动物模型建立与分组处理
建立高脂饮食诱导的肥胖SD大鼠模型,评估RRTFB干预对体重和代谢指标的影响
10周龄雄性SD大鼠随机分为NC(标准饮食)、HFD(高脂饮食)、HFL(高脂饮食+0.75 mL/kg RRTFB)、HFH(高脂饮食+1.5 mL/kg RRTFB)四组,每日灌胃干预24周。
Flavonoids in Rosa roxburghii Tratt Fermentation Broth Ameliorate Obesity via DNMT3a/SIRT1-Mediated Epigenetic Modulation.
包含动物模型(高脂饮食诱导肥胖SD大鼠)、体外细胞模型(3T3-L1过表达DNMT3a)和分子实验(ChIP-qPCR、分子对接、SPR),并进行功能验证和机制验证。
高脂饮食诱导的肥胖SD大鼠模型 3T3-L1小鼠胚胎成纤维细胞(Dnmt3a过表达模型)
RRTFB剂量:高剂量1.5 mL/kg,低剂量0.75 mL/kg,口服灌胃,每日一次 HFD配方:59.8%普通饲料,20%蔗糖,18%猪油,0.2%胆盐,2%胆固醇 Dnmt3a过表达3T3-L1细胞构建:pCDH-CMV-MCS-EF1-mcherry-T2A-Puro载体,嘌呤霉素筛选72小时 ChIP-qPCR分析:SIRT1启动子引物序列及% Input计算方法 SPR结合实验:重组人DNMT3A蛋白(pH 4.0)固定化,fisetin浓度梯度注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立高脂饮食诱导的肥胖SD大鼠模型,评估RRTFB干预对体重和代谢指标的影响
10周龄雄性SD大鼠随机分为NC(标准饮食)、HFD(高脂饮食)、HFL(高脂饮食+0.75 mL/kg RRTFB)、HFH(高脂饮食+1.5 mL/kg RRTFB)四组,每日灌胃干预24周。
评估RRTFB对肥胖相关的体重、血脂、血糖、肝功能和组织病理的影响
测量体重、肝脏和脂肪组织重量、空腹血糖、血清TC、TG、HDL-C、LDL-C、ALT、AST,并进行肝脏、附睾脂肪和睾丸的HE染色。
检测RRTFB对附睾脂肪组织炎症和氧化应激状态的影响
通过ELISA和Western blot检测附睾脂肪中IL-6、TNF-α水平,通过分光光度法检测MDA、SOD、CAT、GSH-Px活性。
比较HFD和HFH组附睾脂肪的差异甲基化区域,并鉴定关键基因和通路
提取附睾脂肪DNA,进行RRBS测序(LC Sciences),使用MethylKit识别DMR,进行GO和KEGG富集分析,并通过Venn和蛋白质相互作用网络筛选关键基因。
验证SIRT1、TP53、BCL2等基因的mRNA和蛋白表达,并确认SIRT1启动子甲基化状态
采用RT-qPCR和WB检测SIRT1、TP53、BCL2表达,使用MSP和BSP验证SIRT1启动子甲基化水平。
检测RRTFB对SIRT1下游靶分子PPARγ、NF-κB和HIF1a的影响
通过免疫荧光双染、WB和RT-qPCR检测SIRT1、PPARγ、NF-κB和HIF1a的表达水平。
验证DNMT3a过表达是否抑制SIRT1表达,并检测DNMT3a与SIRT1启动子的结合
在3T3-L1细胞中过表达Dnmt3a,通过WB检测SIRT1水平,利用ChIP-qPCR检测DNMT3a与SIRT1启动子的结合。
鉴定RRTFB的主要活性成分,并验证其与DNMT3a的结合能力
利用液相色谱-质谱联用进行植物代谢组学分析,将含量最高的三种黄酮((−)-epicatechin、fisetin、morin)与DNMT3a进行分子对接,并通过SPR验证fisetin与DNMT3a的结合亲和力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物分组与干预 | 山王果健康产业有限公司 | Shanwanguo Health Industry Co. Ltd. | Lot No. 20211201 |
| 动物喂养 | 标准饲料 | Shuangshi Experimental Animal Feed Technology Co. Ltd. | -- |
| 动物麻醉 | 异氟烷 | RWD | Lot No. 20220101 |
| 生化检测 | 贝克曼库尔特AU5800全自动生化分析仪 | Beckman Coulter | -- |
| 总胆固醇 | Reebio Biotechnology Ltd. | 5020-717 | |
| 甘油三酯 | Reebio Biotechnology Ltd. | 5010-717 | |
| 低密度脂蛋白胆固醇 | Reebio Biotechnology Ltd. | 5040-717 | |
| 高密度脂蛋白胆固醇 | Reebio Biotechnology Ltd. | 5030-717 | |
| 天冬氨酸氨基转移酶 | Reebio Biotechnology Ltd. | 1050-717 | |
| 丙氨酸氨基转移酶 | Reebio Biotechnology Ltd. | 1051-717 | |
| 葡萄糖 | Reebio Biotechnology Ltd. | 4010-717 | |
| 组织病理 | 抗DNMT3a抗体 | Bioss | BS0497R |
| SIRT1抗体 | Proteintech | 13161-1-AP | |
| PPARγ抗体 | Proteintech | 16643-1-AP | |
| ELISA | 5-甲基胞嘧啶ELISA试剂盒 | Mlbio | ml077383 |
| DNA甲基转移酶ELISA试剂盒 | Mlbio | ml061280 | |
| 白细胞介素-6 ELISA试剂盒 | Neobioscience | ERC003.9 | |
| 肿瘤坏死因子-α ELISA试剂盒 | Neobioscience | ERC102a.9 | |
| 氧化应激检测 | 丙二醛检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | A003-1-2 |
| 过氧化氢酶检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | A007-1-1 | |
