构建PTEN C-tail突变小鼠模型
研究PTEN C-tail磷酸化位点在体内对肿瘤发生的影响
使用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建了PtenS380A、PtenS380D、PtenΔ4和Pten+/–等小鼠品系,并确认了基因型。
Hyperphosphorylated PTEN exerts oncogenic properties.
包含多个独立证据层级:多种基因工程小鼠模型、细胞实验、RNA-seq转录组分析、TCGA人类癌症数据分析,并进行功能验证和机制验证。
PtenS380A/A小鼠 PtenΔ4/Δ4小鼠 PtenS380D/D小鼠 Pten+/–小鼠
S380A和S380D点突变小鼠的构建及纯合子状态 PTEN蛋白表达水平的检测:Western blot和定量分析 AKT信号通路活性检测:AKT T308和S473磷酸化水平 前列腺PIN病变的组织学评分 β-catenin核定位的免疫荧光定量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究PTEN C-tail磷酸化位点在体内对肿瘤发生的影响
使用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建了PtenS380A、PtenS380D、PtenΔ4和Pten+/–等小鼠品系,并确认了基因型。
评估突变对PTEN蛋白水平和稳定性的影响
通过Western blot和环己酰亚胺追踪实验检测PTEN蛋白水平,发现S380A和S380D导致PTEN不稳定。
确定突变对PTEN功能的影响
通过Western blot检测AKT及其底物的磷酸化水平,发现C-tail突变导致AKT信号过度激活。
评估突变小鼠的肿瘤易感性
对9个月和16个月龄的小鼠进行大体肿瘤筛查,发现C-tail突变小鼠无肿瘤倾向,而Pten+/–小鼠出现高度肿瘤易感性。
探究PTEN单倍剂量不足是否驱动前列腺癌的发生
构建PtenHNP/HNP低表达小鼠,与Pten+/–比较PIN病变,发现低PTEN剂量本身不足以驱动高级别PIN。
探究Pten+/–小鼠PIN病变形成的机制
通过免疫组织化学和Western blot检测Pten+/–小鼠PIN病变中的PTEN和P-AKT S473水平,发现病变中PTEN缺失和AKT激活。
确定S380磷酸化模拟突变是否驱动前列腺肿瘤形成
对PtenS380D/D小鼠前列腺进行PIN评分,发现PIN病变增加,且病变中PTEN未缺失。
发现S380D突变引起的早期转录变化
对2月龄小鼠前列腺进行RNA-seq,发现PtenS380D/D前列腺中WNT信号通路相关基因表达改变,并通过GSEA和免疫染色验证。
确认β-catenin是S380D驱动前列腺肿瘤的关键介质
在PtenS380D/D背景下敲除一个Ctnnb1等位基因,PIN病变减少,核β-catenin染色减少。
探究PTEN C-tail过度磷酸化在人胃癌和前列腺癌中的作用
利用TCGA数据分析PDZK1表达与LEF1靶基因活性的关系,发现低PDZK1与高LEF1活性相关。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因编辑 | Cas9 mRNA | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| Western blot | 丽春红S | -- | -- |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | Cat. #74104 |
| cDNA合成 | SuperScript | Invitrogen | Cat. #18080051 |
| RNA-seq | TruSeq RNA文库制备试剂盒v2 | Illumina | RS-122-2001 |
| HiSeq 4000 | Illumina | -- | |
| Western blot | 抗PTEN抗体 | Cell Signaling Technology | 9559 |
| 抗磷酸化PTEN (S380)抗体 | Cell Signaling Technology | 9551 | |
| 抗磷酸化PTEN (S380/T382/T383)抗体 | Cell Signaling Technology | 9549 | |
| 抗磷酸化PTEN (S385)抗体 | Sigma-Aldrich | 07-890-I | |
| 抗微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2125 | |
| 抗EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 71655 | |
| 抗HDAC抗体 | Abcam | Ab7028 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化AKT (T308)抗体 | Cell Signaling Technology | 2965 | |
| 抗磷酸化AKT (S473)抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| 抗磷酸化TSC2 (T1462)抗体 | Cell Signaling Technology | 3617 | |
| 抗磷酸化GSK3α/β (S21/S9)抗体 | Cell Signaling Technology | 9331 | |
| 抗磷酸化PRAS40 (T246)抗体 | Cell Signaling Technology | 2997 | |
| 抗磷酸化AS160 (T642)抗体 | Cell Signaling Technology | 8881 | |
| 抗磷酸化AKT底物抗体 | Cell Signaling Technology | 9614 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 3683S | |
