计算筛选frTet引入位点
识别4D5scFv上适合进行位点特异性偶联的候选位点,以最大程度减少对结构的影响。
使用ColabFold预测4D5scFv结构,通过SASA计算筛选高溶剂可及性残基,并用PyRosetta进行点突变(Y、W)能量评分,排除CDR和结构化区域。
Enhanced therapeutic potential of antibody fragment via IEDDA-mediated site-specific albumin conjugation.
包含计算筛选、蛋白表达纯化、体外结合验证、体内药代动力学实验等多层级验证。
4D5scFv及其frTet变体 BALB/c小鼠
4D5scFv中frTet引入位点(S122、G125、S127、P177、G178) TCO-PEG4-MAL与HSA的偶联效率(约27%) 4D5scFv-frTet变体与TCO-HSA的摩尔比(1:4) ELISA检测中4D5scFv和4D5scFv-HSA的浓度范围(250nM至0.005nM) 小鼠药代动力学给药剂量(2.5μM,200μL,尾静脉注射)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别4D5scFv上适合进行位点特异性偶联的候选位点,以最大程度减少对结构的影响。
使用ColabFold预测4D5scFv结构,通过SASA计算筛选高溶剂可及性残基,并用PyRosetta进行点突变(Y、W)能量评分,排除CDR和结构化区域。
获得纯化的4D5scFv和5种frTet变体。
将pBAD_4D5scFv_Amb质粒和pDule_C11RS质粒导入C321delA.exp大肠杆菌,在2xYT培养基中加入终浓度1mM frTet诱导表达,经Ni-NTA亲和层析纯化。
通过IEDDA反应将HSA位点特异性偶联到4D5scFv的frTet位点。
首先用TCO-PEG4-MAL通过硫醇-马来酰亚胺反应修饰HSA(Cys34),然后纯化的4D5scFv-frTet变体与TCO-HSA反应,通过阴离子交换和金属亲和层析纯化偶联物。
评估HSA偶联对4D5scFv抗原结合能力的影响。
通过ELISA检测4D5scFv-WT和4D5scFv-HSA偶联物与HER2的结合,计算EC50值。
评估HSA偶联对血清半衰期的影响。
将4D5scFv-WT或4D5scFv-HSA偶联物通过尾静脉注射给BALB/c小鼠,在不同时间点采集血液,用ELISA测定血清浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白表达 | 大肠杆菌TOP10感受态细胞 | Invitrogen | C404010 |
| frTet | WuXi Apptech | -- | |
| 胰蛋白胨 | BD Biosciences | #211705 | |
| 酵母提取物 | BD Biosciences | #212750 | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA琼脂糖树脂 | Qiagen | #30210 |
| PD-10脱盐柱 | Cytiva | #GE17-0851-01 | |
| Superdex 200 10/300 GL Increase 色谱柱 | Cytiva | -- | |
| MALDI-TOF分析 | 钢靶板 | Bruker | #8280781 |
| 蛋白质标准品II | Bruker | #8207234 | |
| ELISA | 免疫板 | SPL Life Sciences | #32396 |
| 重组人HER2蛋白 | Sino Biological | #10004-HCCH | |
| 吐温-20 | Bio-Rad | #1610781 | |
| 脱脂牛奶 | BioShop | #SKI400 | |
| HRP标记的抗兔IgG抗体 | Cell Signaling Technology | #7074 | |
| 蛋白表达 | L-(+)阿拉伯糖 | Thermo Fisher Scientific | #A11921 |
| 蛋白纯化 | 一次性聚丙烯层析柱 | Thermo Fisher Scientific | #29924 |
| Zeba Spin脱盐柱 | Thermo Fisher Scientific | #89882 | |
| 偶联反应 | TCO-Cy3 | AAT Bioquest | -- |
| TCO-PEG4-马来酰亚胺 | FutureChem | -- | |
| 蛋白纯化 | Vivaspin 6离心浓缩管 | Sartorius | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白表达与纯化 | 宿主菌:C321delA.exp大肠杆菌;诱导剂浓度(1mM frTet);诱导温度(23°C);诱导时间(24h);缓冲液组成;纯化方法(Ni-NTA) 阅读提示:Materials and methods, Expression and purification of 4D5scFv and 4D5scFv-frTet variants |
| 位点特异性偶联 | TCO-PEG4-MAL与HSA的摩尔比(1:4)和反应时间;4D5scFv-frTet与TCO-HSA的摩尔比(1:4)、反应温度和时间(4°C过夜);HSA的游离硫醇含量(约44%) 阅读提示:Materials and methods, Site-specific albumin conjugation to 4D5scFv-frTet variants via IEDDA reaction |
| 体外结合检测 | 包被HER2浓度(50 ng/100μL);样品浓度范围(250nM至0.005nM,4倍稀释);抗体稀释比例;检测波长(450nm);重复数(n=3) 阅读提示:Materials and methods, Anti-HER2 ELISA of 4D5scFv-WT and 4D5scFv-HSA conjugates |
| 体内药代动力学 | 小鼠品系(BALB/c),年龄性别(8周龄雌性),样本量(n=5);给药剂量(2.5μM,200μL);给药途径(尾静脉注射);采血时间点;血清分离条件 阅读提示:Materials and methods, Pharmacokinetic study of 4D5scFv-WT and 4D5scFv-HSA conjugates in vivo |