蛋白表达与纯化
获得高纯度的hTRPC5蛋白样品用于冷冻电镜结构解析
使用BacMam系统在HEK293F细胞中表达N端GFP-MBP标记的hTRPC5,经亲和纯化和凝胶过滤层析获得四聚体蛋白。为获得EA结合样品,在纯化全程加入EA和EDTA。
Mechanism of (-)-Englerin A and calcium binding on the human TRPC5 channel.
包含冷冻电镜结构解析、点突变功能验证(膜片钳、表面生物素化)、低钙与高钙状态对比等相互独立的证据层级,并包含功能与机制验证。
人TRPC5(hTRPC5)异源表达细胞系(HEK293F) hTRPC5突变体(Q573A、F576A、W577A)表达细胞 冷冻电镜结构模型(EA结合态和低钙态)
EA结合位点位于孔螺旋与S5/S6螺旋之间,与残基Q573、F576、W577、T603等形成相互作用 钙结合位点CBS1位于AR2的E81和CH2的D749之间,CBS3位于VSLD 钙离子结合诱导胞内结构域紧凑构象,低钙状态对应松弛构象 突变Q573A、F576A、W577A降低EA和DAMGO激活的电流峰值,但表面表达水平与野生型相似
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得高纯度的hTRPC5蛋白样品用于冷冻电镜结构解析
使用BacMam系统在HEK293F细胞中表达N端GFP-MBP标记的hTRPC5,经亲和纯化和凝胶过滤层析获得四聚体蛋白。为获得EA结合样品,在纯化全程加入EA和EDTA。
解析hTRPC5与EA复合物以及低钙状态的高分辨率三维结构
使用冷冻电镜进行单颗粒分析,分别收集低钙和EA结合样品数据,经过运动校正、CTF估计、颗粒挑选、2D/3D分类和精修,最终得到EA结合态的两种构象(Class1和Class2)和低钙态结构。
确定EA和钙离子的结合位点及其对通道构象的影响
比较EA结合态和低钙/高钙状态的结构,识别EA结合位点(位于孔螺旋与S5/S6之间)和钙结合位点CBS1、CBS3,并分析钙结合引起的构象变化。
验证鉴定的EA结合位点是否为功能关键位点
通过点突变(Q573A、F576A、W577A)结合全细胞膜片钳记录EA和DAMGO诱导的电流,以及表面生物素化实验检测突变体的表面表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Sf-900 III SFM培养基 | Gibco | -- |
| Free Style 293培养基 | -- | -- | |
| SMM-293TI培养基 | Sino Biological Inc | -- | |
| MycoBlue支原体检测试剂盒 | Vazyme | D101-02 | |
| 蛋白表达与纯化 | 十二烷基-β-D-麦芽糖苷 | -- | -- |
| 胆固醇半琥珀酸酯 | -- | -- | |
| 乙二醇-二甘醇 | -- | -- | |
| MBP树脂 | -- | -- | |
| Superose-6 Increase 凝胶过滤柱 | -- | -- | |
| 冷冻电镜 | Titan Krios 电子显微镜 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| K3 Summit直接电子探测器 | Gatan | -- | |
| Vitrobot Mark I 冷冻制样仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| EPU 自动数据采集软件 | -- | -- | |
| 电生理记录 | (-)-Englerin A | Sigma | PHL82530 |
| DAMGO | TargetMol | T4351 | |
| Axopatch 200B 放大器 | Axon Instruments | -- | |
| pCLAMP 10.4 软件 | -- | -- | |
| 表面生物素化 | 磺基-NHS-SS-生物素 | TargetMol | T19061 |
| Streptactin 琼脂糖珠 | Smart-Lifesciences | SA053100 | |
| Western blot | 抗N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP |
| 抗TRPC5抗体 | Proteintech | 25890-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白表达与纯化 | 表达系统:BacMam;细胞系:HEK293F;培养基:SMM 293T-I +1% FBS;感染比例1:12.5;感染时间12小时;诱导剂:10 mM丁酸钠;收获时间48小时;纯化缓冲液含1 mM EDTA或1 mM EGTA及EA浓度(EA结合样品) 阅读提示:Methods 4.3 Protein expression and purification |
| 冷冻电镜样品制备和数据收集 | 样品浓度:低钙A280=1.0,EA结合态A280=0.9;EA加入量:500 μM;制样:石墨烯氧化物网格;Vitrobot参数(湿度100%,温度4°C,blot force 4,blot time 4s,wait time 60s);电镜:Titan Krios 300 kV;探测器:K3 Summit;总剂量:低钙60 e-/Ų,EA态50 e-/Ų 阅读提示:Methods 4.4 Cryo-EM sample preparation and data collection |
| 结构解析 | 软件:MotionCor2, GCTF, Gautomatch, cryoSPARC;对称性:C4;分辨率标准:FSC 0.143;模型初始模板:PDB 7D4P 阅读提示:Methods 4.5 Cryo-EM analysis and 4.6 Model building and refinement |
| 电生理记录 | 细胞系:HEK293F;转染:PEI;记录模式:全细胞膜片钳;钳制电压:-60 mV;电极电阻:2-4 MΩ;浴液组分:140 mM NaCl, 5 mM CsCl, 2 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 10 mM glucose, 10 mM HEPES (pH 7.4);EA和DAMGO浓度需查阅图表 阅读提示:Methods 4.7 Electrophysiology |
| 功能验证突变体 | 突变位点:Q573A、F576A、W577A;表面表达检测:生物素化+Western blot;细胞共转染OPRM1 阅读提示:Results 2.2 and Methods 4.7, 4.8 |