分子克隆和突变
从水母中克隆荧光蛋白基因,并通过突变改善其亮度和表达。
通过RNA-seq鉴定编码FP的转录本,克隆CU17S,通过随机诱变获得V168A突变体(StayGold)。
A highly photostable and bright green fluorescent protein.
包含体外纯化蛋白的光谱与光漂白测定、活细胞成像(WF、SIM、共聚焦)验证光稳定性,并进行了ER、线粒体、微管及病毒蛋白的多层级功能验证。
HeLa细胞 COS-7细胞 原代海马神经元 VeroE6/TMPRSS2细胞
光漂白实验中使用的光源类型和强度(如5.6 W cm^-2) 蛋白质浓度(如1 μM) 表达FP的细胞类型(如HeLa、COS-7) 成像模式(WF、3D-SIM、共聚焦) SARS-CoV-2感染实验的MOI和固定时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从水母中克隆荧光蛋白基因,并通过突变改善其亮度和表达。
通过RNA-seq鉴定编码FP的转录本,克隆CU17S,通过随机诱变获得V168A突变体(StayGold)。
比较StayGold与其他绿荧光蛋白的光稳定性。
纯化蛋白,制备1 μM蛋白胶,在WF照明下测量光漂白曲线,计算t1/2。
检查StayGold在活细胞中的光稳定性。
稳定表达FP的HeLa细胞,在HBSS或DMEM中连续WF成像,测量光漂白。
展示StayGold在活细胞ER超分辨成像中的应用。
构建靶向ER的StayGold变体(er-(n2)oxStayGold(c4)),在HeLa细胞中表达,进行3D-SIM连续成像观察ER动态。
展示StayGold在活细胞线粒体动态成像中的应用。
构建靶向线粒体的StayGold(mt-(n1)StayGold),在HeLa细胞中表达,进行3D-SIM成像观察融合分裂。
评估StayGold串联二聚体在蛋白标记中的应用。
构建tdStayGold,标记EB3(微管正端)和PSD-95(突触后密度),在COS-7细胞和神经元中成像。
利用StayGold融合纳米抗体可视化SARS-CoV-2刺突蛋白。
构建Nb(S1)= =StayGold,感染VeroE6/TMPRSS2细胞,固定后免疫染色,进行WF和3D-SIM成像。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 光谱分析 | U-2910分光光度计 | Hitachi | -- |
| F-2500荧光分光光度计 | Hitachi | -- | |
| 量子产率测量 | C9920-02绝对光致发光量子产率光谱仪 | Hamamatsu Photonics | -- |
| 蛋白浓度测定 | 蛋白质检测染料试剂浓缩试剂盒 | Bio-Rad | 5000006 |
| 超速离心 | Optima XL-A分析超速离心机 | Beckman | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | AusGeneX Pty. Ltd. | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Thermo Fisher Scientific | 11668027 |
| 光漂白实验 | IX-81显微镜 | Olympus | -- |
| ORCA AG相机 | Hamamatsu Photonics | -- | |
| SIM成像 | N-SIM S显微镜 | Nikon Instruments | -- |
| ORCA FUSION相机 | Hamamatsu Photonics | -- | |
| 转盘共聚焦 | SpinSR10转盘共聚焦系统 | Olympus | -- |
| CSU X1转盘单元 | Yokogawa | -- | |
| iXon Ultra 897 EMCCD相机 | Andor Technology | -- | |
| 流式细胞术 | FACSAria II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| SPR | Biacore T200表面等离子体共振仪 | GE Healthcare | -- |
| SARS-CoV-2成像 | Vybrant DyeCycle Ruby染料 | Thermo Fisher Scientific | V10309 |
| DAPI | Fuji Film | 340-07971 | |
| 免疫染色 | 抗ERGIC3抗体 | Abcam | ab129179 |
| 抗Nsp8抗体 | GeneTex | GTX632696 | |
| 抗dsRNA抗体 | Merck | MABE1134-100UL | |
| 抗泛钙粘蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | C1821 | |
| Alexa Fluor 555偶联的驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A-31572 | |
| Alexa Fluor 647偶联的驴抗鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A-31571 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 光漂白实验(纯化蛋白) | 激发光强度(如5.6 W/cm²),蛋白浓度(1 μM),凝胶介质(polyacrylamide gel) 阅读提示:Methods: WF photobleaching (purified protein) |
| 光漂白实验(活细胞) | 细胞类型,培养基(HBSS或DMEM),激发光强度 阅读提示:Methods: WF photobleaching (living cells in HBSS)、WF photobleaching (living cells in DMEM) |
| ER成像 | 细胞系(HeLa),表达构建体(er-(n2)oxStayGold(c4)),成像模式(3D-SIM),光照强度(2.4 W/cm²),帧率(2.6 Hz) 阅读提示:Methods: SIM for live imaging; Figure legends: Fig. 4 |
| 线粒体成像 | 细胞系(HeLa稳定表达mt-(n1)StayGold),成像模式(3D-SIM),光照强度(3.9 W/cm²),帧率(4.4 Hz) 阅读提示:Extended Data Fig. 3; Methods: SIM for live imaging |
| SARS-CoV-2成像 | 细胞系(VeroE6/TMPRSS2),MOI(0.1或0.02),感染时间(24或36小时),Nb(S1)= =StayGold浓度(3.4 μg/ml),固定方式 阅读提示:Methods: Visualizing SARS-CoV-2 S protein in infected cells |