CDCA5在乳腺癌细胞中的表达验证
检测CDCA5在乳腺癌细胞系中的表达水平,并选择后续实验细胞系。
通过GEPIA数据库预测CDCA5在乳腺癌组织中的表达,并利用RT-qPCR和western blot检测CDCA5在正常乳腺细胞MCF-10A和乳腺癌细胞系(MCF-7、MDA-MB-231、SUM190PT、SK-BR-3)中的表达。
Knockdown of CDCA5 suppresses malignant progression of breast cancer cells by regulating PDS5A.
包含体外细胞模型(MDA-MB-231)下的功能验证(增殖、迁移、侵袭)和机制验证(CDCA5与PDS5A结合及调控),但缺乏动物模型、患者样本及更深入的信号通路验证。
人乳腺癌细胞系MDA-MB-231 人正常乳腺细胞系MCF-10A
CDCA5敲低效率通过shRNA-CDCA5-1/2确认,其中shRNA-CDCA5-2用于后续实验 CDCA5敲低对细胞增殖(CCK-8、克隆形成)、迁移(伤口愈合)和侵袭(Transwell)的影响 CDCA5敲低对增殖相关蛋白(Ki67、PCNA)和迁移相关蛋白(MMP2、MMP9)表达的影响 CDCA5与PDS5A的结合通过co-IP实验验证 PDS5A过表达对CDCA5敲低效果的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测CDCA5在乳腺癌细胞系中的表达水平,并选择后续实验细胞系。
通过GEPIA数据库预测CDCA5在乳腺癌组织中的表达,并利用RT-qPCR和western blot检测CDCA5在正常乳腺细胞MCF-10A和乳腺癌细胞系(MCF-7、MDA-MB-231、SUM190PT、SK-BR-3)中的表达。
评估CDCA5敲低对乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在MDA-MB-231细胞中通过shRNA瞬时转染敲低CDCA5,随后通过CCK-8、克隆形成、伤口愈合和Transwell实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力,并通过western blot检测增殖相关蛋白(Ki67、PCNA)和迁移相关蛋白(MMP2、MMP9)的表达。
验证CDCA5与PDS5A之间的相互作用以及CDCA5敲低对PDS5A表达的影响。
通过starBase和GEPIA数据库分析PDS5A在乳腺癌中的表达及与CDCA5的相关性;RT-qPCR和western blot检测乳腺癌细胞中PDS5A表达;co-IP实验验证CDCA5与PDS5A结合;western blot检测CDCA5敲低后PDS5A表达变化。
验证PDS5A过表达是否能够逆转CDCA5敲低对乳腺癌细胞增殖、迁移和侵袭的抑制作用。
在MDA-MB-231细胞中同时转染shRNA-CDCA5-2和pcDNA3.1-PDS5A(或pcDNA3.1-NC),通过CCK-8、克隆形成、伤口愈合和Transwell实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力,并通过western blot检测Ki67、PCNA、MMP2和MMP9表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 细胞培养 | MCF-10A细胞系 | BeNa Culture Collection | -- |
| MCF-7细胞系 | BeNa Culture Collection | -- | |
| MDA-MB-231细胞系 | BeNa Culture Collection | -- | |
| SUM190PT细胞系 | BeNa Culture Collection | -- | |
| SK-BR-3细胞系 | BeNa Culture Collection | -- | |
| 基因敲低 | CDCA5短发夹RNA-1 | Hanbio Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| CDCA5短发夹RNA-2 | Hanbio Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 阴性对照短发夹RNA | Hanbio Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 基因过表达 | PDS5A过表达质粒 | Hanbio Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 阴性对照质粒 | Hanbio Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Merck KGaA | -- |
| 细胞迁移和侵袭检测 | 基质胶 | Merck KGaA | -- |
| 结晶紫 | Merck KGaA | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| Titan One Tube RT-PCR试剂 | Merck KGaA | 11939823001 | |
| QuantiTect SYBR Green PCR试剂盒 | Qiagen GmbH | -- | |
| NanoDrop 2000分光光度计 | NanoDrop Technologies; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Elabscience | E-BC-R327 |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗MMP2抗体 | Abcam | ab215986 | |
| 抗MMP9抗体 | Abcam | ab219372 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab181602 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab92742 | |
| 抗PCNA抗体 | Abcam | ab92552 | |
| 抗CDCA5抗体 | Abcam | ab192237 | |
| 抗PDS5A抗体 | Sino Biological Inc. | 203627-T34 | |
| 山羊抗兔HRP标记IgG | Abcam | ab6721 | |
| 增强化学发光试剂 | Absin | abs920 | |
| 免疫共沉淀 | RIPA裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| Protein G/A琼脂糖珠 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 5X SDS-PAGE上样缓冲液 | Shanghai Zeye Biological Inc. | ZY81204 | |
| 统计分析 | SPSS 19.0软件 | IBM Corp. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基(DMEM+10%FBS)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、shRNA和质粒用量(0.4 µg/1×10^5细胞)、转染后处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and cell transfection |
| CDCA5表达检测与敲低验证 | RT-qPCR引物序列、western blot抗体及稀释比例、内参GAPDH 阅读提示:Materials and methods - RT-qPCR, Western blotting; Results - Figure 1, 2 |
| 细胞增殖、迁移和侵袭功能实验 | 细胞接种密度(CCK-8: 1×10^3/孔;克隆形成: 1×10^5/孔;伤口愈合: 1×10^5/孔;Transwell: 3×10^4/孔)、检测时间点(CCK-8: 24,48,72小时;克隆形成: 14天;伤口愈合: 0,24小时;Transwell: 24小时)、基质胶包被、结晶紫染色 阅读提示:Materials and methods - Cell proliferation assays, Wound healing and Transwell assays |
| CDCA5与PDS5A结合的验证 | co-IP实验中的抗体、蛋白量(400 µg)、孵育时间、Protein G/A beads用量 阅读提示:Materials and methods - Co-immunoprecipitation assay |
| PDS5A过表达逆转实验 | PDS5A过表达质粒(pcDNA3.1-PDS5A)和对照转染、后续功能实验条件 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and cell transfection; Results - Figures 5, 6 |