临床样本相关性分析
评估 USP13 表达与血管生成标志物 CD31 的相关性
对 40 例 CRC 患者的肿瘤及配对非癌组织进行 IHC 染色,检测 USP13 和 CD31 表达并分析相关性。
USP13 Suppresses Colorectal Cancer Angiogenesis by Downregulating VEGFA Expression through Inhibition of the PTEN-AKT Pathway.
包含体外细胞实验(迁移、侵袭、管形成)、分子机制(Western blot、Co-IP)、体内裸鼠移植瘤模型及临床样本分析,并进行了功能验证与机制验证。
HCT116 和 HT29 结直肠癌细胞系 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) BALB/c 裸鼠皮下移植瘤模型 40 例结直肠癌患者组织样本
USP13 敲低/过表达效率(shRNA 慢病毒载体或 pCMV-USP13 质粒) 条件培养基的制备(1.0×10^6 细胞培养 24 小时) Transwell 实验中的细胞数量(1×10^3)和孵育时间(36 小时) 管形成实验中 HUVEC 密度(1.0×10^4/孔)和培养时间(4 小时) 体内实验中每组小鼠数量(n=4)和肿瘤细胞注射量(1×10^7)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估 USP13 表达与血管生成标志物 CD31 的相关性
对 40 例 CRC 患者的肿瘤及配对非癌组织进行 IHC 染色,检测 USP13 和 CD31 表达并分析相关性。
检测 USP13 是否影响血管生成相关细胞因子的表达
在 sh-USP13 和 Flag-USP13 的 HCT116 细胞中,通过 RT-qPCR 检测 12 种血管生成相关基因的 mRNA 水平,并通过 ELISA 和 Western blot 检测 VEGFA 蛋白水平。
评估 USP13 对 HUVEC 迁移、侵袭和管形成能力的影响
收集 sh-USP13 或 Flag-USP13 CRC 细胞的条件培养基,处理 HUVEC,通过 Transwell 和管形成实验检测迁移、侵袭和管形成能力。
验证 USP13 对血管生成的抑制作用是否依赖于 VEGFA
通过添加重组 VEGFA(rVEGFA)或使用 VEGFA siRNA 处理 CRC 细胞,检测 HUVEC 迁移、侵袭和管形成的变化。
阐明 USP13 调控 VEGFA 的分子机制
通过 Western blot 检测 PTEN、p-AKT、VEGFA 表达;通过 Co-IP 检测 PTEN 泛素化;通过 PTEN 过表达或敲低验证对 VEGFA 和 p-AKT 的影响。
评估 USP13 在体内对肿瘤生长和血管生成的影响
将 EV-HCT116 或 Flag-USP13-HCT116 细胞皮下注射至裸鼠,部分小鼠给予 PTEN 抑制剂 SF1670,测量肿瘤体积和重量,并通过 IHC 检测 CD31 和 VEGFA 表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | #11965 |
| 胎牛血清 | Biological Industries | #04-001-1A | |
| 青霉素-链霉素 | Sangon Biotech | #E607011 | |
| ECM培养基 | Solarbio | #YZ-1001 | |
| 免疫组织化学 | 抗USP13抗体 | Santa Cruz Biotechnology | #SC144160 |
| 抗CD31抗体 | Servicebio | #GB113151 | |
| 抗VEGFA抗体 | Proteintech | #19003-1-AP | |
| 生物素化二抗 | Abcam | ab6720, ab6788 | |
| 光学显微镜 | Mshot | MF52-N | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668030 |
| pLKO.1载体 | Addgene | -- | |
| pCMV-USP13质粒 | Sino Biological | HG10001-UT | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000015 | |
| 潮霉素B | Sigma | H0654 | |
| 抗USP13抗体 | Proteintech | 14617-1-AP | |
| pCMV-3×Flag载体 | Sigma | E7033 | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | #353097, #354248 |
| Matrigel基质胶 | Corning | #354230 | |
| ELISA | VEGFA ELISA试剂盒 | NeoBioscience | #EHC108 |
| RNA提取和RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | Solarbio | #R1200 |
| PrimeScript RT预混液 | Takara | #RR036A | |
| SYBR Green预混液 | Vazyme | #Q121-02-AA | |
| PCR仪 | Bio-Rad | T100 | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂 | Roche | 04906837001 | |
| BCA蛋白浓度测定 | Thermo Fisher Scientific | A55864 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 抗USP13抗体 | Abcam | ab109264 | |
| 抗PTEN抗体 | CST | 9552 | |
| 抗AKT抗体 | CST | 9272 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | CST | 4060 | |
| 抗VEGFA抗体 | Santa Cruz | sc-53463 | |
| 抗β-actin抗体 | Sigma | A5441 | |
| ECL底物 | Millipore | WBULS0100 | |
| PTEN去泛素化实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | J63250MCR |
| Flag磁珠 | MCE | HY-K0207 | |
| 动物实验 | SF1670 | MedChemExpress | HY-15842 |
| 细胞转染 | VEGFA siRNA | Thermo Fisher Scientific | 284703 |
| PTEN siRNA | Cell Signaling Technology | #6251 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(HCT116、HT29、HUVEC)的来源、培养基(DMEM、ECM)、血清浓度、抗生素浓度、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods 2.2 Cell Culture |
| 基因操作 | shRNA 靶序列、载体(pLKO.1)、过表达质粒(pCMV-USP13)、转染试剂(Lipofectamine 3000)和筛选条件(500 μg/mL 潮霉素B,7天) 阅读提示:Methods 2.4 Cell Transfection and shRNA |
| 条件培养基制备 | 细胞密度(1.0×10^6)、孵育时间(24小时)、收集方式(1500×g离心15分钟) 阅读提示:Methods 2.5 Conditioned Medium |
| 体外功能实验 | Transwell 实验中细胞数(1×10^3)、孵育时间(36小时)、Matrigel 浓度;管形成实验中细胞密度(1×10^4/孔)、培养时间(4小时) 阅读提示:Methods 2.6 Transwell Migration and Invasion Assays, 2.7 Tube Formation Assay |
| 分子机制实验 | Western blot 抗体信息、MG132 浓度(10 µM)和时间(6小时)、Co-IP 方法 阅读提示:Methods 2.10 Western-Blot, 2.11 PTEN Deubiquitylation In Vitro |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6周)、性别(雌性)、细胞数量(1×10^7)、注射方式、PTEN 抑制剂 SF1670 剂量(3 mg/kg)、频率(每两天一次)、实验周期(3周) 阅读提示:Methods 2.12 Animal Experiments In Vivo |