鉴定FCN1作为一种新型巨噬细胞浸润相关的生物标志物用于儿童炎症性肠病的诊断

Identification of FCN1 as a novel macrophage infiltration-associated biomarker for diagnosis of pediatric inflammatory bowel diseases.

作者信息Xixi Chen, Yuanqi Gao, Jinfang Xie, Huiying Hua, Chun Pan, Jiebin Huang, Mengxia Jing, Xuehua Chen, Chundi Xu, Yujing Gao, Pu Li
PMID36932401
发布时间2023-03-17
DOI10.1186/s12967-023-04038-1

实验完整度

包含多层级验证:利用公共转录组和单细胞数据集进行生物信息学筛选与机制推断,并结合临床队列样本、小鼠模型和THP-1细胞功能实验进行验证。

主要模型

GSE117993数据集(直肠活检样本) GSE126124数据集(血液和结肠样本) GSE121380数据集(结肠黏膜单细胞) 临床队列(PIBD患者和non-IBD对照) DSS诱导的幼年小鼠结肠炎模型 THP-1来源的巨噬细胞(M0、M1、M2)

重点核对

FCN1在结肠和血液中的表达差异(使用GSE117993和GSE126124数据集验证) FCN1表达与M0/M1巨噬细胞浸润的相关性(CIBERSORT分析) FCN1在巨噬细胞中的特异性表达(单细胞和免疫荧光共定位) THP-1细胞中FCN1过表达对NLRP3/caspase-1/IL-1β通路的影响 DSS诱导结肠炎小鼠模型中Fcnb的表达和巨噬细胞共定位

摘要

背景:儿童炎症性肠病(PIBD)的发病率在全球范围内持续增加。PIBD的诊断延迟会增加并发症风险并导致生长迟缓。为了改善长期结局,迫切需要鉴定用于PIBD早期诊断的新型标志物。方法:通过两种机器学习算法(LASSO和mSVM-RFE)从GSE117993数据集中鉴定PIBD的候选生物标志物,并在GSE126124数据集和我们的PIBD队列中进行外部验证。使用CIBERSORT方法和单细胞数据集GSE121380的富集分析研究了ficolin-1(FCN1)在PIBD中的作用及其与巨噬细胞浸润的关联,并通过免疫印迹、qRT-PCR和免疫染色在PIBD患者的结肠活检、幼年小鼠DSS诱导的结肠炎模型以及THP-1来源的巨噬细胞中进一步验证。结果:FCN1在独立临床队列中对PIBD显示出良好的诊断性能,AUC为0.986。FCN1在PIBD患者的结直肠活检和血液样本中表达上调。功能上,FCN1与PIBD患者结肠黏膜中的免疫相关过程相关,并与促炎性M1巨噬细胞浸润增加相关。此外,单细胞转录组分析和免疫染色显示,FCN1几乎仅在PIBD患者结肠黏膜浸润的巨噬细胞中表达,这些FCN1+巨噬细胞与过度炎症相关。值得注意的是,来自THP-1的促炎性M1巨噬细胞高表达FCN1和IL-1β,且THP-1来源的巨噬细胞中FCN1过表达通过NLRP3-caspase-1轴强烈促进LPS诱导的促炎细胞因子IL-1β的激活。结论:FCN1是PIBD的一种新型且有前景的诊断生物标志物。PIBD结肠黏膜中富集的FCN1+巨噬细胞表现出促炎表型,且FCN1通过NLRP3-caspase-1轴促进巨噬细胞中IL-1β的成熟。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
寻找可用于儿童炎症性肠病早期诊断的新型生物标志物,并探究其与巨噬细胞浸润的关系及潜在机制。
核心机制
FCN1通过NLRP3-caspase-1轴促进巨噬细胞中IL-1β的成熟,从而加剧肠道炎症。
主要证据
基于公共转录组和单细胞数据集的生物信息学分析、临床队列样本的qRT-PCR和免疫染色、DSS诱导小鼠模型以及THP-1细胞功能实验共同验证了FCN1的表达和功能。
研究意义
FCN1可作为PIBD的新型诊断生物标志物,并为靶向FCN1+巨噬细胞治疗PIBD提供潜在方向。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

