病毒生产模型比较
比较不同病毒生产系统(转染 vs 感染)产生的病毒表面PSGL-1水平和感染性。
通过转染HEK293T细胞(不同量PSGL-1质粒)或感染T细胞系和PBMC(IIIB病毒)产生病毒,使用流式细胞术检测细胞表面PSGL-1,TZM-bl细胞测定感染性。
P-selectin glycoprotein ligand-1 (PSGL-1/CD162) is incorporated into clinical HIV-1 isolates and can mediate virus capture and subsequent transfer to permissive cells.
包含体外细胞转染/感染模型、流式病毒学、病毒捕获、细胞捕获转移实验、患者血浆样本等多层级验证。
HEK293T细胞转染产生的假病毒和复制型病毒 T细胞系(H9、Jurkat、PM1、A3R5.7)感染产生的病毒 原代PBMC感染产生的病毒 HIV-1感染者血浆中的循环病毒粒子
PSGL-1质粒DNA转染量(0, 2.5, 25, 250 ng) 病毒生产细胞类型(HEK293T, T细胞系, PBMC) P-选择素介导的病毒捕获和转移效率 病毒粒子表面PSGL-1与gp120的相对水平 感染性测定采用TZM-bl细胞发光读数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较不同病毒生产系统(转染 vs 感染)产生的病毒表面PSGL-1水平和感染性。
通过转染HEK293T细胞(不同量PSGL-1质粒)或感染T细胞系和PBMC(IIIB病毒)产生病毒,使用流式细胞术检测细胞表面PSGL-1,TZM-bl细胞测定感染性。
确定不同PSGL-1表达水平对病毒粒子PSGL-1整合及感染性的影响。
通过共转染不同量PSGL-1质粒(0, 2.5, 25, 250 ng)产生PSGL-1阴性、低、中、高病毒,使用免疫印迹和病毒捕获评估PSGL-1水平,TZM-bl测定感染性。
通过互补技术(病毒捕获和流式病毒学)定量不同来源病毒表面的PSGL-1和gp120。
使用抗体介导的免疫磁珠捕获和流式病毒学(PE标记抗PSGL-1)分析表面蛋白。
检测PSGL-1在不同型别的HIV-1和SIV分离株中的整合广度。
使用免疫磁珠病毒捕获测定多种临床和实验室分离株(如92UG037,BaL,ADA等)的PSGL-1和gp120捕获比例。
验证PSGL-1是否存在于HIV-1感染者血浆中的循环病毒上。
使用生物素化抗体和抗生物素微珠对12名患者(急性/早期或慢性)血浆进行病毒捕获,RNA提取和qRT-PCR定量。
评估病毒粒子上的PSGL-1是否保留结合P、E、L-选择素的能力。
使用重组选择素包被的磁珠或细胞膜表达选择素进行病毒捕获实验,并测试病毒转移至TZM-bl细胞的能力。
确定被P-选择素捕获的病毒能否转移到许可细胞并引发感染。
在P-选择素包被板上捕获病毒,洗涤后加入TZM-bl细胞,检测荧光素酶活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Wisent | 319-005-CL |
| RPMI-1640培养基 | Wisent | 350-000-CL | |
| 胎牛血清 | Wisent | 098150 | |
| 病毒生产-感染 | 淋巴细胞分离液 | StemCell Technologies | 07861 |
| 植物血凝素 | Gibco | LS10576015 | |
| 病毒生产-转染 | Polyjet体外转染试剂 | FroggaBio | SL100688 |
| 病毒滴定 | Britelite™ Plus报告基因检测试剂盒 | PerkinElmer | 6066766 |
| 病毒捕获-抗体 | 抗PSGL-1抗体 | BD Biosciences | 556053 |
| 小鼠IgG1同型对照 | BD Biosciences | 557273 | |
| 抗gp120抗体(克隆2G12) | NIH ARP | 1476 | |
| 抗gp120抗体(克隆PG9) | NIH ARP | 12149 | |
| 病毒捕获-患者血浆 | 生物素化抗CD44抗体 | Miltenyi | 130-113-340 |
| 生物素标记试剂盒 | Bio-Rad Laboratories | LNK262B | |
| 小鼠IgG1同型对照 | R&D | MAB002 | |
| 流式病毒学 | PE标记的抗PSGL-1单克隆抗体 | BD Biosciences | 556055 |
| CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 流式病毒学 | Quantibrite PE校准微球 | BD Biosciences | 340495 |
