临床队列预后分析
评估EBVaICC与非EBVaICC患者接受抗PD1治疗的生存差异
回顾性分析2015年1月至2023年8月中山大学肿瘤防治中心转移性胆管癌患者,纳入22例EBVaICC和66例非EBVaICC接受抗PD1治疗的患者,比较总生存期和无进展生存期。
EBV enhances immunotherapy sensitivity in intrahepatic cholangiocarcinoma through cGAS-STING pathway activation.
包含临床队列预后分析、EBV阳性ICC细胞系建立与验证、体外功能实验(T细胞杀伤、趋化、激活)、机制验证(cGAS-STING通路)及体内成瘤实验。
RBE-EBV细胞系 HuH28-EBV细胞系 EBVaICC患者队列 NSG小鼠皮下移植瘤模型
EBV感染ICC细胞系建立方法:细胞间感染,Akata与ICC共培养6天,G418筛选 EBV再激活条件:TPA (20 ng/mL)和NaB (3 mM)处理0-48小时 患者队列:22例EBVaICC vs 66例非EBVaICC,均接受抗PD1治疗 T细胞杀伤实验效靶比:1:1,共培养24小时 血浆样本量:15对EBVaICC和非EBVaICC患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估EBVaICC与非EBVaICC患者接受抗PD1治疗的生存差异
回顾性分析2015年1月至2023年8月中山大学肿瘤防治中心转移性胆管癌患者,纳入22例EBVaICC和66例非EBVaICC接受抗PD1治疗的患者,比较总生存期和无进展生存期。
建立并验证EBV阳性ICC细胞系模型
使用EGFP-neo EBV感染的Akata细胞通过细胞间感染方法共培养RBE和HuH28细胞,G418筛选,验证EBV感染。
确认EBV在细胞系中的潜伏和裂解再激活模式
通过RT-qPCR检测EBV潜伏基因表达,使用TPA和NaB诱导裂解再激活,Western blot和流式细胞术检测裂解蛋白。
鉴定EBV感染对ICC细胞基因表达的影响
对EBV阳性和阴性细胞系进行RNA-seq,分析差异表达基因,富集分析免疫相关通路。
验证EBV激活cGAS-STING通路及其下游效应
检测cGAMP水平、p-STING、p-TBK1、MHC-I表达,以及下游基因IFNA、IFNB1、ISG15、IL6、CXCL10的表达,并检测细胞上清和患者血浆中CXCL10和IFN-γ水平。
评估EBV阳性ICC细胞对CD8+ T细胞功能的影响
进行T细胞杀伤实验、趋化实验和激活实验,检测CD8+ T细胞的细胞毒性、迁移和IFN-γ、Granzyme B表达。
评估EBV阳性ICC细胞在体内的肿瘤形成能力
将HuH28-EBV细胞皮下注射到NSG小鼠,监测肿瘤形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| EBV感染细胞筛选 | G418 | MP | -- |
| EBV裂解诱导 | TPA | -- | -- |
| 丁酸钠 | -- | -- | |
| EBER原位杂交 | EBER原位杂交试剂盒 | ZSGB-BIO | -- |
| EBV拷贝数检测 | DNA酶I | Thermo Scientific | -- |
| 蛋白酶K | TIANGEN | Cat#RT403-01 | |
| DNA提取试剂盒 | TIANGEN | cat#DP304-02 | |
| SuperReal预混液(探针) | TIANGEN | cat#FP206 | |
| RT-qPCR | TRIzol | Invitrogen | -- |
| 互补DNA合成试剂盒 | Vazyse | Cat# R333-01 | |
| SYBR Color qPCR预混液 | Vazyse | Cat# Q331-02 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | CWBIO | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | -- | |
| 抗ZEBRA抗体 | Santa Cruz | cat#sc-53904 | |
| 抗EA-D抗体 | Millipore | cat#MAB8186 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | cat#10494-1-AP | |
| 抗gp350抗体 | Sino Biological | cat#40373-T62 | |
| 抗EBNA1抗体 | Santa Cruz | cat#sc-81581 | |
| 抗LMP1抗体 | Abcam | cat#ab78113 | |
| 抗磷酸化STING抗体 | CST | cat#50907 | |
| 抗磷酸化TBK1抗体 | CST | cat#5483 | |
| 抗MHC-I抗体 | abcam | cat#ab70328 | |
| FDbio-Dura ECL化学发光试剂 | FDbio | Cat# FD8020 | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 免疫组化 | 抗CK7抗体 | ZSGB-BIO | cat# ZM-0071 |
| PBMC分离与磁珠分选 | Ficoll | Cytiva | cat#17544602 |
| CD8磁珠 | Miltenyi | cat#130-045-201 | |
| T细胞培养 | X-vivo培养基 | LONZA | -- |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| T细胞趋化实验 | Transwell小室 | Corning | Cat#353096 |
| cGAMP测定 | cGAMP试剂盒 | Invitrogen | cat# EIAGAMP |
| ELISA | IL-6 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC007.96 |
| CXCL10 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC157.96 | |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC102g.48 | |
| 流式细胞术 | 贝克曼库尔特FC500流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 共聚焦显微镜 | LSM880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| qPCR | Bio-Rad CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | EBVaICC患者数、非EBVaICC患者数、治疗线数、EBER检测方法 阅读提示:Methods: Patients and samples; Results: 第一段 |
| 细胞系建立 | Akata与ICC共培养比例、时间、G418浓度、筛选时间 阅读提示:Methods: Establishment of EBV-infected ICC cell lines |
| EBV裂解诱导 | TPA和NaB浓度、处理时间 阅读提示:Methods: EBV lytic induction |
| T细胞功能实验 | 效靶比、共培养时间、趋化时间、条件培养基处理时间 阅读提示:Methods: T cell cytotoxicity, chemotaxis, activation; Figure 6 legends |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞接种量、分组、终点标准 阅读提示:Methods: In vivo tumorigenesis assay |