差异表达基因筛选

鉴定PIBD与对照组之间差异表达的基因,作为候选生物标志物。

使用DESeq2分析GSE117993数据集中75例PIBD和55例非IBD患儿的直肠活检RNA-seq数据,筛选差异表达基因。

2

机器学习筛选候选生物标志物

从差异基因中筛选出对PIBD诊断最有价值的标志物。

使用LASSO逻辑回归和mSVM-RFE两种算法对373个差异基因进行特征选择,并取交集。

3

诊断性能验证

在独立数据集中验证FCN1对PIBD的诊断效能。

利用GSE126124数据集(包含结肠和血液样本)通过ROC曲线评估FCN1的AUC值,并在临床队列中进一步验证。

4

表达水平验证

验证FCN1在PIBD患者结肠和血液中的表达水平是否上调。

通过公共数据集分析、qRT-PCR和免疫组化检测FCN1在结肠活检和血液样本中的表达。

5

功能富集和免疫浸润分析

探究FCN1相关的生物学通路及其与免疫细胞浸润的关系。

使用GO和MeSH富集分析、CIBERSORT解析免疫细胞组成,并进行Spearman相关性分析。

6

单细胞转录组分析

在单细胞水平上分析FCN1表达的细胞类型及其功能状态。

分析GSE121380单细胞数据集,通过Seurat流程进行聚类和注释,比较FCN1high和FCN1low巨噬细胞的通路活性及细胞通讯。

7

动物模型验证

在体内模型中验证FCN1(小鼠同源Fcnb)的表达及其与巨噬细胞浸润的关系。

用3% DSS诱导4周龄C57BL/6小鼠结肠炎,检测体重、结肠长度、脾脏指数,以及Fcnb和IL-1β的表达,免疫组化和免疫荧光检测FCNB与CD68共定位。

8

细胞功能实验

验证FCN1对巨噬细胞IL-1β成熟的影响机制。

使用THP-1细胞诱导分化为M0、M1、M2巨噬细胞,检测FCN1和炎症因子表达;通过过表达FCN1并LPS刺激,检测NLRP3、caspase-1和IL-1β的变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Lymphoprep™Serumwerk Bernburg1858
葡聚糖硫酸钠MeilunbioMB5535
抗FCN1抗体Sino Biological10930-R017
抗CD68抗体CST97778 s
RNAex Pro试剂Accurate BiotechnologyAG21102
Evo M-MLV反转录试剂盒Accurate BiotechnologyAG11711
SYBR® Green Premix Pro Taq HS qPCR试剂盒Accurate BiotechnologyAG11718
RPMI-1640培养基----
胎牛血清----
青霉素/链霉素----
佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯BeyotimeS1819
脂多糖SigmaL2880
干扰素-γSino Biological11725-HNAS
白细胞介素-4Sino Biological11846-HNAE
白细胞介素-13Sino Biological10369-HNAC
pCMV3-FCN1-C-His质粒Sino BiologicalHG10930-CH
pCMV3-C-His对照载体Sino BiologicalCV015
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen11668-019
抗IL-6抗体Affinity BioscienceDF6087
抗FCN1抗体Sino Biological10930-R017
抗IL-1β抗体CST12242S
抗GAPDH抗体ServicebioGB12002
抗β-actin抗体ServicebioGB12001
抗caspase-1抗体CST3866S
抗裂解caspase-1抗体CST4199S
抗NLRP3抗体CST15101S

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集
PIBD患者和non-IBD对照的结直肠活检及外周血样本来源、PBMC分离方法
阅读提示:Methods: Human samples
动物实验
小鼠品系、年龄、性别、DSS浓度、给药时间、对照组设置、样本量
阅读提示:Methods: Induction of colitis in mice; Figure 6 legend
细胞实验
THP-1细胞培养条件、PMA/LPS/IFN-γ/IL-4/IL-13浓度及处理时间、转染条件
阅读提示:Methods: Cell culture and transfection
分子实验
qRT-PCR引物序列、内参基因、Western blot抗体及稀释倍数
阅读提示:Methods: Quantitative PCR and Western blot; Additional file 4: Table S3