检测S1g-2和S1对自噬的差异影响
探究Hsp70-Bim和Bcl-2-Bim PPI干扰剂对不同应激条件下自噬的调节作用。
用H2O2、VP-16或HBSS处理HEK293T细胞,并在有或无S1g-2、S1、S1n的情况下,通过Western blot检测LC3-II/LC3-I比值和p62水平。
Hsp70-Bim interaction facilitates mitophagy by recruiting parkin and TOMM20 into a complex.
包含体外细胞模型(HEK293T、HeLa、MEF)、细胞器分离、免疫共沉淀、体外泛素化实验、基因敲低和药物处理等多层级验证,明确功能与机制验证。
HEK293T细胞 HeLa细胞 小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)及Bax/Bak双敲除(DKO)MEF
HEK293T、HeLa细胞及MEF细胞模型,Bax/Bak DKO MEF用于验证Bax/Bak非依赖性 Hsp70-Bim PPI的干扰剂S1g-2(10 μM)及Bcl-2-Bim干扰剂S1(10 μM)处理,DMSO作为对照 应激条件:0.5 mM H2O2、34 μM VP-16或HBSS处理4小时 parkin和TOMM20的共定位及泛素化水平检测,通过共免疫沉淀和体外泛素化实验 通过shRNA敲低Hsp70或Bim验证其对自噬和parkin转位的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究Hsp70-Bim和Bcl-2-Bim PPI干扰剂对不同应激条件下自噬的调节作用。
用H2O2、VP-16或HBSS处理HEK293T细胞,并在有或无S1g-2、S1、S1n的情况下,通过Western blot检测LC3-II/LC3-I比值和p62水平。
识别S1g-2和S1在细胞内的自噬调节靶点。
使用S1g-2-probe、S1-probe、S1n-probe进行原位蛋白质标记和pull-down实验,通过银染和Western blot验证靶蛋白。
确定Hsp70-Bim PPI是否为S1g-2抑制应激诱导自噬的关键靶点,并检测其是否影响基础自噬。
通过共免疫沉淀检测Hsp70与Bim的相互作用,使用shRNA敲低Hsp70或Bim,并检测基础自噬条件下LC3和p62水平。
通过分离不同细胞器,验证Hsp70-Bim PPI对线粒体自噬的特异性调节。
分离线粒体、ER和高尔基体,检测LC3-II/LC3-I比值;同时通过免疫荧光观察GFP-LC3与线粒体共定位。
探索Hsp70-Bim PPI影响线粒体自噬的分子机制。
通过共免疫沉淀检测Hsp70与Bim、TOMM20、parkin的相互作用,以及parkin与TOMM20的关联;用共聚焦显微镜观察GFP-parkin与线粒体的共定位;进行体外泛素化实验检测TOMM20的泛素化水平。
排除凋亡通路对Hsp70-Bim PPI介导的线粒体自噬的影响。
使用Bax/Bak DKO MEF细胞,通过HBSS处理或诱导Bim表达,检测线粒体LC3水平、蛋白相互作用和TOMM20泛素化。
研究S1g-2通过抑制线粒体自噬是否增强应激诱导的凋亡。
使用parkin shRNA敲低作为对照,在长期应激条件下检测细胞色素c释放、线粒体和细胞质中细胞色素c的水平,以及Annexin V染色的凋亡率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 依托泊苷 | Selleck Chemicals | -- |
| 巴佛洛霉素A1 | Selleck Chemicals | -- | |
| 蛋白质合成 | BimLΔC27重组蛋白 | Sino Biological Inc. | 13816-H07E |
| Western blot | LC3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398822 |
| p62抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-28359 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8432 | |
| Bim抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374358 | |
| Beclin 1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-48341 | |
| Hsp70抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-24 | |
| Mcl-1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-74436 | |
| Bcl-2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| TOMM20抗体 | Abcam | ab283317 | |
| Calnexin抗体 | Abcam | ab92573 | |
| GM130抗体 | Abcam | ab32337 | |
| Parkin抗体 | Abcam | ab77924 | |
| PINK1抗体 | Abcam | ab300623 | |
| 细胞色素c抗体 | Cell Signaling Technology | 4272 | |
| AMPK抗体 | Cell Signaling Technology | 2532 | |
| 磷酸化AMPK (Thr172)抗体 | Cell Signaling Technology | 2531 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Scientific HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco BRL | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Scientific HyClone | 15140148 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞器分离 | 线粒体提取试剂盒 | Genmed Scientifics Inc. | -- |
| 内质网分离试剂盒 | Sigma | 038M4161V | |
| 高尔基体分离试剂盒 | Sigma | GL0010 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- |
| 细胞成像 | MitoTracker Red CMXRos线粒体荧光探针 | Molecular Probes | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | HEK293T和HeLa细胞系来源为ATCC,DMEM培养基含10%胎牛血清和100 U/mL青霉素-链霉素,37°C、5% CO2培养。 阅读提示:Materials and methods: Cell lines |
| 药物处理 | S1g-2和S1的浓度(10 μM),处理时间(4小时),DMSO作为对照。 阅读提示:Results: Fig. 1B, Materials and methods: Reagents |
| 应激诱导 | 应激条件:0.5 mM H2O2、34 μM VP-16或HBSS,处理4小时。 阅读提示:Results: Fig. 1B, Materials and methods: Reagents |
| 蛋白相互作用分析 | 共免疫沉淀中抗体使用量(如anti-parkin 300 μg),以及用于检测Hsp70、Bim、TOMM20、parkin的抗体。 阅读提示:Materials and methods: In vitro ubiquitination assay, Fig. 4 legend |
| 泛素化实验 | 体外泛素化反应条件:E1酶50 ng、E2酶500 ng、ubiquitin 10 μg、重组Hsp70 1 μM、Bim 0.1 μM、TOMM20 1.2 μM,37°C孵育4小时。 阅读提示:Materials and methods: In vitro ubiquitination assay |
| 基因敲低 | shRNA敲低Hsp70和Bim,使用Santa Cruz Biotechnology的shRNA慢病毒颗粒,感染HEK293T细胞,48小时后进行实验。 阅读提示:Materials and methods: Plasmid construction and transfection |
| 细胞器分离 | 线粒体提取试剂盒、内质网分离试剂盒、高尔基体分离试剂盒的具体操作按说明书进行。 阅读提示:Materials and methods: Mitochondria, ER and Golgi isolation |