结构预测与HS-AFM观察
确定amivantamab与EGFR和MET的结合位点及动态结合行为。
利用AlphaFold 3预测amivantamab及其与EGFR-ECD、MET-ECD复合物的结构;使用HS-AFM实时观察amivantamab单独、与EGFR-ECD、MET-ECD以及两者共同存在时的结合动态。
MET Enhances Amivantamab Binding to EGFR and Antibody-Dependent Cellular Toxicity.
包含体外生化结合实验(HS-AFM、凝胶过滤)、结构预测与柔性拟合、细胞功能验证(ADCC、CRISPR敲除),多层级证据支持结论。
人NSCLC细胞系(PC-9、HCC827、H1975等,含EGFR外显子19缺失或L858R突变) MET敲除NSCLC细胞系(PC-9 MET-KO、HCC827 MET-KO) 重组EGFR-ECD和MET-ECD蛋白(体外结合实验)
HS-AFM观察时使用的蛋白浓度(amivantamab 5 μg/mL,EGFR/MET ECD 5 μg/mL)及缓冲液(1 mM PBS) 凝胶过滤实验中各蛋白浓度(1000 nM)及孵育时间(30分钟) ADCC实验中效应细胞(人MNCs)与靶细胞比例(E:T = 20)及抗体浓度范围 MET敲除细胞系构建方法(CRISPR-Cas9)及MET表达缺失验证 ADCC活性与EGFR表达的相关性分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定amivantamab与EGFR和MET的结合位点及动态结合行为。
利用AlphaFold 3预测amivantamab及其与EGFR-ECD、MET-ECD复合物的结构;使用HS-AFM实时观察amivantamab单独、与EGFR-ECD、MET-ECD以及两者共同存在时的结合动态。
验证MET-ECD是否能增强amivantamab与EGFR-ECD的结合。
将amivantamab、EGFR-ECD、MET-ECD(各1000 nM)混合孵育后通过Superdex 200凝胶过滤,收集级分并用Western blot检测EGFR和MET。
评估amivantamab在EGFR突变NSCLC细胞系中的ADCC活性及其与EGFR/MET表达的关系。
使用流式细胞术和Western blot检测多种NSCLC细胞系的EGFR和MET表达;通过LDH释放实验检测amivantamab诱导的MNC介导的ADCC,并分析ADCC活性与EGFR或MET表达的相关性。
确证MET表达对amivantamab诱导ADCC的贡献。
使用CRISPR-Cas9在PC-9和HCC827细胞中敲除MET,比较亲本和敲除细胞在不同amivantamab浓度下的ADCC活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| HS-AFM观察 | USC-F1.2-k0.15探针 | NanoWorld | -- |
| 蛋白结合实验 | Amivantamab | Janssen Pharmaceuticals | -- |
| His标签重组人EGFR | Bio-Techne R&D Systems | 11302-ER | |
| 重组人MET | Sino Biological | 10692-H08H | |
| Western blot | 抗His标签抗体 | Cell Signaling Technology | #12698 |
| 人HGFR/c-MET抗体 | R&D Systems | MAB3582 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HS-AFM观察 | 蛋白浓度(amivantamab 5 μg/mL,EGFR/MET ECD 5 μg/mL),缓冲液(1 mM PBS),扫描速率(125-255 ms/帧) 阅读提示:Materials and Methods 2.1;Figure legends 1-4 |
| 凝胶过滤 | 蛋白浓度(各1000 nM),孵育时间(30分钟),缓冲液(PBS含0.01% Tween 20),凝胶柱(Superdex 200) 阅读提示:Materials and Methods 2.4;Figure 5 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(PC-9、HCC827等),EGFR突变类型(外显子19缺失、L858R),EGFR/MET表达水平 阅读提示:Materials and Methods 2.5;Figure 6A,B |
| ADCC实验 | 效应细胞(人MNCs),效靶比(E:T=20),amivantamab浓度(包括低浓度约1 ng/mL和高浓度≥10 ng/mL),共培养时间(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods 2.5;Figure 6E,F;Figure 7D,E |
| MET敲除 | 敲除方法(CRISPR-Cas9),靶细胞(PC-9、HCC827),敲除验证(Western blot、流式) 阅读提示:Materials and Methods 2.5;Figure 7A-C |