患者角膜组织的单细胞转录组分析
描绘感染性角膜炎的免疫细胞景观并比较AK与非AK的差异。
对9名患者(AK、FK、BK各3例)的角膜组织进行scRNA-seq,鉴定细胞类型并比较各组比例。
Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion.
包含患者样本的scRNA-seq、免疫组化验证,以及体外和体内功能实验(趋化实验、治疗模型),并进行了机制验证。
人角膜组织(AK、FK、BK患者) C57BL/6小鼠感染性角膜炎模型 棘阿米巴T4基因型 小鼠中性粒细胞
患者角膜组织的scRNA-seq样本量(每组3例) 小鼠模型中的棘阿米巴接种剂量(1×10^4个) 融合蛋白的给药浓度(0.23 pg/μL) 治疗评估的时间点(1、3、5、7天) 髓过氧化物酶(MPO)免疫组化染色
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘感染性角膜炎的免疫细胞景观并比较AK与非AK的差异。
对9名患者(AK、FK、BK各3例)的角膜组织进行scRNA-seq,鉴定细胞类型并比较各组比例。
验证scRNA-seq发现的细胞类型差异,特别是中性粒细胞在AK中的减少。
对患者角膜组织进行MPO、CD4、CD8a、CD68免疫组化染色。
建立AK、BK、FK小鼠模型以验证趋化因子表达差异。
通过角膜基质内注射病原体建立模型,并评估临床评分和病原体载量。
从羊驼天然噬菌体展示文库中筛选高亲和力、特异性的抗棘阿米巴VHH抗体。
通过三轮淘选和噬菌体ELISA筛选阳性克隆,并通过序列比对和交叉反应性测试选择特异性克隆(Acab95)。
将CXCL1趋化因子与Acab95纳米抗体融合,实现靶向递送。
设计融合蛋白,在E. coli中表达并纯化,用SDS-PAGE验证。
评估融合蛋白与棘阿米巴的结合能力以及诱导中性粒细胞迁移的能力。
通过免疫荧光、流式细胞术检测结合,用Transwell和体内注射评估趋化。
检验融合蛋白治疗AK模型的效果。
在AK小鼠模型中注射融合蛋白、CXCL1或PBS,通过裂隙灯、IVCM、定量PCR和HE染色评估疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本保存 | 组织保存液 | Miltenyi | 130-100-008 |
| 单细胞悬液制备 | 红细胞裂解液 | BD Biosciences | 555899 |
| 细胞活性染色 | 7AAD | BD Biosciences | 559925 |
| 单细胞测序文库构建 | 单细胞3'文库和凝胶珠试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000121 |
| 免疫组织化学 | 抗人MPO抗体 | Proteintech | 22225-1-AP |
| 抗人CD4抗体 | Abcam | ab133616 | |
| 抗人CD8a抗体 | Abcam | ab237709 | |
| 抗人CD68抗体 | Abcam | ab213363 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab205718 | |
| ELISA | 小鼠CXCL1 ELISA试剂盒 | R&D Systems | MKC00B |
| 噬菌体文库扩增 | M13KO7辅助噬菌体 | BriSTAR Immunotech Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 蛋白质表达 | 卡那霉素 | Solarbio | K8020 |
| 噬菌体ELISA | 小鼠抗M13-HRP抗体 | SinoBiological | 11973-MM05T-H |
| 免疫荧光 | 抗His-CoraLite® Plus 488 | Proteintech | CL488-66005 |
| 流式细胞术 | 抗His-AF647抗体 | BioLegend | 652513 |
| 中性粒细胞分离 | EasySep™小鼠中性粒细胞富集试剂盒 | StemCell | 19762 |
| 趋化实验 | 小鼠CXCL1重组蛋白 | Novoprotein | P12850 |
| DNA提取 | QIAamp DNA小提试剂盒 | Qiagen | 51304 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 患者分组:AK、FK、BK各3例;样本处理:角膜组织在4小时内解离。 阅读提示:Methods: 患者纳入和数据收集、单细胞悬液制备、文库构建和测序 |
| 小鼠模型建立 | 棘阿米巴接种量:1×10^4个(1 μL);菌株:T4基因型;小鼠品系:C57BL/6。 阅读提示:Methods: 建立小鼠感染性角膜炎模型 |
| 抗体筛选 | 文库来源:羊驼天然噬菌体展示文库;筛选抗原:棘阿米巴T4;阳性标准:P/N > 2。 阅读提示:Methods: VHH抗体筛选 |
| 融合蛋白表达与纯化 | 表达载体:pET-SUMO;诱导剂浓度:1 mM IPTG;纯化方法:镍亲和层析和尺寸排阻色谱。 阅读提示:Methods: 表达和纯化VHH |
| 体内疗效评估 | 治疗剂量:0.23 pg/μL Acab95-CXCL1;给药方式:角膜基质内注射;评估时间点:1、3、5、7天。 阅读提示:Methods: 免疫治疗、定量PCR、HE染色 |