脂质组学分析SM种类变化
确定ASMko与wt小鼠脑和神经元中SM种类的差异积累。
通过LC/MS分析4.5月龄wt和ASMko小鼠皮层、小脑及培养皮层神经元中的SM种类和总量。
Sphingomyelin 16:0 is a therapeutic target for neuronal death in acid sphingomyelinase deficiency.
包含细胞实验(原代神经元培养、脂质处理、shRNA沉默)和体内实验(AAV9脑内注射),并进行了脂质组学、免疫组化、功能验证(MTT、TUNEL、ROS)及机制验证(溶酶体靶向)。
ASM敲除(ASMko)小鼠 原代皮层神经元培养(wt和ASMko)
SM16:0的处理浓度(40 μM)及时间(48小时) CerS5基因沉默方式(shRNA腺病毒体外、AAV9体内) 脂质分析(LC/MS)方法及内标(SM17:0) 动物模型(ASMko小鼠,4.5月龄)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定ASMko与wt小鼠脑和神经元中SM种类的差异积累。
通过LC/MS分析4.5月龄wt和ASMko小鼠皮层、小脑及培养皮层神经元中的SM种类和总量。
评估不同SM种类对wt和ASMko神经元毒性及溶酶体功能的影响。
用SMb、SM16:0、SM18:0、SM24:1(40μM)处理培养神经元48小时,检测SM积累、溶酶体通透性、胞吐、ROS水平和细胞活力。
确定SM16:0在神经元内的靶向细胞器。
使用炔基标记的pSM16:0(40μM)处理wt神经元,通过点击化学和免疫细胞化学,与各种细胞器标记物共定位分析。
检测SM合成和分解酶在ASMko脑中的基因表达变化。
通过qPCR分析wt和ASMko小鼠皮层和小脑中CerS1-6、SMS1-2、Smases2-4的mRNA水平。
验证CerS5沉默对ASMko神经元表型的影响。
用shRNA-CerS5腺病毒感染ASMko培养神经元,检测CerS5水平、SM16:0、溶酶体参数和氧化应激的变化。
评估AAV9介导的CerS5沉默对ASMko小鼠小脑病理的影响。
向ASMko小鼠小脑注射AAV9-shRNA-CerS5或scramble,7周后分析小脑中的CerS5、SM16:0、浦肯野细胞数量、溶酶体大小、胶质细胞活化。
评估血浆中SM16:0水平是否能反映脑内SM16:0变化,作为生物标志物。
通过LC/MS分析wt和ASMko小鼠血浆、脑、肝中的SM种类,进行相关性分析和PCA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 神经基础培养基 | Gibco | -- |
| B27补充剂 | Gibco | -- | |
| GlutaMAX | Gibco | -- | |
| 脂质处理 | 鞘磷脂(牛脑) | Santa Cruz | sc-201381 |
| 鞘磷脂16:0 | Merck | 860584 P | |
| 鞘磷脂18:0 | Merck | 860586 P | |
| 鞘磷脂24:1 | Merck | 860593 P | |
| 溶血鞘磷脂 | Merck | 860600 P | |
| 药物处理 | 地昔帕明 | Merck | D3900 |
| GW4869 | Cayman Chemicals | 13127 | |
| 脂质分析 | 岛津20AD高效液相色谱系统 | Shimadzu | -- |
| 6500QTRAP+质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| Acquity超高效液相色谱系统 | Waters | -- | |
| LCT Premier XE | Waters | -- | |
| 酶学测定 | 鞘磷脂酶C | Merck | S9396 |
| 酸性鞘磷脂酶 | Sino Biological | 50749-M08B | |
| ROS检测 | 二氢罗丹明123 | Molecular Probes | -- |
| 细胞活力检测 | MTT(噻唑蓝) | Sigma | -- |
| 凋亡检测 | DeadEnd荧光TUNEL系统 | Promega | G3250 |
| 共定位分析 | 炔基鞘磷脂16:0 | Merck | 860711 P |
| 点击化学 | 磺基-Cy3-叠氮化物 | Jena Biosciences | CLK-AZ119-1 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Ambion/RNA Life Technologies Co. | -- |
| RevertAid H Minus第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| GoTaq qPCR预混液 | Promega | -- | |
| ABI PRISM 7900HT序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫组化/免疫细胞化学 | DAPI | Merck | -- |
| ProLong Gold抗淬灭剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 显微镜检查 | 激光共聚焦显微镜LSM710 | Zeiss | -- |
| 组织切片 | 冷冻切片机(CM 1950 Ag Protect) | Leica | -- |
| 组织包埋 | Tissue-Tek O.C.T.包埋剂 | Sakura Finetek | -- |
| 蛋白质印迹 | β-肌动蛋白抗体 | Merck | #A5441 |
| 免疫组化/免疫细胞化学 | 钙结合蛋白抗体 | Swant | #300 |
| 组织蛋白酶B抗体 | R&D Systems | #AF965 | |
| 蛋白质印迹 | 神经酰胺合酶5抗体 | Invitrogen | #PA5-20569 |
| 神经酰胺合酶6抗体 | Santa Cruz | #sc100554 | |
| 免疫组化/免疫细胞化学 | EEA1抗体 | R&D Systems | #MAB8047 |
| F4/80抗体 | Abcam | #ab6640 | |
| 蛋白质印迹 | GAPDH抗体 | Abcam | #ab8245 |
| 免疫组化/免疫细胞化学 | GFAP抗体 | Merck | #MAB3402 |
| GM130抗体 | BD | #610823 | |
| Iba1抗体 | Wako | #019-19741 | |
| LAMP1抗体 | DSHB | #1D4B | |
| LSDP5抗体 | Abcam | #ab222811 | |
| MAP2抗体 | Biolegend | #822501 | |
| PSD95抗体 | Neuromab | #75-028 | |
| TOM20抗体 | Santa Cruz | #sc-11415 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SM16:0处理神经元实验 | SM16:0浓度(40μM)、处理时间(48h)、溶剂(乙醇)比例(<1%)、神经元培养天数(DIV12) 阅读提示:Methods: In vitro treatments; Figure legends 2 |
| CerS5基因沉默体外实验 | 腺病毒MOI(20)、感染时间(24h)、感染时间点(6DIV) 阅读提示:Methods: Adenoviral infection in vitro |
| CerS5基因沉默体内实验 | AAV9注射体积(2μl)、滴度(5×10^12 VG/ml)、注射速率(0.2μl/min)、注射位点(小脑深部核团,坐标)、小鼠周龄(8周)、分析时间(7周后) 阅读提示:Methods: AAV9 infection in vivo; Figure legends 6 |
| SM种类定量分析 | 样本量(n=5-8)、内标(SM17:0)、LC/MS方法、归一化方法(nmol/mg protein) 阅读提示:Methods: Quantification of SM species; Figure legends 1 |