鉴定Ago2/CAV1相互作用及其结构域
确定Ago2和CAV1是否直接结合,并定位相互作用的结构域
通过免疫共沉淀检测内源及外源Ago2和CAV1的相互作用;体外结合实验验证直接结合;构建一系列截短和突变体,鉴定CAV1的CSD和Ago2的CBM(氨基酸199-212)。
Ago2/CAV1 interaction potentiates metastasis via controlling Ago2 localization and miRNA action.
包含体外结合实验、细胞共定位与功能实验、动物模型(皮下和原位移植瘤)及患者样本分析等多层级验证,并有机制研究。
A549和HCC1806癌细胞系 BEAS-2B和HMLE正常上皮细胞系 A549Ago2-KO/HA-Ago2Wt和HA-Ago2∆细胞 SCID小鼠皮下和原位移植瘤模型 人类乳腺癌原发和转移配对样本
Ago2/CAV1相互作用依赖Ago2 K212正电荷,K212A突变破坏相互作用 P2肽(10 μM)或IAA(500 μM)处理阻断Ago2/CAV1相互作用 miR-3613-3p对SCAI的抑制作用依赖于Ago2/CAV1相互作用 动物实验中,IAA处理抑制A549和HCC1806移植瘤的生长和转移 人类转移性乳腺癌中Ago2/CAV1相互作用和质膜相关Ago2水平升高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Ago2和CAV1是否直接结合,并定位相互作用的结构域
通过免疫共沉淀检测内源及外源Ago2和CAV1的相互作用;体外结合实验验证直接结合;构建一系列截短和突变体,鉴定CAV1的CSD和Ago2的CBM(氨基酸199-212)。
检验Ago2/CAV1相互作用是否决定Ago2在癌细胞中的质膜关联分布
使用P2肽或CBM缺失突变体阻断相互作用,通过细胞组分分离、免疫荧光和脂筏分离检测Ago2在质膜、内体、ER等区域的分布变化。
确定Ago2/CAV1相互作用是否影响特定miRNA的表达及其对靶基因的抑制
在阻断相互作用的细胞中进行miRNA芯片分析,筛选差异miRNA;重点验证miR-3613-3p对SCAI mRNA和蛋白表达的调控,并使用模拟物和抑制剂进行功能实验。
检测Ago2/CAV1相互作用是否促进癌细胞的迁移、侵袭、干性和耐药性
阻断相互作用后,通过transwell迁移和侵袭实验、肿瘤球形成实验、失巢凋亡实验、药物敏感性实验(紫杉醇和吉非替尼)评估癌细胞恶性表型的变化。
在动物模型中验证Ago2/CAV1相互作用对肿瘤形成和转移的必要性
使用表达AID系统的A549和HCC1806细胞,通过IAA处理特异性降解全长Ago2,建立皮下和原位移植瘤模型,检查原发肿瘤生长、肺转移、淋巴结转移及循环肿瘤细胞归巢。
阐明癌细胞中Ago2 K212去乙酰化如何维持Ago2/CAV1相互作用
构建K212A和K212R突变体,检测其与CAV1的相互作用;使用去乙酰化酶抑制剂处理癌细胞,鉴定负责Ago2 K212去乙酰化的SIRT2,并评估该修饰对癌细胞行为的影响。
验证Ago2/CAV1相互作用和质膜定位与人类肿瘤进展和转移的相关性
使用人类乳腺癌原发和配对转移样本,通过免疫共沉淀和免疫荧光检测Ago2/CAV1相互作用和Ago2质膜定位;在乳腺和肺疾病组织芯片中分析Ago2定位与疾病阶段的关系。
研究Ago2/CAV1相互作用是否调控Ago2和miRNA通过EV释放,并作为循环生物标志物
从癌细胞培养基和血浆中分离EV,通过Western blot和qPCR检测EV中Ago2和miR-3613-3p水平;在肿瘤小鼠模型中验证循环EV miRNA水平;在乳腺癌患者血浆中检测EV miR-3613-3p与疾病分期的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| MEGM培养基 | Lonza | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 基因编辑 | LentiCRISPRv2载体 | Addgene | -- |
| 质粒构建 | KOD-Plus-突变试剂盒 | TOYOBO | SMK-101 |
| miRNA转染 | miR-3613-3p模拟物 | -- | -- |
| miR-6126模拟物 | -- | -- | |
| miR-3613-3p miRIDIAN™发夹抑制剂 | Dharmacon™ | SO-2759113G | |
| 脂质体2000 | Invitrogen | 11668019 | |
| RNA提取与qPCR | TRIzol®试剂 | Invitrogen | -- |
| iScript™逆转录超混液 | BioRad | 1708840 | |
| qSTAR miRNA qPCR检测系统 | OriGene Technologies | HP100042 | |
| SYBR® Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche Diagnostics | -- | |
| miRNA芯片 | GeneChip™ miRNA 4.0芯片 | Affymetrix | -- |
| 亚细胞分级 | 赛默飞世尔亚细胞蛋白分级试剂盒 | Thermo | 78840 |
| BioVision质膜蛋白提取试剂盒 | BioVision | K268-50/ab65400 | |
| Minute™质膜蛋白分离和细胞分级试剂盒 | Inventbiotech | SM-005 | |
| Minute™内体分离和细胞分级试剂盒 | Inventbiotech | ED-028 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A-琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 20421 |
| 体外结合实验 | TALON™金属亲和树脂 | Clontech | -- |
| Zeba™离心脱盐柱40MWCO | Thermo | 87766 | |
