临床样本特征分析
评估NADK在NSCLC组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系
使用qPCR、Western blot、IHC检测NADK在NSCLC组织和细胞系中的表达,并分析其与淋巴结转移、TNM分期、AJCC分期及生存预后的相关性。
Nicotinamide adenine dinucleotide kinase promotes lymph node metastasis of NSCLC via activating ID1 expression through BMP pathway.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内小鼠模型及机制验证,证据层级多样。
NSCLC细胞系(A549、H1299、H157、H520) 正常支气管上皮细胞系HBE 小鼠LLC细胞系 C57BL/6J小鼠淋巴结转移模型和皮下移植瘤模型
NADK在NSCLC组织中的表达水平及与临床特征的相关性 NADK对NSCLC细胞迁移、侵袭、增殖和锚定非依赖性生长的影响 NADK对体内淋巴结转移和肿瘤生长的影响 NADK与Smurf1的相互作用及其对BMPR1A泛素化和稳定性的影响 NADK对BMP信号通路和ID1表达的激活作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NADK在NSCLC组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系
使用qPCR、Western blot、IHC检测NADK在NSCLC组织和细胞系中的表达,并分析其与淋巴结转移、TNM分期、AJCC分期及生存预后的相关性。
验证NADK对NSCLC细胞迁移、侵袭、增殖和锚定非依赖性生长的影响
通过shRNA敲低和过表达NADK,用伤口愈合、Transwell、CCK8和软琼脂实验检测细胞功能。
验证NADK对体内肿瘤生长和淋巴结转移的影响
将LLC细胞注入C57BL/6J小鼠足垫建立淋巴结转移模型,皮下注射建立肿瘤模型,检测肿瘤体积、淋巴结体积、HE和IHC染色。
揭示NADK促进NSCLC淋巴结转移的分子机制
RNA-seq分析NADK过表达后的差异基因,Co-IP检测NADK与Smurf1的相互作用,泛素化分析检测BMPR1A的泛素化水平,Western blot检测BMP信号通路激活。
验证ID1是否介导NADK的促癌功能
在NADK过表达细胞中敲低ID1,检测对锚定非依赖性生长和迁移的影响,并在异种移植瘤中检测ID1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 脂质体转染试剂8000 | -- | -- | |
| 重组BMP-2蛋白 | Sino Biological | 10426-HNAE | |
| 盐酸多西环素 | Sangon | A600889 | |
| 支原体染色检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 载体构建与病毒包装 | pLVX-IRES-puro载体 | -- | -- |
| pLKO.1-puro载体 | -- | -- | |
| pGreen载体 | -- | -- | |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G包装质粒 | -- | -- | |
| 聚乙二醇8000 | -- | -- | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Green荧光定量试剂盒 | -- | -- | |
| CFX96实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | -- | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | -- | -- | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 化学发光试剂 | Millipore | WBKLS0050 | |
| NADK抗体 | Proteintech | 15548-1-AP | |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10068-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 肌动蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-8432 | |
| Flag标签抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| Myc标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2276S | |
| HA标签抗体 | Proteintech | 66006-Ig | |
| Smad1抗体 | Proteintech | 10429-1-AP | |
| 磷酸化Smad1/5/9抗体 | Cell Signaling Technology | 13820S | |
| ID1抗体 | Proteintech | 67827Ig | |
| Smurf1抗体 | Proteintech | 55175-1-AP | |
| 泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| 免疫组织化学 | 组织芯片 | Shanghai Outdo Biotech Co., Ltd. | -- |
| 抗NADK抗体 | Proteintech | 15548-1-AP | |
| 抗磷酸化SMAD1/5/9抗体 | Abcam | ab92698 | |
| 抗ID1抗体 | Proteintech | 67827-1-Ig | |
| 抗Flag标签抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗Ki67抗体 | ABclonal | WH153065 | |
| 抗卵清蛋白抗体 | Abcam | ab181688 | |
| Inform系统 | -- | -- | |
| 免疫共沉淀 | Flag磁珠 | Sigma | A2220 |
| HA磁珠 | Thermo Fisher | 88837 | |
| 蛋白A/G磁珠 | Bimake | B23202 | |
| 泛素化分析 | MG132 | -- | -- |
| Myc磁珠 | Thermo Fisher | 88844 | |
| Transwell实验 | 基质胶 | -- | -- |
| 结晶紫 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | NADK表达水平与淋巴结转移、TNM分期、AJCC分期的相关性 阅读提示:参见Results部分和表1 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源、培养条件、转染方法、BMP-2和DOX处理浓度 阅读提示:参见Materials and Methods中的Cell culture and clinical NSCLC samples |
| 体外功能实验 | shRNA敲低和过表达NADK的效率,伤口愈合、Transwell、CCK8、软琼脂实验的具体步骤 阅读提示:参见Results中'NADK promotes migration...'部分及相应图注 |
| 体内小鼠模型 | 小鼠品系、性别、周龄、细胞注射量、观察时间、分组 阅读提示:参见Materials and Methods中的'Tumorigenesis model and LN metastasis model in C57BL/6J mice' |
| 机制实验 | Co-IP条件、泛素化分析条件(MG132浓度和时间)、CHX浓度 阅读提示:参见Materials and Methods中的'Immuno-precipitation (IP)'和'Ubiquitination analysis' |