| NIST溯源性粒径标准品 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 病毒捕获 | 蛋白G磁珠 | Life Technologies | 10004D |
| 重组P-选择素 | R&D Systems | 137-PS-050 | |
| 重组E-选择素 | R&D Systems | -- | |
| 重组L-选择素 | R&D Systems | -- | |
| 重组MAdCAM-1 | R&D Systems | 6056-MC-050 | |
| p24定量 | AlphaLISA p24检测试剂盒 | PerkinElmer | -- |
| 病毒转移实验 | pNL4-3质粒 | NIH ARP | 3417 |
| 病毒生产-转染 | PSGL-1表达载体 | Sino Biological | HG10490-UT |
| 阴性对照载体 | Sino Biological | CV011 | |
| HIV-1 BaL.01包膜表达载体 | NIH ARP | 11445 | |
| 病毒生产-感染 | HIV-1 IIIB病毒 | NIH ARP | -- |
| HIV-1 NL4-3病毒 | NIH ARP | -- | |
| 免疫印迹 | PEG-it病毒沉淀溶液 | System Biosciences | LV810A-1 |
| RIPA裂解缓冲液 | BioBasic | RB4478 | |
| Laemmli上样缓冲液 | BioRad | 1610747 | |
| SDS-PAGE凝胶 | BioRad | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗p24抗体克隆AG3.0 | NIH ARP | 4121 | |
| HRP标记的羊抗人二抗 | Sigma | AP112P | |
| HRP标记的羊抗鼠二抗 | Enzo Life Science | BML-SA204-0100 | |
| 增强化学发光底物 | FroggaBio | CCH365-B100 | |
| ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 流式细胞术 | PE标记的F(ab')2羊抗鼠IgG二抗 | Invitrogen | A10543 |
| 患者血浆病毒RNA提取 | QIAamp病毒RNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| 患者血浆病毒捕获 | 抗生物素微珠 | Miltenyi | 130-090-485 |
| 细胞培养 | 重组人IL-2 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素溶液 | Life Technologies | 15140122 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒生产 | PSGL-1质粒DNA转染量(0, 2.5, 25, 250 ng),细胞类型(HEK293T, T细胞系, PBMC),病毒株(IIIB, NL4-3, BaL等) 阅读提示:Methods: Virus production via transfection/infection, Figure 1 & 2 legends |
| 感染性测定 | TZM-bl细胞数量(15,000/孔),病毒p24输入标准化,孵育时间(48小时),发光检测 阅读提示:Methods: Virus titration |
| 病毒捕获实验 | 抗体种类(抗PSGL-1, 抗gp120),抗体用量(0.5-1 μg),磁珠类型(蛋白G或抗生物素微珠),p24输入量 阅读提示:Methods: Virion capture assay, Figure 3 legend |
| 流式病毒学 | 抗PSGL-1-PE抗体浓度(0.25或0.4 μg/mL),孵育温度和时间(4°C过夜),CytoFLEX S设置(PE增益3000),MESF校准 阅读提示:Methods: Flow virometry, Figure 4 legend |
| P-选择素捕获转移实验 | 重组P-选择素或MAdCAM-1包被浓度(5 μg/mL),病毒孵育时间(2小时),TZM-bl细胞加入量和孵育时间(1-4天) 阅读提示:Methods: Plate capture-transfer assay, Figure 8 legend |
| 患者血浆病毒检测 | 血浆样本阶段(急性/早期或慢性),抗体(生物素化抗PSGL-1, 抗CD44),RNA提取和qRT-PCR方法 阅读提示:Methods: Virion capture assay(血浆部分), Figure 5 legend, Supplementary Table S2 |