胆固醇耗竭模型建立
验证MβCD处理可急性去除质膜胆固醇,影响质膜脂质有序性。
HeLa细胞用5 mM MβCD处理30分钟,并通过GFP-D4YDA探针监测胆固醇分布,并用di-4染色测量质膜脂质有序性。
Cholesterol-dependent homeostatic regulation of very long chain sphingolipid synthesis.
研究包含细胞模型(HeLa)、脂质组学、代谢脉冲追踪、荧光成像、siRNA敲低等多种实验层级,并进行了功能验证(PM脂质有序性)和机制验证(CerS2、Sar1b、SMS1/SMS2)。
HeLa细胞(SGPL1敲除) SMS1敲除细胞 稳定表达GFP-D4YDA的HeLa细胞
急性胆固醇耗竭:5 mM甲基-β-环糊精处理30分钟 CerS2表达敲低(siRNA) pacSph脉冲标记浓度和时间:3 μM,1小时 质膜脂质有序性测量:di-4染色,GP值计算 LDL源性胆固醇恢复实验:10% FBS
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证MβCD处理可急性去除质膜胆固醇,影响质膜脂质有序性。
HeLa细胞用5 mM MβCD处理30分钟,并通过GFP-D4YDA探针监测胆固醇分布,并用di-4染色测量质膜脂质有序性。
确定胆固醇耗竭对鞘脂种类和丰度的影响。
MβCD处理2小时后提取脂质,通过LC-MS/MS进行靶向鞘脂组学分析。
动态监测胆固醇耗竭对鞘脂合成流向的影响。
SGPL1敲除HeLa细胞用pacSph标记1小时,然后在胆固醇耗竭或装载条件下追踪代谢产物,通过TLC分离和量化VLC-SM和LC-SM。
确定CerS2在胆固醇调节的VLC-SM合成中的必要性。
通过siRNA敲低CerS2、CerS6或CerS5,然后在胆固醇耗竭条件下分析pacSph代谢和质膜脂质有序性。
验证VLC-神经酰胺通过COPII依赖的分泌途径从ER到高尔基体以及通过SM分泌途径到质膜。
表达Sar1b-H79G抑制COPII,观察VLC-SM合成;用pacSph标记和荧光成像追踪鞘脂在ER-高尔基体的动态;用BODIPY-Cer和TIRF显微镜观察SM分泌途径。
研究CerS2敲低对胆固醇从溶酶体向质膜转运的影响。
在CerS2敲低细胞中观察GFP-D4YDA的定位,以及U18666A处理后洗脱恢复过程中GFP-D4YDA向质膜的恢复情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM | Gibco | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16140-071 | |
| 气相二氧化硅 | Sigma-Aldrich | S5505 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668-019 |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX | Invitrogen | 13778-150 |
| 支原体检测 | 支原体检测试剂盒 | ATCC | 30-1012K |
| RNA提取 | RNeasy RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| cDNA合成 | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1621 |
| qPCR | CFX96 | Bio-Rad | -- |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | 4693116001 |
| 考马斯亮蓝蛋白定量溶液 | Pierce | 23200 | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1620115 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A9647 | |
| HRP底物 | Bio-Rad | 170-5060 | |
| HRP底物 | Thermo Fisher Scientific | 34096 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | CST | 3700S | |
| 抗HMGCR抗体 | Novus Biologicals | NBP2-61616 | |
| 抗SREBP2抗体 | Santa Cruz | sc-13552 | |
| 抗CerS2抗体 | Sigma-Aldrich | HPA027262 | |
| 抗CERT抗体 | Sigma-Aldrich | HPA035645 | |
| 抗VAPA抗体 | Sigma-Aldrich | SAB1402460-100G | |
| 抗hVAPB抗体 | R&D systems | MAB58551 | |
| 抗兔IgG抗体 | CST | 7074S | |
| 抗鼠IgG抗体 | CST | 7076S | |
| 脂质标记 | pacSph | Avanti Polar Lipids | 900600 |
| 胆固醇标记 | 炔基胆固醇 | Avanti Polar Lipids | 700146 |
| 脂质提取 | 氯仿 | JT Baker | 9180-01 |
| 甲醇 | JT Baker | 9070-05 | |
| 乙酸 | JT Baker | 9508-00 | |
| 脂质标记 | 3-叠氮基-7-羟基香豆素 | Jena Bioscience | CLK-FA047-1 |
| 乙醇 | Sigma-Aldrich | E7023 | |
| TLC | 硅胶板 | Supelco | 1.05721.0001 |
| 脂质提取 | 己烷 | JT Baker | 9304-03 |
| 乙酸乙酯 | JT Baker | 9282-33 | |
| 脂质标记 | pac神经酰胺 | Avanti Polar Lipids | 900404 |
| 脂质组学 | 5500 QTRAP | ABI | -- |
| 荧光成像 | 玻璃底培养皿 | Mattek | P35G-1.5-20-C |
| 点击化学 | 点击标记试剂 | Invitrogen | C10269 |
| Alexa Fluor 647叠氮化物 | Invitrogen | A10277 | |
| 活细胞成像 | 含Hepes缓冲液的DMEM | Gibco | 21063029 |
| 显微镜 | DeltaVision工作站 | Applied Precision | -- |
| IX-70 | Olympus | -- | |
| CoolSnap HQ | Photometrics | -- | |
| CSU-W1 | Yokogawa | -- | |
| Nikon Ti2-E | Nikon | -- | |
| ORCA-FusionBT | Hamamatsu | -- | |
| TIRF显微镜 | Prime 95B | Photometrics | -- |
| 免疫荧光 | 抗P230抗体 | BD Biosciences | 611281 |
| 抗Lamp1抗体 | CST | 9091S | |
| 胆固醇检测 | U18666A | Sigma-Aldrich | U3633 |
| BODIPY-Cer标记 | BODIPY-神经酰胺 | Invitrogen | B22650 |
| 膜脂质有序性测量 | di-4-ANEPPDHQ | Invitrogen | D36802 |
| 细胞膜标记 | CellMask | Invitrogen | C10045 |
| 药物处理 | 吉非替尼 | Cayman | 13166 |
| 表皮生长因子 | Sino Biological | 10605-HNAE | |
| 甲基-β-环糊精 | Acros | AC377110050 | |
| 皂苷 | Sigma-Aldrich | 47036 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和药物处理 | HeLa细胞系(SGPL1敲除)来源、培养基DMEM和FBS品牌及浓度、MβCD浓度和处理时间、U18666A浓度和处理时间 阅读提示:Materials and methods:Cell culture and transfection;Fig. 1 legend |
| 鞘脂代谢脉冲追踪 | pacSph浓度、标记时间、追踪时间、胆固醇耗竭或装载处理的具体条件 阅读提示:Materials and methods:pacSph metabolic labeling;Fig. 2 legend |
| 质膜脂质有序性测量 | di-4浓度、染色时间、GP值计算方法 阅读提示:Materials and methods:Spectral fluorescence imaging;Fig. 1 legend |
| 基因敲低和验证 | siRNA序列、转染试剂、敲低效率验证(Western blot或qPCR) 阅读提示:Materials and methods:Plasmids and siRNAs;Fig. S3 |
| 胆固醇转运功能检测 | GFP-D4YDA表达和诱导条件、U18666A处理及洗脱时间、图像分析参数 阅读提示:Materials and methods:Fluorescence microscopy and live cell imaging;Fig. 5 legend |