网络药理学预测EA抗动脉粥样硬化靶点
预测EA作用于动脉粥样硬化的潜在靶点和信号通路。
使用Swiss Target Prediction和GeneCards数据库获取EA和动脉粥样硬化靶点,取交集得到80个关键靶点,通过STRING构建PPI网络,并利用DAVID进行GO和KEGG富集分析。
Ellagic Acid and Its Nanoparticles Mitigate Atherosclerosis by Elevating Low-Density Lipoprotein Receptor Levels Through Targeting of the Epidermal Growth Factor Receptor.
包含网络药理学预测、SPR和分子对接验证EA-EGFR结合、体外HepG2细胞功能与机制验证(LDLR表达、mRNA稳定性、EGFR-ERK通路及西妥昔单抗阻断),以及ApoE−/−小鼠体内药效验证,涵盖多个独立证据层级。
HepG2细胞 ApoE−/−小鼠
EA与EGFR结合的解离常数(Kd=4.33×10⁻⁷M)及结合能(-7.1 kcal/mol),通过SPR和分子对接验证 EA处理HepG2细胞的浓度(10、20、40 μM)和时间(3、6、9、12、24 h)对LDLR表达的影响 西妥昔单抗阻断EGFR后对EA诱导的LDLR上调及EGFR-ERK磷酸化的抑制效果 ApoE−/−小鼠分组(LFD、HFD、HFD+EA-NPs,n=7/组)及EA-NPs给药剂量(25 mg/kg,每日尾静脉注射,持续12周) EA-NPs的物理化学特性(粒径218.5 nm、PDI 0.342、Zeta电位-26.4 mV)及体外释放行为
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测EA作用于动脉粥样硬化的潜在靶点和信号通路。
使用Swiss Target Prediction和GeneCards数据库获取EA和动脉粥样硬化靶点,取交集得到80个关键靶点,通过STRING构建PPI网络,并利用DAVID进行GO和KEGG富集分析。
确认EA是否直接结合EGFR胞外域。
通过表面等离子体共振(SPR)分析EA与重组EGFR胞外域的亲和力(Kd=4.33×10⁻⁷M);通过AutoDock进行分子对接,预测结合能及相互作用残基。
测定EA对肝癌细胞系HepG2中LDLR蛋白和mRNA水平及其介导的LDL摄取功能的影响。
用不同浓度(10-40 μM)EA处理HepG2细胞,通过Western blot检测LDLR、p-EGFR和p-ERK水平,qPCR检测LDLR mRNA水平,Dil-LDL摄取实验评估功能。
开发EA的人血清白蛋白纳米制剂,以解决溶解度和生物利用度问题,并表征其理化性质。
采用自组装方法制备EA-NPs,通过TEM、SEM观察形态,利用粒度分析仪测定粒径、PDI和Zeta电位,HPLC测定包封率和载药量,SDS-PAGE分析蛋白结合,透析袋法测定体外释放。
验证EA-NPs是否保留游离EA的活性,即在HepG2细胞中激活EGFR-ERK通路并上调LDLR。
用EA和EA-NPs处理HepG2细胞,Western blot检测LDLR、p-EGFR和p-ERK,qPCR检测LDLR mRNA。
在体内验证EA-NPs通过EGFR-ERK通路减轻动脉粥样硬化的效果及机制。
高脂饮食喂养ApoE−/−小鼠,每日尾静脉注射EA-NPs(25 mg/kg)12周,随后分析主动脉斑块面积(油红O染色)、巨噬细胞(CD68)和VSMC(αSMA)浸润、胶原和弹性纤维含量、肝脏脂质积累及血脂水平;同时检测肝脏LDLR表达及EGFR/ERK磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 鞣花酸 | Yuanye Biotech | B21073 |
| 纳米颗粒制备 | 人血清白蛋白 | Solarbio | -- |
| 细胞活性检测 | MTT | Solarbio | -- |
| 纳米颗粒制备 | 二硫苏糖醇 | Solarbio | -- |
| LDL摄取实验 | Dil标记低密度脂蛋白 | Solarbio | -- |
| 脂质染色 | 油红O染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| qPCR | SYBR Green实时荧光定量PCR预混液 | Takara | -- |
| Western blot | LDLR抗体 | Huabio | ET1606 |
| EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 2085S | |
| 磷酸化EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 48576SF | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4696S | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-IG | |
| SPR分析 | 重组EGFR胞外域 | Sino Biological | 10001-H08H |
| 纳米颗粒表征 | JEM-2100高分辨透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| 马尔文激光散射粒度分析仪 | Malvern Instruments | -- | |
| 包封率和载药量测定 | 高效液相色谱系统 | Shimadzu | LC-2010 CHT |
| SDS-PAGE | 垂直凝胶电泳系统 | Bio-Rad | -- |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| MTT检测 | Synergy4多功能酶标仪 | BioTek | -- |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| SPR分析 | Biacore S200 | GE Healthcare | -- |
| CM5传感芯片 | GE Healthcare Biosciences | -- | |
| 分子对接 | AutoDock | -- | -- |
| 组织化学 | EVG-Verhoeff染色试剂盒 | Solarbio | G1597 |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学分析 | 筛选EA靶点的数据库(Swiss Target Prediction)及疾病靶点数据库(GeneCards)的检索参数和日期(2024年10月29日) 阅读提示:Methods 2.11 |
| EA与EGFR结合验证 | SPR分析中EA浓度(2, 1, 0.5, 0.2 μM)及EGFR固定化条件;分子对接的网格参数(中心坐标11.5, 20.5, 18.1;盒子尺寸50×50×50 Å,间距0.375 Å) 阅读提示:Methods 2.13、2.14,Figure 2 |
| 细胞实验 | HepG2细胞培养条件(DMEM高糖,10% FBS,1%青霉素-链霉素);EA处理浓度(10, 20, 40 μM)和时间(3, 6, 9, 12, 24 h);西妥昔单抗预处理浓度和时间(文中未明确说明浓度) 阅读提示:Methods 2.7、2.8、2.9、2.10,Figure 3、4 |
| EA-NPs制备与表征 | HSA和DTT的浓度及处理温度(40 mg HSA, 5 mM DTT, 40°C);EA/DMSO加入量(4 mg);超声功率和时间(300 W, 3 min);透析袋截留分子量(8 kDa) 阅读提示:Methods 2.2、2.4、2.5、2.6,Results 3.5 |
| 动物实验 | ApoE−/−小鼠周龄和性别(6周龄,雄性);饮食类型(LFD: HFHC; HFD: ASLF4);EA-NPs剂量(25 mg/kg/天)及给药途径(尾静脉注射);治疗时长(12周);每组动物数(n=7) 阅读提示:Methods 2.15,Figure 6 |
| 组织学检测 | 主动脉根部切片的厚度(5 μm);染色方法(油红O、H&E、EVG、免疫荧光);抗体稀释比(αSMA 1:200, CD68 1:200) 阅读提示:Methods 2.16、2.17、2.18 |
| 统计与数据分析 | 数据表示(均值±SEM);统计方法(非配对t检验、单因素方差分析);显著性水平(*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001) 阅读提示:Methods 2.19 |