临床样本分析
评估ESCC患者中pERK和pSTAT3的表达水平及其与预后的关系。
免疫组化检测72对肿瘤和癌旁组织中pERK表达,并在301例患者中进行生存分析,同时检测pSTAT3表达并分析其与pERK的相关性。
Blocking STAT3 signaling augments MEK/ERK inhibitor efficacy in esophageal squamous cell carcinoma.
包含患者样本分析、细胞系功能实验、机制验证(RNA-seq、ChIP)和体内异种移植模型等多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
ESCC细胞系(KYSE30、KYSE150、KYSE450、KYSE510、TE1、TE3) ESCC患者组织样本 异种移植瘤模型(BALB/c裸鼠)
MEK抑制剂U0126和trametinib的浓度及处理时间 STAT3抑制剂Stattic和ruxolitinib的浓度及处理时间 细胞系基因敲除(ERK2-KO、ERK1/2-DKO、STAT3-KO) 异种移植实验中trametinib(3 mg/kg)和ruxolitinib(20 mg/kg)的给药剂量 统计分析(P<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ESCC患者中pERK和pSTAT3的表达水平及其与预后的关系。
免疫组化检测72对肿瘤和癌旁组织中pERK表达,并在301例患者中进行生存分析,同时检测pSTAT3表达并分析其与pERK的相关性。
评估MEK抑制剂对ESCC细胞增殖的影响,以及联合STAT3抑制的效果。
使用U0126和trametinib处理多种ESCC细胞系,进行集落形成实验、细胞周期分析和衰老染色,并利用CRISPR-Cas9基因敲除细胞验证通路依赖性。
阐明MEK抑制如何激活STAT3以及SOCS3在此过程中的作用。
通过RNA-seq分析trametinib处理后的差异基因,ChIP-PCR验证ELK1与SOCS3启动子结合,双荧光素酶报告基因实验验证ELK1对SOCS3转录的调控。
验证联合抑制MEK和STAT3在体内对肿瘤生长的抑制作用。
将KYSE30和KYSE150细胞皮下植入裸鼠,待肿瘤可触及后,分别给予溶剂对照、trametinib、ruxolitinib或联合治疗,监测肿瘤体积和重量,并检测肿瘤组织中pERK、pSTAT3、Ki67和p21表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | U0126 | Promega | V1121 |
| 曲美替尼 | MedChemExpress | HY-10999 | |
| Stattic | MedChemExpress | HY-13818 | |
| 鲁索替尼 | MedChemExpress | HY-50856 | |
| 细胞培养 | 表皮生长因子 | Thermo Fisher Scientific | PHG0311 |
| 抑瘤素M | Sino Biological Inc. | 10452-HNAH | |
| 白细胞介素-6 | Sino Biological Inc. | 10395-HNAE | |
| 细胞衰老检测 | X-gal | Maygene Inc. | 0428-1G |
| Western blot | 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139s |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145s | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370s | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695s | |
| 抗细胞周期蛋白E2抗体 | Cell Signaling Technology | 4656 | |
| 抗细胞周期蛋白B1抗体 | Cell Signaling Technology | 12231 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7383 | |
| 抗磷酸化ELK1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8406 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗SOCS3抗体 | Proteintech | 14025-1-AP | |
| 抗p21抗体 | Proteintech | 10355-1-AP | |
| 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Proteintech | 60186-1-Ig | |
| 抗ELK1抗体 | Abcam | ab32106 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher | -- |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | 15596018 |
| qRT-PCR | HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| ChIP-PCR | 甲醛 | Thermo Fisher | 28908 |
| Dynabeads蛋白A/G磁珠 | Invitrogen | -- | |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | QIAGEN | 28106 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 药物处理 | U0126、trametinib、Stattic、ruxolitinib的浓度、处理时间 阅读提示:Results 相应图例及 Materials and methods: Reagents |
| 基因敲除 | CRISPR-Cas9靶向序列、敲除验证方法、是否双敲除 阅读提示:Results: Fig. 2F, G; Methods 中未详细说明,需参考原始文献或补充方法 |
| 临床样本分析 | 样本数量、随访时间、免疫组化评分标准 阅读提示:Materials and methods: ESCC tissue specimens, Risk score calculations and survival analysis |
| 异种移植实验 | 动物品系、性别、周龄、接种细胞数、给药方案(剂量、频率、途径)、肿瘤体积测量时间 阅读提示:Materials and methods: Xenograft studies |
| 机制实验 | RNA-seq分析参数、ChIP-PCR条件、荧光素酶报告基因实验细节 阅读提示:Materials and methods: RNA-seq, ChIP-PCR, 以及图注 |