蛋白表达与纯化
获得NiV L-P复合物用于结构研究
在Sf9昆虫细胞中共表达NiV L(全长或截短)和P蛋白,通过Strep-Tactin和anti-FLAG亲和纯化及Superose 6凝胶过滤获得复合物。
Cryo-EM structures of Nipah virus polymerase complex reveal highly varied interactions between L and P proteins among paramyxoviruses.
包含冷冻电镜结构解析、基于迷你复制子的功能验证、突变分析及western blot验证,涉及体外蛋白表达纯化与细胞实验,证据层级完整。
BSR-T7/5细胞 Sf9昆虫细胞
NiV L-P复合物共表达系统(Sf9昆虫细胞,Bac-to-Bac表达系统) 迷你复制子系统(BSR-T7/5细胞,转染NiV mini-genome及L、P、NP质粒) 锌结合位点突变(C1236A/C1239A,C1428A/C1429A)对聚合酶活性的影响 L-P界面突变(如R600A,L642A/F644A/Q651A等)对聚合酶活性的影响 cryo-EM结构解析(分辨率2.3 Å和2.5 Å)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得NiV L-P复合物用于结构研究
在Sf9昆虫细胞中共表达NiV L(全长或截短)和P蛋白,通过Strep-Tactin和anti-FLAG亲和纯化及Superose 6凝胶过滤获得复合物。
解析NiV L-P复合物的三维结构并分析L-P相互作用
对纯化的NiV L1-1451-P和L-P复合物进行冷冻电镜数据采集和处理,通过cryoSPARC和RELION进行图像处理,构建原子模型并分析相互作用界面。
验证PRNTase结构域锌结合位点对聚合酶活性的必要性
对锌结合位点进行丙氨酸突变,通过迷你复制子实验检测聚合酶活性,并通过western blot检测蛋白表达。
考察L-P相互作用对聚合酶活性的影响
对L-P界面关键残基进行丙氨酸突变,通过迷你复制子实验和western blot评估突变对聚合酶活性和蛋白表达的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| G418 | MedChemExpress | HY-17561 | |
| SF-900 II无血清培养基 | Gibco | -- | |
| 蛋白表达与纯化 | PreScission蛋白酶 | -- | -- |
| Strep-Tactin树脂 | Cytiva | 29401324 | |
| d-脱硫生物素 | Sigma-Aldrich | D1411 | |
| 抗FLAG磁珠 | GenScript | L00432 | |
| FLAG肽 | GenScript | RP10586CN | |
| Superose 6 increase 10/300 GL凝胶过滤柱 | GE HealthCare | 29091596 | |
| 蛋白酶抑制剂(cOmplete,无EDTA) | Roche | 4693132001 | |
| 迷你复制子实验 | 海肾荧光素酶检测试剂 | Promega | E2820 |
| GloMax 96微孔板发光检测仪 | Promega | -- | |
| Western blot | 蛋白上样缓冲液(5x) | Solarbio | P1040 |
| 小鼠抗HA单克隆抗体 | Sino Biological | 100028-MM10 | |
| 兔多克隆血清(抗NiV P肽段) | GenScript | -- | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物试剂盒 | Thermo Scientific | 34580 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sino Biological | 100166-MM10 | |
| 冷冻电镜制样 | ANTcryo R1.2/1.3 金网300目 | -- | -- |
| 冷冻电镜数据采集 | Titan Krios电子显微镜 | Thermo Fisher | -- |
| Falcon4直接电子探测器 | Thermo Fisher | -- | |
| SelectrisX能滤器 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | BSR-T7/5细胞培养条件(DMEM+10% FBS+1%双抗+1 mg/mL G418,37°C,5% CO2);Sf9细胞培养条件(SF-900 II SFM) 阅读提示:Methods: Cells |
| 蛋白表达与纯化 | NiV L和P基因构建(pFast-DUAL载体,polH和p10启动子);共表达宿主(Sf9);纯化流程(Strep-Tactin、anti-FLAG、Superose 6);各步骤缓冲液成分 阅读提示:Methods: Protein expression and purification |
| 冷冻电镜 | 样品浓度(0.85 mg/mL)、缓冲液成分;网格类型、制备条件(glow-discharge, Vitrobot blotting);数据采集参数(显微镜、检测器、像素尺寸、总剂量) 阅读提示:Methods: Cryo-EM sample preparation and data collection |
| 迷你复制子实验 | 转染细胞系(BSR-T7/5)、质粒用量(mini-genome 2 μg,L 1 μg,P 0.5 μg,NP 1 μg)、转染时间(48小时)、检测方法(Gaussia荧光素酶) 阅读提示:Methods: NiV minigenome assay |
| 突变功能验证 | 突变位点(锌结合位点:C1236A/C1239A,C1428A/C1429A;L-P界面:R600A,L642A/F644A/Q651A等);蛋白表达检测(western blot抗体稀释度:抗HA 1:2000,抗P 1:2500,抗β-actin 1:2500) 阅读提示:Methods: NiV minigenome assay and Western blot |