角质蛋白筛选与HPV癌基因表达初步关联
鉴定哪些角质蛋白参与调控HPV16癌基因表达
在CaSki细胞中分别转染针对KRT6A, KRT14, KRT16, KRT9, KRT2, KRT10, KRT1, KRT78的siRNA,检测E6*I mRNA水平及TEAD1敲低的影响
Nuclear keratin 6A upregulates human papillomavirus oncogene expression through TEAD1 interaction.
研究包含体外细胞模型(CaSki、SiHa)、siRNA/shRNA敲低、挽救实验、ChIP、Co-IP等多种功能验证和机制验证。
CaSki细胞 SiHa细胞 HaCaT细胞 293FT细胞
HPV16阳性宫颈癌细胞系CaSki和SiHa K6A敲低方式:siRNA瞬时转染或shRNA慢病毒稳定转导 K6A挽救实验:shRNA抗性K6A逆转录病毒转导 TEAD1敲低:siRNA转染 K6A核定位信号(NLS)功能验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定哪些角质蛋白参与调控HPV16癌基因表达
在CaSki细胞中分别转染针对KRT6A, KRT14, KRT16, KRT9, KRT2, KRT10, KRT1, KRT78的siRNA,检测E6*I mRNA水平及TEAD1敲低的影响
验证K6A对HPV16 E7蛋白表达的调控作用及TEAD1依赖性
使用siRNA和shRNA敲低K6A,检测E7蛋白水平;在敲低细胞中恢复K6A表达,并随后敲低TEAD1,观察E7水平变化
评估K6A对宫颈癌细胞生长的影响
使用稳定表达shK6A的CaSki和SiHa细胞,通过CCK-8试剂盒检测细胞活力
确定K6A是否定位于细胞核并验证其NLS功能
分离CaSki细胞质和核组分,Western blot检测K6A分布;构建野生型或NLS缺失的HA-K6A,稳定转导SiHa细胞,分析核定位及对E7表达的影响
验证核K6A在体内是否结合HPV16 LCR及其对TEAD的依赖性
使用抗K6A抗体对CaSki细胞染色质进行免疫沉淀,qPCR定量LCR DNA,并在敲低TEAD1/3/4后检测结合变化
验证K6A与TEAD1及其转录共激活因子的物理相互作用
在293FT细胞中过表达FLAG-TEAD1和HA-K6A,进行Co-IP;在CaSki细胞中进行内源Co-IP(经benzonase处理),检测TEAD1、VGLL1、S100A9;荧光共定位实验确认核内相互作用
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 靶向KRT6A的siRNA | Horizon Discovery | M-012116-01 | |
| RT-qPCR | GAPDH引物 | -- | -- |
| 报告基因分析 | Dual-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | -- |
| Arvo MX发光检测仪 | PerkinElmer | -- | |
| Western blotting | 抗HPV16 E7抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-65711 |
| 抗K6A抗体 | Proteintech | 10590-1-AP | |
| 抗HA标签抗体 | Merck | 12013819001 | |
| 抗Lamin B1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6216 | |
| 抗FLAG抗体 | Proteintech | HRP-66008 | |
| 抗TEAD1抗体 | BD Transduction Laboratories | 610922 | |
| 抗VGLL1抗体 | Merck | HPA042403, HPA064616 | |
| 抗S100A9抗体 | Sino Biological | 11145-R018 | |
| 抗Ku70抗体 | GeneTex | GTX101820 | |
| 抗pan-TEAD抗体 | Cell Signaling Technology | D3F7L | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32293 | |
| 抗GAPDH抗体 | FUJIFILM Wako Pure Chemical | 015-25473 | |
| 质粒构建 | pLKO/shK6A载体 | Merck | TRCN0000084031 |
| pLVSIN-EF1α Pur慢病毒载体 | TaKaRa Bio | -- | |
| pFB-Neo逆转录病毒载体 | Agilent Technologies | -- | |
| pCMV-β载体 | TaKaRa Bio | -- | |
| pAsh-MCL载体 | MBL | -- | |
| phAG-MCL载体 | MBL | -- | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| G418遗传霉素 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞计数试剂盒 | Dojindo | -- |
| 细胞分级分离 | 核提取试剂盒 | Abcam | -- |
| ChIP | 抗K6A抗体 | Proteintech | 10590-1-AP |
| 正常兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729S | |
| RPL30引物 | Cell Signaling Technology | -- | |
| Co-IP | 抗HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP |
| 抗K6A抗体 | Proteintech | 10590-1-AP | |
| 正常兔IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc-2027 | |
| Fluoppi检测 | X-tremeGENE HP转染试剂 | Roche | -- |
| Hoechst 33342染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ZOE荧光细胞成像仪 | Bio-Rad | -- | |
| 数据分析 | Image Lab软件 | Bio-Rad Laboratories | -- |
| ImageJ软件 | -- | v1.54 g |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞培养基:DMEM;血清:10%胎牛血清;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Methods: Cell culture |
| siRNA敲低K6A | siRNA序列或目录号:siK6A (M-012116-01);转染试剂:Lipofectamine RNAiMAX;转染时间:2天 阅读提示:Methods: Small interfering RNA (siRNA) transfection |
| shRNA稳定敲低 | shRNA序列:pLKO/shK6A (TRCN0000084031);筛选抗生素:1 µg/ml嘌呤霉素;对照:pLKO空载体 阅读提示:Methods: Lentiviral and retroviral transduction |
| K6A挽救实验 | shRNA抗性K6A构建;逆转录病毒载体pFB-Neo;筛选条件:800 µg/ml G418 阅读提示:Methods: Plasmids; Lentiviral and retroviral transduction |
| LCR报告基因检测 | 报告质粒pGL3-P97;内参质粒phRG-TK;转染时间:6小时siRNA后,2天后测量 阅读提示:Methods: Luciferase reporter assay |
| ChIP检测K6A与LCR结合 | 抗体:抗K6A(Proteintech 10590-1-AP)和对照IgG;qPCR引物:HPV16 LCR和RPL30;TEAD敲低:siRNA混合 阅读提示:Methods: Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assay; Figure 5C |
| Co-IP和Fluoppi | 表达质粒:pCMV/TEAD1F和pCMV/K6AH;抗体:抗HA和抗K6A;benzonase处理;Fluoppi:AG/TEAD1和Ash/K6A 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation (Co-IP) assay; Fluorescent-based technology detecting protein-protein interaction (Fluoppi) assay |