鉴定与vRNP相互作用的宿主蛋白
通过AP-MS筛选与vRNP相互作用的宿主蛋白,以发现潜在调控因子。
在293T细胞中共转染表达PB2、PB1、PA(或PB2-TAP)、NP和pPOLI-HA的质粒,构建HA vRNP,进行TAP纯化和LC-MS/MS分析,通过共免疫沉淀验证hnRNPM与vRNP的相互作用。
hnRNPM regulates influenza A virus replication through distinct mechanisms in human and avian cells: implications for cross-species transmission.
包含AP-MS、siRNA敲低、过表达回补、RNP重建系统、qPCR、引物延伸、Western blot等多种体外实验,并涉及人A549与禽DF-1细胞系,多层级验证机制。
A549细胞(人肺腺癌细胞系) DF-1细胞(鸡成纤维细胞系) 293T细胞(人胚肾细胞系) MDCK细胞(犬肾细胞系,用于病毒滴度测定)
使用siRNA敲低hnRNPM并验证敲低效率(RT-qPCR和Western blot)及细胞活力(CCK-8) 感染WSN、PR8、H9N2病毒,测定MOI、时间点(如24-72小时)和病毒滴度(蚀斑试验) RNP重建系统使用pHW2000质粒和Pol I驱动表达质粒,检测蛋白和mRNA水平 M和NS剪接比率通过RT-qPCR检测M2/M1、NS2/NS1比值
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过AP-MS筛选与vRNP相互作用的宿主蛋白,以发现潜在调控因子。
在293T细胞中共转染表达PB2、PB1、PA(或PB2-TAP)、NP和pPOLI-HA的质粒,构建HA vRNP,进行TAP纯化和LC-MS/MS分析,通过共免疫沉淀验证hnRNPM与vRNP的相互作用。
通过siRNA敲低和过表达回补实验,确定hnRNPM对IAV复制的作用。
在A549细胞中敲低人hnRNPM,感染WSN、PR8、H9N2病毒,检测病毒滴度和蛋白表达;在DF-1细胞敲低鸡hnRNPM,感染多种病毒,并过表达回补。
确定hnRNPM调控IAV复制的具体环节,是影响转录、剪接还是稳定性。
单轮感染实验,利用Western blot检测病毒蛋白,引物延伸和RT-qPCR分析mRNA/vRNA水平,检测mRNA降解率。
探究hnRNPM是否通过识别病毒基因的编码序列(ORF)特异性调控转录。
在RNP重建系统中使用嵌合vRNA,替换NCR或ORF,并引入同义突变,检测蛋白和mRNA表达。
比较人类和鸡hnRNPM对M2表达和病毒复制的影响,揭示物种特异性机制。
在DF-1细胞中过表达不同hnRNPM异构体,检测M2蛋白表达;在A549和DF-1细胞中过表达M2,测定病毒复制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 抗体检测 | 抗PB2抗体 | 实验室自制 | -- |
| 抗PB1抗体 | Genetex | GTX637313 | |
| 抗PA抗体 | Genetex | GTX125932 | |
| 抗HA1抗体 | Sino Biological | 11692-T62 | |
| 抗NP抗体 | Sigma-Aldrich | MAB8251 | |
| 抗M1抗体 | Genetex | GTX636677 | |
| 抗M2抗体 | Santa Cruz | sc-32238 | |
| 抗NS1抗体 | GeneTex | GTX125990 | |
| 抗hnRNPM抗体 | Origene | TA301557 | |
| 抗Flag标签抗体 | Vazyme | RA1003-01 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | TransGen | HC201 | |
| 抗TAP标签抗体 | Santa Cruz | sc-25768 | |
| 抗STAT1抗体 | Santa Cruz | sc-346 | |
| 抗IRF3抗体 | CST | 11904 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Abcam | ab76493 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Abclonal | AS003 | |
| 山羊抗兔IgG | Abclonal | AS014 | |
| 病毒滴度测定 | TPCK-胰蛋白酶 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | V900933 | |
| 低熔点琼脂糖 | Sigma | A9045 | |
| 甲醛 | Solarbio | P1110 | |
| 结晶紫 | Solarbio | C8470 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 |
| Lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 11836170001 | |
| 蛋白质印迹 | 硝酸纤维素膜 | PALL | 66485 |
| 增强化学发光检测试剂盒 | NCM Biotech | P10200 | |
| ChemiScope 6100成像系统 | CLINX | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596-018CN |
| cDNA合成 | 反转录cDNA合成试剂盒 | TSINGKE | TSK302M |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Thermo Fisher | A25742 |
| QuanStudio 7实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher | 4485701 | |
| 引物延伸 | SuperScript III反转录酶试剂盒 | Invitrogen | 18080044 |
| 免疫共沉淀 | Dynabeads Protein G磁珠 | Invitrogen | 10006D |
| 亲和纯化 | IgG琼脂糖凝胶 | Axygen | 17-0969-01 |
| TEV蛋白酶 | Invitrogen | 12575023 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒和细胞 | 病毒株来源和细胞类型(A549, DF-1, 293T, MDCK),培养条件(DMEM, 10%FBS, 37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods, Viruses and cells |
| siRNA敲低 | siRNA序列和浓度(3 nM或6 nM),转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX),敲低效率验证方法 阅读提示:Materials and Methods, RNA interference and DNA transfection |
| 病毒感染 | MOI(如WSN 0.001, 10等),感染时间点,病毒滴度测定方法(蚀斑试验),细胞类型 阅读提示:Materials and Methods, Plaque assay; Figure legends 2, 6 |
| 蛋白检测 | 所用抗体(品牌和货号),裂解液成分(RIPA),蛋白分离(SDS-PAGE),曝光条件 阅读提示:Materials and Methods, Western blot; Antibodies |
| RNA分析 | 引物序列(未列出),反转录试剂盒,qPCR内参,引物延伸分析条件 阅读提示:Materials and Methods, RT-qPCR; Primer extension analysis |
| RNP重建实验 | 质粒组合和浓度,转染试剂(Lipo8000),检测时间点(如24小时或36小时后感染) 阅读提示:Materials and Methods, Plasmids and transfection; Figure 5 legend |