诱导自噬并检测SH3PXD2A表达
验证饥饿或MTOR抑制是否调节SH3PXD2A表达。
用HBSS或RAD001处理卵巢癌细胞系,通过western blot检测SH3PXD2A、LC3B、p-MTOR等蛋白水平。用MHY1485处理验证MTOR激活的阻断作用。用phos-tag凝胶检测SH3PXD2A磷酸化。
Starvation-inactivated MTOR triggers cell migration via a ULK1-SH3PXD2A/TKS5-MMP14 pathway in ovarian carcinoma.
包含细胞水平(体外激酶、迁移、脂质结合)、PDX动物模型、临床样本和TCGA数据库分析等多层级证据,并进行了功能验证(siRNA、突变体)和机制验证(磷酸化位点鉴定)。
卵巢癌细胞系(ES2、SKOV3、Kuramochi) PDX小鼠模型 临床卵巢癌和子宫内膜癌组织样本 TCGA卵巢癌数据队列
HBSS处理时间(30分钟)和浓度(1 μM RAD001、1 μM MHY1485) ULK1和SH3PXD2A的siRNA敲低效率 SH3PXD2A六个磷酸化位点(S112A等)突变体 PDX模型中RAD001给药方案(2.5 mg/kg,每周两次,共四周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证饥饿或MTOR抑制是否调节SH3PXD2A表达。
用HBSS或RAD001处理卵巢癌细胞系,通过western blot检测SH3PXD2A、LC3B、p-MTOR等蛋白水平。用MHY1485处理验证MTOR激活的阻断作用。用phos-tag凝胶检测SH3PXD2A磷酸化。
确定ULK1和SH3PXD2A是否在物理上相互作用及作用结构域。
通过免疫共沉淀、免疫荧光共定位分析内源相互作用。通过表达截短突变体,用pull-down鉴定结合结构域。
确定ULK1介导的SH3PXD2A磷酸化位点及其功能重要性。
体外激酶实验、质谱分析鉴定磷酸化位点。用点突变体验证对磷酸化和蛋白诱导的影响。
验证ULK1磷酸化是否通过泛素-蛋白酶体途径影响SH3PXD2A稳定性。
用CHX处理检测蛋白半衰期,用MG132处理后免疫沉淀检测泛素化水平。
验证ULK1和SH3PXD2A及磷酸化位点对卵巢癌细胞迁移的功能重要性。
用siRNA敲低ULK1或SH3PXD2A,或用SH3PXD2A-6A突变体过表达,通过划痕实验和Transwell迁移实验评估迁移能力。
验证SH3PXD2A磷酸化对其与细胞膜磷脂结合及MMP14相互作用和活性的作用。
用PIP阵列检测与PtdIns3P的结合。用免疫沉淀检测与MMP14的相互作用,用明胶酶谱法检测MMP14活性。
验证RAD001在体内诱导SH3PXD2A表达,并分析其与临床病理特征和预后的关系。
PDX小鼠模型给予RAD001,通过western blot和免疫组化检测SH3PXD2A。临床样本中通过western blot检测蛋白表达。TCGA数据库分析SH3PXD2A表达与生存期的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | ThermoFisher Scientific | 11320033 |
| RPMI培养基 | ThermoFisher Scientific | 11875119 | |
| 青霉素和链霉素 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | RAD001(依维莫司) | MedChemExpress | HY-10218 |
| MHY1485 | MedChemExpress | HY-B0795 | |
| MG132 | Santa Cruz Biotechnology | sc-201270 | |
| DNA构建 | pNTAP载体 | Agilent Technologies | 240101 |
| pCMV-3×Flag载体 | Agilent Technologies | 240203 | |
| pFN21A载体 | Promega | G2821 | |
| In-Fusion HD克隆试剂盒 | Clontech | 638951 | |
| Q5定点突变试剂盒 | New England Biolabs | E0554S | |
| 转染 | 脂质体RNAiMAX转染试剂 | ThermoFisher Scientific | 13778150 |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus | 101000046 | |
| GenJet转染试剂 | SignaGen Laboratories | SL100489 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T6878 | |
| IGEPAL-CA630 | Sigma-Aldrich | 18896 | |
| 十二烷基硫酸钠 | Sigma-Aldrich | 75746 | |
| 脱氧胆酸盐 | Sigma-Aldrich | D6750 | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Bionovas Biotechnology | FC00700001 | |
| Western blot | SH3PXD2A抗体 | Cell Signaling Technology | 16619 |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 3868 | |
| MTOR抗体 | Epitomics | 1612–1 | |
| 磷酸化MTOR (Ser2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| ULK1抗体 | Cell Signaling Technology | 8054 | |
