差异表达基因筛选
鉴定PIBD与对照组之间差异表达的基因,作为候选生物标志物。
使用DESeq2分析GSE117993数据集中75例PIBD和55例非IBD患儿的直肠活检RNA-seq数据,筛选差异表达基因。
Identification of FCN1 as a novel macrophage infiltration-associated biomarker for diagnosis of pediatric inflammatory bowel diseases.
包含多层级验证:利用公共转录组和单细胞数据集进行生物信息学筛选与机制推断,并结合临床队列样本、小鼠模型和THP-1细胞功能实验进行验证。
GSE117993数据集(直肠活检样本) GSE126124数据集(血液和结肠样本) GSE121380数据集(结肠黏膜单细胞) 临床队列(PIBD患者和non-IBD对照) DSS诱导的幼年小鼠结肠炎模型 THP-1来源的巨噬细胞(M0、M1、M2)
FCN1在结肠和血液中的表达差异(使用GSE117993和GSE126124数据集验证) FCN1表达与M0/M1巨噬细胞浸润的相关性(CIBERSORT分析) FCN1在巨噬细胞中的特异性表达(单细胞和免疫荧光共定位) THP-1细胞中FCN1过表达对NLRP3/caspase-1/IL-1β通路的影响 DSS诱导结肠炎小鼠模型中Fcnb的表达和巨噬细胞共定位
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定PIBD与对照组之间差异表达的基因,作为候选生物标志物。
使用DESeq2分析GSE117993数据集中75例PIBD和55例非IBD患儿的直肠活检RNA-seq数据,筛选差异表达基因。
从差异基因中筛选出对PIBD诊断最有价值的标志物。
使用LASSO逻辑回归和mSVM-RFE两种算法对373个差异基因进行特征选择,并取交集。
在独立数据集中验证FCN1对PIBD的诊断效能。
利用GSE126124数据集(包含结肠和血液样本)通过ROC曲线评估FCN1的AUC值,并在临床队列中进一步验证。
验证FCN1在PIBD患者结肠和血液中的表达水平是否上调。
通过公共数据集分析、qRT-PCR和免疫组化检测FCN1在结肠活检和血液样本中的表达。
探究FCN1相关的生物学通路及其与免疫细胞浸润的关系。
使用GO和MeSH富集分析、CIBERSORT解析免疫细胞组成,并进行Spearman相关性分析。
在单细胞水平上分析FCN1表达的细胞类型及其功能状态。
分析GSE121380单细胞数据集,通过Seurat流程进行聚类和注释,比较FCN1high和FCN1low巨噬细胞的通路活性及细胞通讯。
在体内模型中验证FCN1(小鼠同源Fcnb)的表达及其与巨噬细胞浸润的关系。
用3% DSS诱导4周龄C57BL/6小鼠结肠炎,检测体重、结肠长度、脾脏指数,以及Fcnb和IL-1β的表达,免疫组化和免疫荧光检测FCNB与CD68共定位。
验证FCN1对巨噬细胞IL-1β成熟的影响机制。
使用THP-1细胞诱导分化为M0、M1、M2巨噬细胞,检测FCN1和炎症因子表达;通过过表达FCN1并LPS刺激,检测NLRP3、caspase-1和IL-1β的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 临床样本PBMC分离 | Lymphoprep™ | Serumwerk Bernburg | 1858 |
| 小鼠结肠炎模型诱导 | 葡聚糖硫酸钠 | Meilunbio | MB5535 |
| 组织染色(免疫组化/免疫荧光) | 抗FCN1抗体 | Sino Biological | 10930-R017 |
| 抗CD68抗体 | CST | 97778 s | |
| RNA提取 | RNAex Pro试剂 | Accurate Biotechnology | AG21102 |
| cDNA合成 | Evo M-MLV反转录试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11711 |
| qPCR | SYBR® Green Premix Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11718 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Beyotime | S1819 |
| 脂多糖 | Sigma | L2880 | |
| 干扰素-γ | Sino Biological | 11725-HNAS | |
| 白细胞介素-4 | Sino Biological | 11846-HNAE | |
| 白细胞介素-13 | Sino Biological | 10369-HNAC | |
| 细胞转染 | pCMV3-FCN1-C-His质粒 | Sino Biological | HG10930-CH |
| pCMV3-C-His对照载体 | Sino Biological | CV015 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-019 | |
| Western blot | 抗IL-6抗体 | Affinity Bioscience | DF6087 |
| 抗FCN1抗体 | Sino Biological | 10930-R017 | |
| 抗IL-1β抗体 | CST | 12242S | |
| 抗GAPDH抗体 | Servicebio | GB12002 | |
| 抗β-actin抗体 | Servicebio | GB12001 | |
| 抗caspase-1抗体 | CST | 3866S | |
| 抗裂解caspase-1抗体 | CST | 4199S | |
| 抗NLRP3抗体 | CST | 15101S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | PIBD患者和non-IBD对照的结直肠活检及外周血样本来源、PBMC分离方法 阅读提示:Methods: Human samples |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、DSS浓度、给药时间、对照组设置、样本量 阅读提示:Methods: Induction of colitis in mice; Figure 6 legend |
| 细胞实验 | THP-1细胞培养条件、PMA/LPS/IFN-γ/IL-4/IL-13浓度及处理时间、转染条件 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 分子实验 | qRT-PCR引物序列、内参基因、Western blot抗体及稀释倍数 阅读提示:Methods: Quantitative PCR and Western blot; Additional file 4: Table S3 |