hnRNPM功能验证
评估hnRNPM是否影响cGAS和RIG-I介导的I型干扰素诱导
在THP-1细胞中敲低hnRNPM,检测ISRE报告基因激活和IRF3磷酸化
RNA-binding proteins hnRNPM and ELAVL1 promote type-I interferon induction downstream of the nucleic acid sensors cGAS and RIG-I.
包含体外细胞系(THP-1、HEK293FT)和原代成纤维细胞模型,结合AP-MS、RNAi筛选、CRISPR-Cas9敲除、功能验证及患者样本验证,明确了机制通路。
THP-1细胞系 HEK293FT细胞系 原代人成纤维细胞(患者与健康供体)
THP-1细胞中hnRNPM和ELAVL1表达水平 cGAS和RIG-I刺激条件(如5'ppp-dsRNA、pDNA、G3-YSD浓度) IRF3磷酸化水平检测 ISRE和NF-κB报告基因激活 ELAVL1抑制剂MS-444的作用浓度(20μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估hnRNPM是否影响cGAS和RIG-I介导的I型干扰素诱导
在THP-1细胞中敲低hnRNPM,检测ISRE报告基因激活和IRF3磷酸化
鉴定hnRNPM的相互作用蛋白,寻找潜在功能伙伴
在THP-1细胞中表达hnRNPM-GFP,通过AP-MS鉴定相互作用蛋白,并进行RNAi筛选
验证ELAVL1在cGAS和RIG-I信号通路中的作用
敲低或敲除ELAVL1,检测ISRE和NF-κB报告基因激活、IFN和趋化因子表达、IRF3磷酸化。在ELAVL1敲除细胞中回补ELAVL1-FLAG进行挽救实验。
验证hnRNPM和ELAVL1与TBK1等信号分子的直接相互作用
通过共免疫沉淀和PLA检测hnRNPM/ELAVL1与TBK1、IKKε、IKKβ、NF-κB p65的相互作用
评估ELAVL1抑制剂MS-444对cGAS和RIG-I信号及患者细胞炎症的影响
用MS-444处理THP-1细胞和患者成纤维细胞,检测ISRE报告基因和CXCL10/TNFα分泌
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 基因敲除 | Alt-R S.p. Cas9核酸酶V3 | Integrated DNA Technologies | 1081058 |
| Neon转染系统10μL试剂盒 | Invitrogen | MPK1096 | |
| 检测 | 人CXCL10 ELISA试剂盒 | BD Biosciences | 550926 |
| 人TNFα ELISA试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| 蛋白质分析 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| GFP-Trap磁珠 | Chromotek | gtma-100 | |
| Anti-FLAG M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 | |
| 核糖核酸酶A | Thermo Fisher Scientific | EN0531 | |
| 信号刺激 | 5'三磷酸双链RNA | 本研究制备 | -- |
| G3-YSD(Y型DNA) | 本研究制备 | -- | |
| 质粒DNA(pBluescript) | -- | -- | |
| 2'3'-环鸟苷酸-腺苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacga23-1 | |
| Pam3CSK4 | InvivoGen | tlrl-pms | |
| TL8-506 | InvivoGen | tlrl-tl8506 | |
| 干扰素α(IFN-α2a) | Miltenyi Biotec | 130-093-874 | |
| 药物处理 | MS-444 | MedChemExpress | HY-100685 |
| 细胞活力检测 | 噻唑蓝四唑溴化物(MTT) | Sigma-Aldrich | M2128 |
| 细胞裂解 | cOmplete Mini EDTA-free蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 4693159001 |
| PhosSTOP磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 04906837001 | |
| RNA提取 | RLT缓冲液 | Qiagen | 79216 |
| RW1缓冲液 | Qiagen | 1053394 | |
| RNA洗涤缓冲液 | Zymo Research | R1003-3-24 | |
| ReadyMade随机六聚体 | Integrated DNA Technologies | 51-01-18-26 | |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1621 | |
| my-Budget 5x EvaGreen qPCR混合液II(ROX) | ROX | 80-5801000 | |
| RNA测序 | QuantSeq 3' mRNA-seq文库制备试剂盒FWD | Lexogen | 015.24 |
| 免疫荧光 | Hoechst 33342 | Invitrogen | H3570 |
| Triton X-100 | Carl Roth | 3051.4 | |
| PLA | Duolink原位红色检测试剂盒(小鼠/兔) | Sigma-Aldrich | DUO92101 |