| 磷酸化ULK1 (Ser757)抗体 | Cell Signaling Technology | 14202 | |
| MMP14抗体 | ABclonal biotechnology | A2549 | |
| CBP标签抗体 | Millipore | 05–932 | |
| Halo标签抗体 | Promega | G921A | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32233 | |
| ACTB抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| TUBA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32293 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 蛋白纯化 | Halo标签蛋白纯化系统 | Promega | -- |
| 二硫苏糖醇 | ThermoFisher Scientific | Y00147 | |
| HaloLink树脂 | Promega | G1912 | |
| HaloTEV酶 | Promega | G6601 | |
| 体外激酶实验 | ULK1激酶 | SignalChem | U01-11G |
| 激酶缓冲液1 | SignalChem | K01-09 | |
| 抗磷酸化丝氨酸/苏氨酸抗体 | Millipore | AB1603 | |
| 磷酸化蛋白检测 | Phos-tag凝胶 | FUJIFILM Wako Chemicals | 198–17981 |
| 脂质结合分析 | 磷脂酰肌醇磷酸酯阵列 | Echelon Biosciences | P-6100 |
| 免疫沉淀 | M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 |
| 链霉亲和素磁珠 | ThermoFisher Scientific | SA10004 | |
| 抗体-蛋白A/G磁珠 | ThermoFisher Scientific | 10003D | |
| Transwell迁移实验 | 趋化小室(8 μm孔径) | Corning | CLS3422 |
| 划痕实验 | 两孔迁移插件 | ibidi | 81176 |
| 免疫组织化学 | SH3PXD2A抗体 | Proteintech | 18976-1-AP |
| Leica Bond-MAX染色机 | Leica Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | A11001 |
| Alexa Fluor 549荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | A11010 | |
| Leica TCS SP2共聚焦激光扫描显微镜 | Leica Microsystems GmbH | -- | |
| 明胶酶谱法 | 考马斯亮蓝R-250 | Bio-Rad | 1610436 |
| 自噬检测 | 自噬检测试剂盒 | Abcam | ab139484 |
| 流式分析 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 质谱分析 | Q Exactive HF质谱仪 | Thermo Fisher | -- |
| UltiMate 3000 RSLCnano系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Sep-Pak C18柱 | Waters Associates | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、RAD001浓度(1 μM)和处理时间(24小时)、MHY1485浓度(1 μM)、CHX浓度(10 μg/mL)、MG132浓度(5 μM) 阅读提示:Materials and methods中的Culture and treatment of cell lines |
| DNA构建与转染 | 载体信息、插入片段、诱变引物、转染试剂、转染时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods中的DNA construction和Transfection of small interfering (si) RNA and DNA |
| 蛋白相互作用分析 | 抗体信息、裂解缓冲液、免疫沉淀条件 阅读提示:Materials and methods中的Immunoprecipitation |
| 磷酸化位点鉴定 | 激酶用量、ATP浓度、反应时间和温度、质谱参数 阅读提示:Materials and methods中的Protein purification and in vitro kinase assay和Tandem mass spectrometry-based protein identification |
| 细胞迁移实验 | 细胞数量、处理时间(24小时)、划痕宽度、Transwell孔径 阅读提示:Materials and methods中的Transwell migration assay和Wound closure assay |
| 体内实验 | PDX模型建立、RAD001给药剂量(2.5 mg/kg)、频率(每周两次)和持续时间(四周) 阅读提示:Materials and methods中的Patient-derived xenograft (PDX) model |
| 临床样本分析 | 临床样本来源、伦理审批、蛋白提取方法、抗体、TCGA数据库版本和样本量 阅读提示:Materials and methods中的Collection of human ovarian and endometrial cancer specimens和Data analysis |