| 脂筏分析 | 小窝/脂筏分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞处理 | P2肽 | -- | -- |
| P2S肽 | -- | -- | |
| 吲哚-3-乙酸(IAA) | -- | -- | |
| Nexturastat A | -- | -- | |
| Sirtinol | -- | -- | |
| EX-527 | -- | -- | |
| 硫代肉豆蔻酰(TM) | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT | Merck | M5655 |
| 紫杉醇 | -- | -- | |
| 吉非替尼 | -- | -- | |
| 肿瘤球形成 | MammoCult™培养基 | STEMCELL Technologies | 05621 |
| MammoCult™增殖补充剂 | STEMCELL Technologies | 05622 | |
| 肝素 | STEMCELL Technologies | 07980 | |
| 氢化可的松 | Merck | H0888 | |
| 甲基纤维素 | Merck | M7027 | |
| 迁移和侵袭 | Falcon细胞培养小室 | BD Biosciences | 353097 |
| Biocoat Matrigel小室 | BD Biosciences | 40480 | |
| 免疫荧光 | Hoechst 33258 | Merck | 14530 |
| ProLong® Gold抗淬灭封片剂 | Thermo | P10144 | |
| 霍乱毒素B亚基-647 | Invitrogen | C34778 | |
| 霍乱毒素B亚基-594 | Invitrogen | C34777 | |
| EV分离 | OptiPrep™ | -- | -- |
| EV检测 | NS300系统 | NanoSight | -- |
| DNA提取 | DNeasy组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| 动物实验 | D-荧光素 | -- | -- |
| 抗体 | 抗Ago2抗体 | Cell Signaling Technology | 2897 |
| 抗CAV1抗体 | Cell Signaling Technology | 3267 | |
| 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗乙酰化赖氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9441 | |
| 抗GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Ago2/CAV1相互作用检测 | 免疫共沉淀条件:细胞裂解液中的蛋白量(500 μg),抗体稀释度(1:100),裂解缓冲液成分(PBS含0.5% Nonidet P-40、5% BSA和蛋白酶抑制剂) 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation |
| Ago2/CAV1相互作用阻断 | P2肽浓度(10 μM)和处理时间(2天);AID系统中IAA浓度(500 μM) 阅读提示:Methods: miRNA mimic and inhibitor; Figure EV3 |
| 亚细胞分级 | 使用的分级试剂盒类型,如Thermo Scientific Subcellular Protein Fractionation Kit (cat. 78840) 或 BioVision Plasma Membrane Protein Extraction Kit (cat. K268-50) 等 阅读提示:Methods: Cell fractionation |
| miRNA功能验证 | miR-3613-3p mimic转染浓度(25 pmol)、转染试剂(Lipofectamine 2000);qPCR内参(U6、GAPDH) 阅读提示:Methods: RNA preparation and qPCR analysis of miRNA and mRNA |
| 细胞功能实验 | 迁移/侵袭实验细胞数(A549 5×10^4或1×10^5;HCC1806 8×10^5或5×10^5),小室孔径(8 μm),处理时间(24 h);肿瘤球实验细胞数(A549 300-500,HCC1806 1000-2000),培养时间(2周) 阅读提示:Methods: Cell migration and invasion assays; Tumorsphere formation |
| 动物实验 | 小鼠品系(NOD.CB17-Prkdcscid/JNarl),周龄(6周),细胞注射数量和途径(皮下、原位、尾静脉),IAA或PBS给药方案(剂量和频率),肿瘤监测时间点 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure legends of Fig. 5 and 7 |
| EV分离与分析 | 超速离心条件(110,000×g,60 min用于培养上清;120 min用于血浆),密度梯度离心条件(碘克沙醇梯度,200,000×g,8 h),EV定量方法(NTA) 阅读提示:Methods: EV isolation, EV purification using a density gradient, Nanoparticle tracking analysis |
| 人类样本分析 | 组织微阵列来源(US Biomax),免疫荧光抗体(Ago2 Abnova H00027161-M01,Cytokeratin 8/18 Agilent M3652),图像定量方法 阅读提示:Methods: Tissue preparation and immunofluorescence from tissue sections |