| 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | A001-3-2 | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | A005-1-2 | |
| Western blot | PVDF膜 | Merck | ISEQ00010 |
| TNF-α抗体 | Proteintech | 60291-1-Ig | |
| TP53抗体 | Proteintech | 60283-2-Ig | |
| HIF1a抗体 | Proteintech | 66730-1-Ig | |
| NF-κB抗体 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| IL6抗体 | Abmart | TD6087 | |
| BCL2抗体 | Abmart | T40056 | |
| ECL底物 | NCM | P10060 | |
| BioRad凝胶成像仪 | BioRad | -- | |
| β-肌动蛋白抗体 | Servicebio | ZB15001-HRP | |
| 甲基化测序 | LC Sciences | LC Sciences | -- |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Biotechnology | B610409 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047A | |
| SYBR Premium Ex Taq II | Takara | DRR820A | |
| Bio-Rad CFX96深孔 | BioRad | -- | |
| 细胞培养 | 3T3-L1细胞 | Pricella | -- |
| pCDH-CMV-MCS-EF1-mcherry-T2A-Puro载体 | IGE | A2523-1 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 植物代谢组学 | C-18柱 | Waters | -- |
| 安捷伦1290 Infinity液相色谱 | Agilent | -- | |
| AB Triple TOF 6600质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| 分子对接 | PyMOL软件 | DeLano Scientific LLC | -- |
| AutoDock 4.2软件 | The Scripps Research Institute | -- | |
| SPR | Biacore AB仪器 | GE Healthcare | -- |
| CM5传感芯片 | Cytiva | 29149603 | |
| 重组人DNMT3A蛋白 | Sino Biological | D353-380G | |
| 非瑟酮 | MCE | HY-N0182 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 | San Diego, CA, USA | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 动物品系、性别、年龄、初始体重、饲养环境、分组方法、RRTFB剂量(0.75 mL/kg和1.5 mL/kg)、灌胃途径、干预时长(24周)、高脂饲料配方 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 生化检测 | 采血方法、血浆分离条件(3000g 15min 4°C)、检测试剂盒品牌和货号、生化分析仪型号 阅读提示:Materials and Methods 2.2 |
| 组织病理 | 组织固定、包埋、切片厚度、HE染色方法、抗体品牌和货号、免疫组化/免疫荧光条件 阅读提示:Materials and Methods 2.3 |
| ELISA | 试剂盒品牌和货号、样本处理(组织裂解)、检测步骤、标准曲线 阅读提示:Materials and Methods 2.4 |
| 氧化应激检测 | 试剂盒品牌和货号、样本匀浆、检测波长、计算方法 阅读提示:Materials and Methods 2.5 |
| Western blot | 蛋白提取方法、SDS-PAGE浓度、转膜条件、抗体稀释比例、内参(β-Actin)、ECL显影 阅读提示:Materials and Methods 2.6 |
| DNA甲基化测序 | DNA提取方法、RRBS文库构建流程、测序平台(LC Sciences)、DMR鉴定参数(1000bp窗口、500bp重叠、p<0.05) 阅读提示:Materials and Methods 2.7 |
| RT-qPCR | RNA提取、逆转录试剂盒(PrimeScript RT)、SYBR试剂、引物序列(表1)、内参(β-Actin)、计算方法 阅读提示:Materials and Methods 2.9 |
| 细胞实验 | 3T3-L1细胞培养条件、转染试剂、病毒包装系统、嘌呤霉素筛选浓度和时间(72h) 阅读提示:Materials and Methods 2.10 |
| ChIP-qPCR | 细胞交联、染色质断裂、免疫沉淀条件、抗体(Dnmt3a)、引物序列、%Input计算方法 阅读提示:Materials and Methods 2.11 |
| 植物代谢组学 | 液相色谱条件(C-18柱、流速0.4mL/min、柱温40°C)、质谱参数(离子源气体、温度、电压)、数据分析方法 阅读提示:Materials and Methods 2.12 |
| 分子对接 | 蛋白结构(4QBR)、配体结构来源、软件(PyMOL、AutoDock 4.2)、对接参数 阅读提示:Materials and Methods 2.13 |
| SPR | 芯片型号(CM5)、蛋白固定化条件(pH 4.0)、分析物(fisetin)浓度、结合动力学分析 阅读提示:Materials and Methods 2.14 |