| 抗体 | 抗β-肌动蛋白抗体 | Li-COR Biosciences | 926-42212 |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 9F3 | |
| 抗cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | D1D3G | |
| 抗ELAVL1抗体 | Cell Signaling Technology | D9W7E | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗GFP抗体 | Cell Signaling Technology | 4B10 | |
| 抗hnRNPM抗体 | Santa Cruz | 1D8 | |
| 抗hnRNPM M1-M4抗体 | Abcam | ab177957 | |
| 抗IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | L35A5 | |
| 抗IGF2BP2抗体 | Abcam | ab124930 | |
| 抗IKKα抗体 | Cell Signaling Technology | 3G12 | |
| 抗IKKβ抗体 | Cell Signaling Technology | D30C6 | |
| 抗IKKε抗体 | Cell Signaling Technology | 2905 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | D6I4C | |
| 抗MAVS抗体 | Cell Signaling Technology | 3993 | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | D14E12 | |
| 抗磷酸化IRF3 (Ser396)抗体 | Cell Signaling Technology | 4D4G | |
| 抗磷酸化NF-κB p65 (Ser536)抗体 | Cell Signaling Technology | 93H1 | |
| 抗磷酸化STAT1 (Tyr701)抗体 | Cell Signaling Technology | D4A7 | |
| 抗磷酸化STING (Ser366)抗体 | Cell Signaling Technology | E9A9K | |
| 抗磷酸化TBK1 (Ser172)抗体 | Cell Signaling Technology | D52C2 | |
| 抗RIG-I抗体 | Cell Signaling Technology | D14G6 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology | D2P2F | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | D1B4 | |
| 质谱分析 | Q-Exactive HF质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC 1200系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 显微镜 | Axio Vert.A1荧光显微镜 | Zeiss | -- |
| Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 测序 | HiSeq 1500测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和刺激 | 细胞系(THP-1、HEK293FT、原代成纤维细胞)、刺激条件(5'ppp-dsRNA 0.1μg/ml, pDNA 0.1-1μg/ml, G3-YSD 0.5μg/ml, 2'3'-cGAMP 10μg/ml, Pam3CSK4 0.5μg/ml, IFNα 1000或5000U/ml)、转染试剂Lipofectamine 2000用量(0.5μl/孔) 阅读提示:Methods: Cell culture, Cell stimulation |
| 基因敲除/敲低 | ELAVL1敲除克隆(#1-#3)、RIG-I KO(#1-2)、MAVS KO(#1-2)、cGAS KO(商业)、hnRNPM敲低使用shRNA(shhnRNPM.1, shhnRNPM.2)、ELAVL1敲低使用shRNA(shELAVL1.1, shELAVL1.2) 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9-mediated KO cell line generation, Lentiviral expression |
| 信号通路检测 | ISRE报告基因激活检测时间(20h)、NF-κB报告基因激活检测时间(20h)、pIRF3-Ser396检测时间(3h)、IFNB1/CXCL10/IFIT1 mRNA检测时间(6h) 阅读提示:Figure legends 1D, 4B-4I |
| 蛋白相互作用 | 共免疫沉淀使用GFP-Trap磁珠(12.5μl)或FLAG M2磁珠,RNase A处理浓度(100μg/ml)和时间(1.5h),PLA分析细胞类型(PMA分化THP-1)和抗体稀释 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation, PLA |
| 药物处理 | MS-444浓度(2-20μM,通常20μM)、预处理时间(2h或16h)、DMSO对照 阅读提示:Figure 6A-G, Methods: Cell stimulation |