DMSCs的分离与培养
获得野生型和Prx II敲除的DMSCs作为实验模型。
从野生型和Prx II敲除129/SvJ小鼠真皮分离原代DMSCs,在含10%FBS的DMEM/F12培养基中培养。
Peroxiredoxin II regulates exosome secretion from dermal mesenchymal stem cells through the ISGylation signaling pathway.
包含体外细胞实验、基因敲除/回补、机制验证(RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、电镜)、JNK抑制和miR-221抑制剂处理。
野生型与Prx II敲除小鼠来源的DMSCs Prx II回补的DMSCs
DMSCs来源:野生型和Prx II敲除129/SvJ小鼠,购自大连医科大学 细胞培养条件:DMEM/F12培养基,10%FBS,5%CO2,37℃ 外泌体分离:超速离心(120,000×g) miR-221抑制剂转染:200 nM,48 h SP600125处理:25 μM,48 h
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得野生型和Prx II敲除的DMSCs作为实验模型。
从野生型和Prx II敲除129/SvJ小鼠真皮分离原代DMSCs,在含10%FBS的DMEM/F12培养基中培养。
比较Prx II+/+和Prx II−/− DMSCs外泌体分泌的差异。
通过差速超速离心从条件培养基中分离外泌体,使用NTA和Western blot分析外泌体的粒径、浓度和标志蛋白。
检测Prx II缺失是否影响细胞内MVB的数量。
使用透射电镜观察DMSCs中的MVB和ILV,并计数。
鉴定Prx II调控的外泌体相关基因。
对Prx II+/+和Prx II−/− DMSCs进行RNA-seq,筛选差异表达基因,并用qRT-PCR验证ISG15、Rab27b等。
检测Prx II缺失后ISGylation相关蛋白的表达变化。
通过Western blot检测ISG15、UBA7、UBE2L6、HERC6及TSG101等蛋白水平。
探究Prx II是否通过STAT通路调控ISGylation。
检测STAT1、p-STAT1、STAT2、p-STAT2和IRF9的蛋白和mRNA水平。
寻找调控STAT1/STAT2的miRNA并验证miR-221的作用。
利用TarBase、StarBase和miRDB预测靶miRNA,qPCR验证表达,并用miR-221抑制剂处理细胞检测STAT表达。
研究Prx II调控miR-221的上游机制。
检测JNK活性、Foxo1核定位,并用SP600125抑制JNK后检测Foxo1和miR-221表达。
确认Prx II回补能否逆轉敲除表型。
用lentivirus在Prx II−/− DMSCs中回补Prx II(WT组),检测ISGylation基因表达、MVB数量和外泌体分泌。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | GibcoBRL | -- |
| 胎牛血清 | Solarbio Life Sciences | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio Life Sciences | -- | |
| 0.25%胰蛋白酶-EDTA | Solarbio Life Sciences | -- | |
| 外泌体分离 | ZetaView 8.04.02 SP2 | Particle Metrix | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Yanzai Biotechnology | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 |
| 酶标仪 | Tecan | Infinite | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
| inNova Uscript II 一步法第一链cDNA合成SuperMix试剂盒 | Innovagene Biotech | -- | |
| inNova Taq SYBR Green qPCR预混液 | Innovagene Biotech | -- | |
| miRNA检测 | miRNA第一链cDNA合成(加尾反应)试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| MicroRNA qPCR试剂盒(SYBR Green法) | Sangon Biotech | -- | |
| 电镜 | 透射电子显微镜 | JEOL | JEM1400 |
| 慢病毒转导 | 慢病毒载体 | GenePharma | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| drug treatment | SP600125 | -- | -- |
| 细胞转染 | RiboFect CP转染试剂盒 | RiboBio | -- |
| miR-221抑制剂 | RiboBio | -- | |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- |
| 抗CD63抗体 | Sangon Biotech | D260973 | |
| 抗EEA1抗体 | Sangon Biotech | D163757 | |
| 抗Prx II抗体 | AbFrontier | LF-MA0114 | |
| 抗ISG15抗体 | Sangon Biotech | D225264 | |
| 抗UBA7抗体 | Sangon Biotech | D223465 | |
| 抗UBE2L6抗体 | Sino Biological | 12641-RP02 | |
| 抗HERC6抗体 | Bioss | bs-15463R | |
| 抗Rab27b抗体 | Bioss | bsm-51331M | |
| 抗ISG15抗体 | Solarbio Life Sciences | K002371P | |
| 抗TSG101抗体 | Bioss | bs-1365R | |
| 抗STAT1抗体 | Sangon Biotech | D220084 | |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8394 | |
| 抗STAT2抗体 | Sangon Biotech | D261445 | |
| 抗磷酸化STAT2抗体 | Bioss | bs-3428R | |
| 抗STAT2抗体 | AtaGenix | ATA38071 | |
| 抗IRF9抗体 | Sangon Biotech | D220878 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Sangon Biotech | D110087 | |
| 山羊抗兔二抗 | Sangon Biotech | D111018 | |
| 驴抗山羊二抗 | Sangon Biotech | D110120 | |
| α-微管蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| JNK活性检测 | JNK激酶活性检测试剂盒 | GenMed | -- |
| 核提取 | 核提取试剂盒 | Solarbio Life Sciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DMSC培养 | DMSCs来源(小鼠品系、基因型);培养条件(培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养温度、CO2浓度);传代条件(胰酶浓度、EDTA含量、传代时机) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| 外泌体分离 | 细胞密度;培养时间;离心步骤(转速、时间、温度);外泌体沉淀重悬体积 阅读提示:Materials and methods - Isolation and characterization of DMSC-exosomes |
| RNA提取与qRT-PCR | RNA提取试剂;逆转录试剂盒;qRT-PCR系统;引物序列;内参基因;使用2^-ΔΔCt法 阅读提示:Materials and methods - RNA extraction and qRT-PCR |
| 电镜观察MVB | 固定条件;包埋方法;切片厚度;观察的细胞数量;MVB计数标准(至少20个MVB) 阅读提示:Materials and methods - Electron microscopy and MVB quantification |
| 慢病毒转导 | 病毒载体(LV5);MOI(60);polybrene浓度;嘌呤霉素筛选浓度和时长 阅读提示:Materials and methods - Lentivirus-mediated re-expression of Prx II |
| Western blot | 蛋白上样量;抗体种类和稀释度;内参;封闭条件 阅读提示:Materials and methods - Western blotting |
| miRNA和药物处理 | miR-221 inhibitor浓度(200 nM)和转染时间(48h);SP600125浓度(25 μM)和处理时长(48h) 阅读提示:Materials and methods - Transfection of miR-221 inhibitor and SP600125 treatment |