| 免疫沉淀 | 抗IgG抗体 | Southern Biotech | 0107-01 and 0111-01 |
| Western blot | 抗β-catenin抗体 | BD | 610153 |
| 山羊抗小鼠HRP偶联二抗 | Jackson Immunoresearch | 115-035-146 | |
| 山羊抗兔HRP偶联二抗 | Jackson Immunoresearch | 111-035-003 | |
| 细胞分级分离 | 亚细胞蛋白分级分离试剂盒 | Thermo-Fisher | 78840 and 87790 |
| 体外结合实验 | 重组人PTEN蛋白 | R&D systems | Cat. #847-PN |
| 重组人β-catenin蛋白 | Sino Biological | Cat. #11279-H20B | |
| 抗PTEN抗体(C端) | Invitrogen | Cat. #51-2400 | |
| 抗RFP抗体 | Invitrogen | Cat. #MA5-15257 | |
| 蛋白G琼脂糖 | -- | -- | |
| Western blot | 抗PTEN抗体(6H2.1) | Cascade | Cat. #ABM-2052 |
| 免疫染色 | 抗Eg5抗体 | Origene | TA301478 |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma | T9026 or 2125S | |
| 抗γ-微管蛋白抗体 | Sigma | T6557 or T5192 | |
| 抗磷酸化AKT (S473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗磷酸化AKT (S473)-Alexa Fluor 488偶联物 | Cell Signaling Technology | 4071 | |
| 抗β-catenin抗体 | BD | 610153 | |
| 抗磷酸化组蛋白H3 (S10)抗体 | Millipore | 06-570 | |
| 抗PTEN抗体(2551) | Home-made | -- | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A11001 | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor 594二抗 | Invitrogen | A11005 | |
| 山羊抗小鼠IgG1 Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A21121 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A11008 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 594二抗 | Invitrogen | A11012 | |
| Hoechst染料 | -- | -- | |
| RNA-seq | Agilent Bioanalyzer RNA 6000 Pico芯片 | Agilent Technologies | 5067-1513 |
| TruSeq RNA文库制备试剂盒v2 | Illumina | RS-122-2001 | |
| Illumina cBot | Illumina | -- | |
| HiSeq 3000/4000 PE簇试剂盒 | Illumina | -- | |
| HiSeq 3000/4000测序试剂盒 | Illumina | -- | |
| HCS v.3.3.20软件 | Illumina | -- | |
| RTA v.2.5.2软件 | Illumina | -- | |
| Tophat v.2.0.14 | -- | -- | |
| Bowtie v.2 2.2.6 | -- | -- | |
| FeatureCounts v.1.4.6 | -- | -- | |
| DESeq2 v.1.10.1 | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.3.1 | GraphPad Software | -- |
| 图像分析 | ImageJ v.1.52a | -- | -- |
| 显微镜成像 | Axio Observer | Carl Zeiss | -- |
| LSM 880 | Carl Zeiss | -- | |
| AxioCam MRm | Carl Zeiss | -- | |
| Zen Blue软件 | Carl Zeiss | -- | |
| Olympus BX63 | Olympus | -- | |
| Olympus SZX16 | Olympus | -- | |
| 组织染色 | Vector labs柠檬酸盐缓冲液 | Vector labs | -- |
| Image-It FX信号增强剂 | Invitrogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型构建 | CRISPR-Cas9编辑的靶序列和供体寡核苷酸序列 阅读提示:Methods: Mouse strains |
| PTEN蛋白水平检测 | 组织来源、小鼠年龄、抗体稀释度 阅读提示:Methods: Western blot analysis...; Figure legends 1b-e |
| AKT信号通路活性 | 检测的组织、磷酸化位点(T308、S473)、小鼠年龄 阅读提示:Figure 2f; Supplementary Fig. 3c |
| 前列腺PIN病变评分 | 小鼠年龄、组织处理、切片间隔、评分标准 阅读提示:Methods: Histopathology and immunostaining; Figure legends 3d,5f |
| β-catenin核定位分析 | 抗体、固定方法、计数细胞数量 阅读提示:Figure 6e; Methods: Histopathology and immunostaining |