 蛋白磷酸酶抑制剂 | Solarbio | P1260 | |
| 抗DYKDDDDK磁珠 | Biolinkedin | L-1011 | |
| 抗Myc磁珠 | Biolinkedin | L-1010 | |
| 细胞刺激 | 重组人IL-2 | PeproTech | 200-02 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 蛋白磷酸酶抑制剂 | Servicebio | G2007-1ML | |
| 蛋白质印迹 | Flag标签抗体 | Abways Technology | AB0001 |
| Myc标签抗体 | Abways Technology | AB0001 | |
| Stat5 (D2O6Y) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 94205 | |
| Phospho-Stat5 (Tyr694) (D47E7) XP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4322 | |
| GAPDH抗体 | Affinity Biosciences | T0004 | |
| 荧光素酶报告基因 | pGL4.52 (Luc2P/STAT5RE/Hygro) 报告质粒 | Promega | E4651 |
| ONE-Glo™荧光素酶检测系统 | Promega | E6110 | |
| 质谱分析 | 三乙基碳酸氢铵缓冲液 | Sigma-Aldrich | T7408 |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5280 | |
| Orbitrap Eclipse Tribrid质谱仪 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HEK293)、培养基(SMM 293-TII)、转染试剂(Neofect)、转染后时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods, Cell Culture, Transfection, and Surface Staining |
| IL-2刺激 | IL-2浓度(1000 U/mL)、刺激时间(30分钟或40分钟) 阅读提示:Materials and Methods, STAT5 Phosphorylation and Luciferase Assays |
| STAT5磷酸化检测 | 抗体(Phospho-Stat5 Tyr694)、细胞裂解液(RIPA buffer含磷酸酶抑制剂) 阅读提示:Materials and Methods, STAT5 Phosphorylation and Luciferase Assays |
| 荧光素酶报告基因 | 报告质粒(pGL4.52)、检测系统(ONE-Glo) 阅读提示:Materials and Methods, STAT5 Phosphorylation and Luciferase Assays |
| 蛋白相互作用分析 | Co-IP用beads(Anti-Flag/Anti-Myc)、裂解缓冲液(NP40含PMSF和磷酸酶抑制剂) 阅读提示:Materials and Methods, Western Blotting and Co-Immunoprecipitation Assay |
| 质谱分析 | 胰蛋白酶浓度(0.05 µg/µL)、消化时间(4小时和过夜)、质谱仪(Orbitrap Eclipse) 阅读提示:Materials and Methods, Immunoprecipitation-Mass Spectrometry |